SCAPER (engleski: S-phase CyclinA Associated Protein residing in the Endoplasmic Reticulum) je ljudski gen da dugom (q) kraku hromosoma 15 , skvenca 15q24.3. Prvi put identificiran je 2007.Tsang WY, Wang L, Chen Z, Sánchez I, Dynlacht BD (2007) SCAPER, a novel cyclin A-interacting protein that regulates cell cycle progression. J Cell Biol 178(4):621-633
Hibridnom analizom zračenja, Nagase et al. (2000) mapirali su gen KIAA1454, kasnije nazvan SCAPER, na hromosomu 15. Scott (2007) je gen SCAPER preciznije locirao na na hromosom , sekvenca 15q24, na osnovu poravnanja SCAPER sekvence (GenBank AF242528) sa genomskom sekvencom.Nagase, T., Kikuno, R., Ishikawa, K., Hirosawa, M., Ohara, O. Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XVII. The complete sequences of 100 new cDNA clones from brain which code for large proteins in vitro. DNA Res. 7: 143-150, 2000. PubMed: 10819331Scott, A. F. Personal Communication. Baltimore, Md. 11/21/2007.
Aminokiselinska sekvenca
Dužina polipeptidnog lanca je 1.400 aminokiselina, a molekulska težina 158.287 Da.. 1020304050 MMASFQRSNSHDKVRRIVAEEGRTARNLIAWSVPLESKDDDGKPKCQTGG KSKRTIQGTHKTTKQSTAVDCKITSSTTGDKHFDKSPTKTRHPRKIDLRA RYWAFLFDNLRRAVDEIYVTCESDQSVVECKEVLMMLDNYVRDFKALIDW IQLQEKLEKTDAQSRPTSLAWEVKKMSPGRHVIPSPSTDRINVTSNARRS LNFGGSTGTVPAPRLAPTGVSWADKVKAHHTGSTASSEITPAQSCPPMTV QKASRKNERKDAEGWETVQRGRPIRSRSTAVMPKVSLATEATRSKDDSDK ENVCLLPDESIQKGQFVGDGTSNTIESHPKDSLHSCDHPLAEKTQFTVST LDDVKNSGSIRDNYVRTSEISAVHIDTECVSVMLQAGTPPLQVNEEKFPA EKARIENEMDPSDISNSMAEVLAKKEELADRLEKANEEAIASAIAEEEQL TREIEAEENNDINIETDNDSDFSASMGSGSVSFCGMSMDWNDVLADYEAR ESWRQNTSWGDIVEEEPARPPGHGIHMHEKLSSPSRKRTIAESKKKHEEK QMKAQQLREKLREEKTLKLQKLLEREKDVRKWKEELLDQRRRMMEEKLLH AEFKREVQLQAIVKKAQEEEAKVNEIAFINTLEAQNKRHDVLSKLKEYEQ RLNELQEERQRRQEEKQARDEAVQERKRALEAERQARVEELLMKRKEQEA RIEQQRQEKEKAREDAARERARDREERLAALTAAQQEAMEELQKKIQLKH DESIRRHMEQIEQRKEKAAELSSGRHANTDYAPKLTPYERKKQCSLCNVL ISSEVYLFSHVKGRKHQQAVRENTSIQGRELSDEEVEHLSLKKYIIDIVV ESTAPAEALKDGEERQKNKKKAKKIKARMNFRAKEYESLMETKNSGSDSP YKAKLQRLAKDLLKQVQVQDSGSWANNKVSALDRTLGEITRILEKENVAD QIAFQAAGGLTALEHILQAVVPATNVNTVLRIPPKSLCNAINVYNLTCNN CSENCSDVLFSNKITFLMDLLIHQLTVYVPDENNTILGRNTNKQVFEGLT TGLLKVSAVVLGCLIANRPDGNCQPATPKIPTQEMKNKPSQGDPFNNRVQ DLISYVVNMGLIDKLCACFLSVQGPVDENPKMAIFLQHAAGLLHAMCTLC FAVTGRSYSIFDNNRQDPTGLTAALQATDLAGVLHMLYCVLFHGTILDPS TASPKENYTQNTIQVAIQSLRFFNSFAALHLPAFQSIVGAEGLSLAFRHM ASSLLGHCSQVSCESLLHEVIVCVGYFTVNHPDNQVIVQSGRHPTVLQKL CQLPFQYFSDPRLIKVLFPSLIAACYNNHQNKIILEQEMSCVLLATFIQD LAQTPGQAENQPYQPKGKCLGSQDYLELANRFPQQAWEEARQFFLKKEKK Simboli
C: Cistein D: Asparaginska kiselina E: Glutaminska kiselina F: Fenilalanin G: Glicin H: Histidin I: Izoleucin K: Lizin L: Leucin M: Metionin N: Asparagin P: Prolin Q: Glutamin R: Arginin S: Serin T: Treonin V: Valin W: Triptofan Y: Tirozin
Gen
Ovaj gen nalazi se na Crick-lancu i ima 30 egzona.
Protein Gen kodira protein od 1399 aminokiselina s predviđenom molekusskom težinom od 158 kilosdaltona. Ima motiv cinkova prsta tipa C2H2, pretpostavljeni transmembranski domen, signal ER za pronalaženje na C-kraju, četiri domene sa upredenom zavojnicom, šest potencijalnih RXL motiva i šest konsenzusnih Cdk fosforilacijskih mjesta.
Biohemija
Kodirani protein nalazi se u jedru i endoplazmatskom retikulumu. Nalazi se u svim testiranim tkivima. Čini se da ima ulogu u ćelijskom ciklusu.
