thumb|250x250px| Dijagram toka koji općeg postupaka za otkrivanje RNK Northern blotom. Northern blot ili RNK blotiranjeGilbert, S. F. (2000) Developmental Biology, 6th Ed. Sunderland MA, Sinauer Associates. jest metodska tehnika koja se koristi u molekulskobiološkom istraživanju za proučavanje ekspresije gena, otkrivanjem RNK (ili izolirane iRNK) u uzorku.Kevil, C. G., Walsh, L., Laroux, F. S., Kalogeris, T., Grisham, M. B., Alexander, J. S. (1997) An Improved, Rapid Northern Protocol. Biochem. and Biophys. Research Comm. 238:277–279.
Northern blotiranjem moguće je promatrati ćelijsku kontrolu nad strukturom i funkcijom, određivanjem određenih stopa ekspresije gena tokom diferencijacije i morfogeneze, kao i u abnormalnim ili bolesnim stanjima. Northern blot uključuje upotrebu elektroforeze za odvajanje uzoraka RNK po veličini i detekciju pomoću sonde za hibridizaciju komplementarne dijelu ili čitavoj ciljnoj sekvenci. Termin "Northern blot" zapravo se posebno odnosi na kapilarni prijenos RNK iz gela za elektroforezu u membranu za blotiranje. Međutim, čitav se postupak obično naziva Northern blotiranjem.Trayhurn, P. (1996) Northern Blotting. Pro. Nutrition Soc. 55:583–589. Tehniku northern blot razvio je James Alwine, 1977, David Kemp i George Stark na Stanford University, . Northern bloting imenovan je po sličnosti s prvom tehnikom blogtiranja, Southern blot, nazvanom po biologu Edwinu Sauthernu.Alberts, B., Johnson, A., Lewis, J. Raff, M., Roberts, K., Walter, P. 2008. Molecular Biology of the Cell, 5th ed. Garland Science, Taylor & Francis Group, NY, pp 538–539. Glavna razlika je u tome što se u northern blotu analizira RNK, umjesto DNK.
Primjena Northern bloting omogućava uočavanje određenog uzorka ekspresije gena između tkiva, organa, razvojnih stadija, nivoa stresa u okruženju, infekcije patogenima i tokom liječenja.Baldwin, D., Crane, V., Rice, D. (1999) A comparison of gel-based, nylon filter and microarray techniques to detect differential RNA expression in plants. Current Opinion in Plant Biol. 2: 96–103. Tehnika se koristi za prikazivanje prekomjerne ekspresije onkogena i smanjenja regulacije gena za supresiju tumora u ćelijama karcinoma, u odnosu na 'normalno' tkivo, kao i ekspresija gena u odbacivanju presađenih organa.
Ako se nadregulirani gen opaža obiljem iRNK na northern blotingu, uzorak se zatim može sekvencirati kako bi se utvrdilo je li gen poznat ili je novo otkriće. Obrasci ekspresije dobijeni pod datim uslovima mogu pružiti uvid u funkciju tog gena. Budući da se RNK prvo razdvaja po veličini, ako se koristi samo jedan tip sonde, odstupanje u nivou svake trake na membrani može pružiti uvid u veličinu proizvoda, što sugerira alternativne prerađene proizvode istog gena ili motive koji se ponavljaju. Varijacija u veličini genskog proizvoda takođe može ukazivati na deleciju ili greške u obradi transkripata. Promjenom cilja sonde korištenog duž poznate sekvence moguće je utvrditi koja regija RNK nedostaje.
Obrnuti northern blot Istraživači povremeno koriste varijantu postupka poznatu kao obrnuti northern blot. U ovom postupku, supstratna nukleinska kiselina (koja je pričvršćena na membranu) je skup izoliranih fragmenata DNK, a sonda je RNK ekstrahirana iz tkiva i radioaktivno označena.
Upotreba DNK-mikrozraka koje su postale široko rasprostranjeni krajem 1990-ih i početkom 2000-ih srodnija je obrnutom postupku, jer uključuju upotrebu izoliranih fragmenata DNK, pričvršćenih na podlogu i hibridizaciju sa sondom napravljenom od ćelijske RNK. Stoga je obrnuti postupak, iako prvotno neuobičajen, omogućio norfthern analizi da preraste u profiliranje ekspresije gena, u kojem se može nadzirati njihova ekspresija mnogim (možda svim) genima u organizmu.
Također pogledajte Western blot Southern blot Eastern blot Diferencijalni prikaz
Reference
Vanjski linkovi
OpenWetWare
Kategorija:Tehnike molekularne biologije Kategorija:Laboratorijske tehnike Kategorija:Molekularna biologija