UPF0172 protein FAM158A, znan i kao c14orf122 ili CGI112, je protein koji je kod ljudi kodiran genom FAM158A lociranom na hromosomu 14, sekvenca q11.2.
Ljudski FAM158A i njegovi paralozi u drugim vrstama dio su noekarakterizirane porodice proteina UPF0172, koja je podskup JAB1/Mov34/MPN/PAD-1, porodica proteina ubikvitin-proteaza. MPN superporodica doprinosi ubikvitinaciji i deubikvitinacijskoj aktivnosti unutar ćelije. Podskup UPF0172 više nema funkcionalni domen sveprisutnosti i neokarakterizirane funkcije.
Aminokiselinska sekvenca
Dužina polipeptidnog lanca je 208 aminokiselina, a molekulska težina 23.061 Da..
1020304050 MGEVEISALAYVKMCLHAARYPHAAVNGLFLAPAPRSGECLCLTDCVPLF HSHLALSVMLEVALNQVDVWGAQAGLVVAGYYHANAAVNDQSPGPLALKI AGRIAEFFPDAVLIMLDNQKLVPQPRVPPVIVLENQGLRWVPKDKNLVMW RDWEESRQMVGALLEDRAHQHLVDFDCHLDDIRQDWTNQRLNTQITQWVG PTNGNGNA Simboli
C: Cistein D: Asparaginska kiselina E: Glutaminska kiselina F: Fenilalanin G: Glicin H: Histidin I: Izoleucin K: Lizin L: Leucin M: Metionin N: Asparagin P: Prolin Q: Glutamin R: Arginin S: Serin T: Treonin V: Valin W: Triptofan Y: Tirozin
Gen Fam158a nalazi se između PSME1 (antisens) i smislenog PSME2.RNF31 je uzvodno i antisense do Fam158a. DCAF11 i FITM1 su oba uzvodno od PSME1 antisens do Fam158a. PSME1 je podjedinica regulatora 11S, koji je dio imunoproteasoma odgovornog za cijepanje peptida MHC klase I. PSME2 je još jedna podjedinica 11S regulatora. RNF31 kodira protein koji sadrži motiv RING cinkovog prsta, koji se nalazi u nekoliko proteina koji posreduju u interakcijama protein-DNK i protein-proteina. FITM1 je protein uključen u skladištenje masti. DCAF11 je protein za koji je poznato da stupa u interakciju sa COP9 i ima nekoliko alternativnih transkriptata.
Promotor
Promotor je konzerviran još od Danio rerio. Softberry FGenesH predviđa dva uzvodna promotora, TATA-boksa 461bp uzvodno od početnog mjesta i još jednog neokarakteriziranog uzvodnog promotora od 83bp. Genomatix ElDorado predviđa nekoliko faktora transkrpcije mjesta vezanja u promoterskoj regiji. utvrdio je da se ekspresija Fam158a povećava kod mutanata GATA3, a kao što se vidi u tabeli, promotorska regija Fam158a sadrži mjesto vezanja Gata. Druga studija pokazuje da FAM158A reaguje na iscrpljivanje Beta-katenina. Iako u promotoru nisu poznata mjesta vezivanja beta-katenina, postoji NeuroD mjesto i NeuroD reagira na beta-katenin.
Funkcija
Fam158a gotovo je sveprisutan u čitavom ljudskom tijelu. Homolog kod miševa također ima ekspresiju u cijelom tijelu. Nekoliko mikro-nizova pokazuje varijabilnu ekspresiju Fam158a, kao odgovor na druge faktore i kod različitih tipova karcinoma. Nijedna od ovih informacija ne daje naznake specifične funkcije, ali široka ekspresija gena i njegova visoka konzerviranost ukazuju da Fam158a ima važnu ulogu u ćelijskoj funkciji.
Homologija
Paralozi Naziv Vrsta Uobičajeno ime Broj pristupa NCBI-u DužinaIdentitet proteina Fam158a Homo sapiens Čovjek NP_057133.2 208aa 100% Cox4NB Homo sapiens Čovjek O43402.1 210aa 41.6% Paralog FAM158A-a poznat je kao Cox4NB i nalazi se na poziciji 16q24. Također se naziva i Cox4AL, Noc4 i Fam158b. Paralog se djelimično preklapa COX4I1 i ima dvije izoforme. Izoforma 1 je potpuna izoforma sa 210 aminokiselina, dok je izoforma 2.126-aminokiselinska. Poput Fam158a, Cox4NB je visoko konzerviran u eukariota, od sisara pa sve do riba. Još nije poznata funkcija Cox4NB. U većine riba i dalje unatrag postoji jedan homolog, prekursor Cox4NB i Fam158a.