Kloniranje i ekspresija Da bi bolje razumjeli ulogu ciklina A (123835) i njegovih kompleksa sa CDK2 u prijelazu iz S u G2 / M fazu ćelijskog ciklusa, Tsang et al. (2007) biohemijski su prečistili interakcijski protein ciklina A, koji su nazvali SCAPER (fazni protein povezan sa ciklinom A u endoplazmatskom retikulumu). Izvedeni protein od 1,399 aminokiselina (158 kD) nije pokazao značajnu sličnost s poznatim ljudskim proteinima, ali je imao navodni motiv cinkovog prsta tipa C2H2, pretpostavljeni transmembranski domen, ER signal za pronalaženje na C-kraju, četiri domena sa upredenom zavojnicom , šest potencijalnih RXL motiva koji bi mogli dati vezu za cikline i šest konsenzusnih Cdk mjesta fosforilacije. Tsang et al. (2007) pokazali su da je SCAPER perinuklearni protein koji se nalazi u jezsru, ali pretežno u ER. Northern blot analizom otkrivena je sveprisutna ekspresija SCAPER-a u svim testiranim ljudskim tkivima, s najvećom ekspresijom u sjemenicima. SCAPER antitijelo pokazalo je da je prisutno u svim testiranim ćelijskim linijama.
RT-PCR analizom na panelu ljudskih tkiva, Tatour et al. (2017) primijetili su da je SCAPER izoforma 1 posvuda eksprimirana u svim ispitivanim tkivima, uključujući mrežnjaču i fetus i mozak odraslih, dok je izoforma 2 pokazala restriktivniji obrazac, s ekspresijom u mrežnjači, ali ne i u mozgu. Analiza privremene ekspresije RT-PCR ukupne RNK iz mišjeg oka i mozga u različitim razvojnim vremenskim tačkama (embrionski dan 14, postnatalni dan 0 i odrasla osoba) pokazala je da je Scaper u svim testiranim vremenskim tačkama bio visoko i podjednako izražen u oba tkiva. Imunobojenje mrežnjače odraslog miša pokazalo je da se Scaper nalazi u više slojeva mrežnjače, sa pretežnom lokalizacijom u citoplazmi. Najviši nivo ekspresije zabilježen je u pigmentnom epitelu mrežnice te u vanjskom i unutrašnjem segmentu fotoreceptora, s nižom ekspresijom u unutrašnjem sloju pleksiforme i sloju ganglijskih ćelija. Nije primijećena ekspresija u unutrašnjem jedarnom sloju.Tsang, W. Y., Wang, L., Chen, Z., Sanchez, I., Dynlacht, B. D. SCAPER, a novel cyclin A-interacting protein that regulates cell cycle progression. J. Cell Biol. 178: 621-633, 2007. PubMed: 17698606
Funkcija gena Tsang et al. (2007) otkrili su da su razine SCAPER proteina i RNK bile relativno konstantne tokom čelijskog ciklusa i blago povišene u ranoj S-fazi. Tokom ćelijskog ciklusa, SCAPER je povezan sa kompleksima ciklina A/Cdk2. Motiv vezanja ciklina identificiran je u blizini N-kraja. RNKi-posredovano iscrpljivanje SCAPER-a smanjilo je citoplazmatski ciklin A i odgodilo fazni prijelaz G1 / S, dok je prekomjerna ekspresija SCAPER-a uzrokovala prelazak ciklina A iz jedra u citoplazmu, a rezultirala je i akumulacijom ćelija u M-fazi. Zaključili su da SCAPER predstavlja novi regulatorni protein ciklina A/Cdk2, koji privremeno održava ciklin A u citoplazmi.
Molekulska genetika Kod četiri pacijenta iz tri nepovezane porodice s poremećajem intelektualnog invaliditeta i pigmentoznim retinitisomom (IDDRP), Tatour et. (2017) identificirali su homozigotnost ili spojenu heterozigotnost za mutacije u genu SCAPER (611611.0001-611611.0004). Primjećujući da fenotip mrežnjače povezan s nultiM SCAPER mutacijama nije urođen, već je prisutan u drugoj deceniji života, autori su sugerirali da u mrežnJAČI SCAPER nema razvojnu ulogu, već je važan za funkciju i/ili održavanje fotoreceptora.Tatour, Y., Sanchez-Navarro, I., Chervinsky, E., Hakonarson, H., Gawi, H., Tahsin-Swafiri, S., Leibu, R., Lopez-Molina, M. I., Fernandez-Sanz, G., Ayuso, C., Ben-Yosef, T. Mutations in SCAPER cause autosomal recessive retinitis pigmentosa with intellectual disability. J. Med. Genet. 54: 698-704, 2017. PubMed: 28794130
Klinički značaj
Mutacije u ovom genu povezane su s intelektualnom invalidnošću i retinitis pigmentosa.Tatour Y, Sanchez-Navarro I, Chervinsky E, Hakonarson H, Gawi H, Tahsin-Swafiri S, Leibu R, Lopez-Molina MI, Fernandez-Sanz G, Ayuso C, Ben-Yosef, T (2017) Mutations in SCAPER cause autosomal recessive retinitis pigmentosa with intellectual disability. J Med Genet 54:698-704Jauregui R, Thomas AL, Liechty B, Velez G, Mahajan VB, Clark L, Tsang SH (2019) SCAPER-associated nonsyndromic autosomal recessive retinitis pigmentosa. Am J Med Genet A 179(2):312-316Kahrizi K, Huber M, Galetzka D, Dewi S, Schröder J, Weis E, Kariminejad A, Fattahi Z, Ropers HH, Schweiger S, Najmabadi H, Winter J (2019) Homozygous variants in the gene SCAPER cause syndromic intellectual disability. Am J Med Genet A
Reference
Kategorija:Geni na hromosomu 15 Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Proteomika