C14orf93 je protein koji je kod ljudi kodiran genom C14orf93. To je okruglasti protein sa konzercviranim C-terminalom koji je lokaliziran u ćelijskom jedru. Iako je relativno visoko eksprimiran u svim tkivima osim nervnog, posebno je izražen u T-ćelijama i ostalim imunskim tkivima.
Aminokiselinska sekvenca
Dužina polipeptidnog lanca je 538 aminokiselina, a molekulska težina 58.697 Da.
1020304050 MSFSATILFSPPSGSEARCCCCACKSETNGGNTGSQGGNPPPSTPITVTG HGLAVQSSEQLLHVIYQRVDKAVGLAEAALGLARANNELLKRLQEEVGDL RQGKVSIPDEDGESRAHSSPPEEPGPLKESPGEAFKALSAVEEECDSVGS GVQVVIEELRQLGAASVGPGPLGFPATQRDMRLPGCTLAASEAAPLLNPL VDDYVASEGAVQRVLVPAYAKQLSPATQLAIQRATPETGPENGTKLPPPR PEDMLNAAAALDSALEESGPGSTGELRHSLGLTVSPCRTRGSGQKNSRRK RDLVLSKLVHNVHNHITNDKRFNGSESIKSSWNISVVKFLLEKLKQELVT SPHNYTDKELKGACVAYFLTKRREYRNSLNPFKGLKEKEEKKLRSRRYRL FANRSSIMRHFGPEDQRLWNDVTEELMSDEEDSLNEPGVWVARPPRFRAQ RLTELCYHLDANSKHGTKANRVYGPPSDRLPSAEAQLLPPELYNPNFQEE EDEGGDENAPGSPSFDQPHKTCCPDLNSFIEIKVEKDE Simboli
C: Cistein D: Asparaginska kiselina E: Glutaminska kiselina F: Fenilalanin G: Glicin H: Histidin I: Izoleucin K: Lizin L: Leucin M: Metionin N: Asparagin P: Prolin Q: Glutamin R: Arginin S: Serin T: Treonin V: Valin W: Triptofan Y: Tirozin
Gen c14orf93 lokaliziran je na kratkom kraku hromosoma 14 (sekvenca 14q11.2). Pristupni broj c14orf93 je 021944, a alijasi su mu FLJ12154 i LOC60686. Gen ima 2430 bp i sedam egzona.
Svojstva Protein c14orf93 ima devet izoformi. Najčešći i najveći izoform ima 538 aminokiselina, molekuksku težinu od 58,7 kdal, a teorijsku izoelektričnu tačku od 5,7. Ovaj protein je okruglasti (globulast), sa konzerviranimim C-terminalom, klasterom mješovitog naboja od 371 do 399 i visoko napunjenim nenabijenim segmentom od 28 do 58. SDSC PELE podaci o konsenzusu predviđaju 15 alfa heliksa i osam beta-listova.
Posttranslacijske modifikacije Posttranslacijske modifikacije c14orf93 uključuju fosforilaciju, N-acetilaciju i sumoilaciju. Serinska mjesta fosforilacije predviđaju se na 23 ostatka, treoninska na šest i tirozinzinska na dva ostatka. Postoje dva eksperimentalno potvrđena mjesta fosforilacije serina na ostacima 285 i 428, koja mogu služiti kao mjesta aktivacije ili deaktiviranja. N-acetilacija se temelji na drugom ostatku; ova modifikacija utiče na stabilnost i lokalizaciju. Postoji šest motiva s velikom vjerovatnoćom sumoilacija. SUMO (engleski skraćenica od small ubiquitin-like modifiers) su mali proteini poput ubikvitina, koji započinju kaskadu uključenu u stabilnost proteina, jedarno-citosolni transport i regulaciju transkripcije.
Subćelijska lokalizacija Podaci PSORTII-a predviđaju da je c14orf93 lokaliziran u jedru. Postoji signal jedarne lokalizacije na ostacima 298-301 i dva signala za peroksizomsko ciljanje na ostacima 451-459 i 479-487.
Ekspresija Eksprimirani c14orf93 je 2,7 puta veći od prosječnog gena u svim tkivima. It is expressed relatively highly in all tissues except for nervous tissue. Primjetno je veća ekspresija u T-ćelijaama, a postoji nešto viša u drugim dijelovima imunskog sistema, kao što su koštana srž, slezena i limfni čvorovi.
Interaktivni proteini Pokazalo se da C14orf93 fizički komunicira sa PTP1, MRFAP1, Set, APP i MOV10 ; ove interakcije su navedene u donjoj tabeli. Stubac za organizam pokazuje odakle je protein dospio u eksperimentu koji pokazuje fizičke interakcije. ProteinOrganizam PTP1 Saccharomyces cerevisiae S288c MRFAP1 Homo sapiens Set Mus musculus APP Homo sapiens MOV10 Homo sapiens Od ovih pet interakcija, PTP1, MRFAP1 i SET su prošli najviše provjere. PTP1, tirozin-protein fosfataza 1, protein je koji se nalazi u kvascu, ali postoji ortolog kod ljudi. PTP1 može biti odgovoran za aktiviranje/deaktiviranje c14orf93 zbog njegove fosfatazne aktivnosti i perijedare lokacije. MRFAP1, protein 1 povezan s porodicom MORF4, ljudski je protein koji stupa u interakciju s članovima porodice MORF4/ MRG i supresorom tumora Rb. Ovaj protein može biti uključen u starenje, rast ćelija i dugovjećčnost. Postoji ljudski ortolog za mišji pretpostavljeni protein (inhibitor fosfataze 2A ili I2PP2A), koji je lokaliziran u jedru. Skup se veže za DNK, kako bi negativno regulirao apoptozne procese i transkripciju neurona, funkcionirajući kao onkogen.
Homologija Postoje ortolozi za c14orf93 u svim kičmenjacima od Homo sapiens do košljoriba. Nema paraloga za c14orf93. C14orf93 je dio porodice DUF4616; ova porodica je označena domenom nepoznate funkcije u domenu C-terminala. Dužini proteina DUF4616 su između 166 i 538 aminokiselina i dio su superporodice sI21231. Posljednjih 200 ostataka C-kraja je vrlo očuvano sa sedamnaest uzoraka ostataka od 439-456 koji je posebno konzerciran u svim ortolozima. Ova regija vjerovatno ima glavnu ulogu u funkciji c14orf93.
Reference
Kategorija:Geni na hromosomu 14 Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Proteomika Kategorija:Neokarakterizirani proteini