Homolozi
Vrsta Uobičajeno ime Pristupni broj u bazu NCBI (iRNK/Protein) Dužina (broj aminokiselina) Identitet proteina Identitet iRNK Napomena Homo sapiens Čovjek NM_16049.3 / NP_057133.2 896bp/208aa 100% 100% Pan troglodytes Čimpanza XM_001167788.2 / XP_001167788.1 842bp/208aa 99.5% 98.7% Identity based on SDSC alignment Mus musculus Miš NM_033146.1 / NP_149158.1 805bp/206aa 90,4% 77,7% Xenopus (Silurona) tropicalis Zapadna kandžasta žaba XM_002939019.1 / XP_002939065.1 1182bp/205aa 49,8% 40,4% Xenopus laevis Afrička kandžasta žab NM_001096278.1/ NP_001089747.1 750bp/206aa 49,8% 51,9% U iRNK nedostaje 5' UTR Danio rerio Zebrica NM_200126.1 / NP_956420.1 962bp/205aa 51,4% 46,3% Bombus impatiens Istočna pčela zunzara XM_003489887.1 / XP_003489935.1 846bp/207aa 35,8% 41,1% U uRNK nedostaje 5' UTR Volvox carteri f. nagariensis Zelena alga XM_002953071.1 / XP_002953117.1 1677bp/222aa 29,3% 34,8% Salicornia bigelovii Patuljasta slanica DQ444286.1 / ABD97881.1 870bp/198aa 31,3% 47,5% Arabidopsis thaliana Grbaštica NM_124976.3 / NP_568832.1 1039bp/208aa 29,1% 44,7% Physcomitrella patens patens Mahovina XM_001763974 / XP_001764026.1 609bp/202aa 30,9% 49,2% mRNA missing 5' UTR Serpula lacrymans S7.3 Tip kvasca Basidiomycetes, bez uobičajenog imena GL945481.1 / EGN98368.1 203aa 30,3% Redoslijed iRNK slučajnih pogodaka, nema podataka o iRNK Capsaspora owczarzaki Protist bez uobičajenog imena GG697244.1 / EFW44366.1 202aa 31,2% Redoslijed iRNK slučajnih pogodaka, nema podataka o iRNK Plasmodium knowlesi soj H Plazmodij koji izaziva malariju, bez uobičajenog imena XM_002259366.1 / XP_002259402.1 609bp/202aa 24,7% 45,9% U iRNK nedostaje 5' UTR
Kao što je prikazano u poravnavanju, protein je hemijski vrlo konzerviran, iako tačna sekvenca varira. Postoji nekoliko regija visoke konzerviranosti (istaknuti crvenim okvirima). Stepen konzerviranosti slijedi očekivani evolucijski obrazac. Grafikon to pokazuje prikupljanjem sličnosti proteina svake vrste s ljudskim proteinima, u odnosu na vrijeme otkad vrsta dijeli zajedničkog pretka. Neukorijenjeno filogenetsko stablo takođe pokazuje ovu vezu.
Protein Fam158a ima izoelektričnu tačku 5,5 i molekulsku težinu od 23 kilodaltona. Fam158a nema nijedan predviđeni signalni peptid ili transmembransku regiju. Postoji nekoliko predviđenih mjesta fosforilacije. označenih u konceptnoj translaciji, kao i predviđena sekundarna struktura. Ne postoje regije koje se bitno razlikuju od ostalih ljudskih proteina s obzirom na sastav, područja polarnosti ili regije hidrofobnosti. iPsortII ne predviđa signalne peptide i lokalizira Fam158a na citoplazmi- I-TasseraAmbrish Roy, Alper Kucukural, Yang Zhang. I-TASSER: a unified platform for automated protein structure and function prediction. Nature Protocols, vol 5, 725-738 (2010) predviđa nekoliko struktura za Fam158a i prikazano je najbolje predviđanje. Swiss Model predviđa dvije potencijalne proteinske strukture. Prva struktura predviđa da protein stvara proteinski dimer, druga kao monomer. Rual et al. otkrili su da Fam158a stupa u interakciju s proteinom zvanim TTC35. Funkcija TTC35 je nepoznata, ali je također poznato da komunicira s Cox4NB i ubikvitinom C.
Klinički značaj
Postoji nekoliko bolesti povezanih s delecijom 14q11.2, ali nijedna nije posebno povezana s Fam158a. T-limfocitna leukemija sa ili bez ataxia telangiectasia povezana je s inverzijama i tandemskim translokacijama 14q11 i 14q32 i drugih hromosoma. Također, sindaktilija tip 2 izolirana je do 14q11.2-12. Ovaj oblik sindaktilije karakterizira fuzija treće i četvrtog prsta šake i četvrtog i petog stopala, uz druge fuzije i malformacije.
Reference
Kategorija:Geni na hromosomu 14 Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Proteomika