C16orf96 ili otvoreni okvir čitanja 96 hromosoma 16 jest protein koji je kod ljudi kodiran genom C16orf96 na hromosomu 16. Kod vrste Homo sapiens, protein je dug 1141 aminokiselinu.NCBI Protein NP_001138483
Protein thumb|Struktura ljudskog proteina C16orf96 sa obilježenim regijama. Tamno sive linije unutar regije bogate prolinom i jedarni domeni nepoznate funkcije su unosni i eksportni signali.
Aminokiselinska sekvenca
Dužina polipeptidnog lanca je 1.141 aminokiselina, a molekulska težina 125.041 Da.
1020304050 MSFSLTFTELANIAIPQCGVLNFKALHLLLHGILEHIHMAELKKVLSGDE DFLQTSQVVIMPREGDAQPILNPMKRLSNVFDHVVSRLDKLENQLALLQD LPSTAQLLEASQGTARPVQDLWHLIKLRKMVEGHDEVMAKSMQTLQDLLT DLHALQVTITALRKEVDMLKNMLDKVHPERMDIFAEDFKIQNWKMVALQR EVASLQNKFKTIPKTEDMVLWSGLHDAMFTSEIGSSPLDLWQSVEQLPEA ALAQTTKYLEATRAIQVSEPVQNPQLLQTVWHYEVPELLPEGSSAQAVSL SRAQEPAQPPALTPESAPGCTTEFAPGPAPGTEPVPGLELGLELEPVPAL GPVPGPSVTPGSLPAPWPVLGPVPAPGAQPPPLGDWPALPRRWPLPQGWP RVGSWPLWDLGVLRPTQPQPSRAPPPATEFGSLWPRPLQPYQSRQGEALQ LAAVQVKGEENDVPSLRGLRERARKDGAPKDRTRKDGVPKDRGGKDVDPK DRAHKDDVPKDRGGKDVDPKDRAHKDDVPKDRGGKDGDPKDRVGKDGAPK EAQPKAPQSALHRLKTTAAIAAAAAAAYAAATSSAAQAAKVAAKFVKDAP ATKMAAIATDTAAAGPLGVFADVLGAGPSRGATESQILGDDSEIYEILSP SYSAASIGPDPALSQAMVATKQAMSPEDKKRAVKYSMSHIAQIPVKHDSL KEEFAQLSCNLNQRLSYLANMGGPSSLGTTVDILQKKIGSLQKSRLKEEE LERIWGNQIEMMKDRYITLDKAVENLQIRMDEFKTLQAQIKRLEMNKVNK STMEEELREKADRSALAGKASRVDLETVALELNEMIQGILFKVTIHEDSW KKAMEELSKDVNTKLVHSDLDPLKKEMEEVWKIVRKLLIEGLRLDPDSAA GFRRKLFKRVKCISCDRPVEMMTGPQLITIRKAHLLSRLRPASANSCEYL QRQQMREQQWLQLQDLGIQEDCQQDWGDGPQNATSLKCKSCNLLTLYPYG DPHVIDYDSAEVDILGVDGILYKGRVNSQRGAQPLAVAKELAAVKAPSPP SQSLYDRVHSSALFGAICPPLCPRSSACSAASGPHLTMPARPPSLPPLLL LPPLIPSLRDPQQAPGSTRLSRAPHIESRVGRKPPEEPANP Simboli
C: Cistein D: Asparaginska kiselina E: Glutaminska kiselina F: Fenilalanin G: Glicin H: Histidin I: Izoleucin K: Lizin L: Leucin M: Metionin N: Asparagin P: Prolin Q: Glutamin R: Arginin S: Serin T: Treonin V: Valin W: Triptofan Y: Tirozin
Karakteristike Molekulska težina prerađenog proteina C16orf96 kod ljudi je 125 kdal sa izoelektričnom tačkom 6,58GeneCards C16orf96 Oko 9% aminokiselinskog sastava C16orf96 čini prolin, što je znatno više od prosječnog ljudskog gena.
Posttranslacijske modifikacije Ljudski C16orf96 ima veliku količinu predviđenih mjesta fosforilacija na serinima u cijelom proteinu.NetPhos 2.0 Također je utvrđeno da C16orf96 kod primata i ostalih sisara ima signal jedarnog unosa i signal za eksport.NetNES 1.1
Domeni Ovaj gen sadrži neke poznate domene, kao što su: motiv prepoznavanja RNK, površinski merozoitni protein (MSP-1), ponavljanje pentapeptida MXKDX i domen nepoznate funkcije (DUF1387). Ovi domeni mogu naslutiti koja je funkcija ovog gena.
Struktura
Sekundarna struktura Većina sekundarne strukture C16orf96 su alfa-heliksi, a zavojnice su druga struktura po zastupljenosti.Biology Workbench: PELE Tool
Tercijarna struktura Još uvijek nema poznate tercijarne strukture C16orf96.
Ćelijska lokalizacija Predviđa se da je protein C16orf96 lokaliziran u jedru 82% vremena, 4,5% u citosolu i 4,5% u mitohondrijama.
Ekspresija thumb|280px|Ekspresija C16orf96 kada su smanjeni različiti faktori inducirani hipoksijom Ekspresija C16orf96 u ćelijama je općenito niska. Eksperimenti in situ hibridizacije sugeriraju da se R16 C16orf96 RNK eksprimira samo u sjemenicima, dok EST profil C16orf96 pokazuje da je ekspresija gena niska samo u testisima i koži.The Human Protein Atlas of C16orf96EST profile Hs.684212 Ekspresija gena C16orf96 modulira se iscrpljivanjem faktora 1/2 induciranog hipoksijom (HIF1/2α). Kada se isprazni samo jedan od faktora, ekspresija se ne mijenja, sugerirajući da postoji redundantnost sa ova dva HIF-a.GeoProfiles ID:40057343
Funkcija Funkcija C16orf96 je još nepoznata. Studije su ovaj gen navele među mnogim drugim genima kao mogućeg kandidata koji utiče na gojaznost djece.]
Homologija Striktni ortolozi ovog gena postoje samo kod sisara. Međutim, dio DUF1387 nalazi se u udaljenijim vrstama sve do gmizavaca.NCBI BLAST Nijedan ortolog ovog gena ne može se naći u biljkama, gljivama ili bakterijama, sugerirajući da je ovaj gen relativno nov i da brzo evoluira.
Reference
Vanjski linkovi
Kategorija:Geni na hromosomu 16 Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Proteomika