Homolog SPT20 je protein koji je kod ljudi kodiran genom SUPT20H. Primjenom fluerecentne hibridizacije in situ i radijaciono -hibridne analize, gen FAM48A mapiran je na hromosomu 13, sekvenca q13.3.

Koristeći diferencijalni prikaz PCR-a za identifikaciju gena snižene ekspresije u malignom tkivu prostate, nakon čega slijedi skrining biblioteke cDNK prostate i 5' RACE, Schmidt et al. (2001) klonirali su FAM48A, koju su označili kao C13. Transkript sadrži kratki uzvodni ORF i glavni ORF koji kodira izvedeni protein sa 733 aminokiseline s izračunatom molekulskom masom od 80 kD. Protein ima N-terminalni jedarni signalni peptid, praćen domenom bogatim alfa-heliksima, PEST motivom i C-terminalnim glutaminom. Također ima nekoliko potencijalnih mjesta fosforilacija serina. Northern blot analiza otkrila je transkripte od 3,0 i 4,4 kb u svim pregledanim tkivima. Northern blot i analize niza ekspresija pokazale su najveću ekspresiju u sjemenicima, zatim u različitim regijama mozga odraslih i nekoliko fetusnih tkiva, uključujući pluća, mozak, slezenu, timus i bubrege. In situ hibridizacija normalne ljudske prostate otkrila je FAM48A uglavnom u epitelu.Schmidt, U., Fiedler, U., Pilarsky, C. P., Ehlers, W., Fussel, S., Haase, M., Faller, G., Sauter, G., Wirth, M. P. Identification of a novel gene on chromosome 13 between BRCA-2 and RB-1. Prostate 47: 91-101, 2001. PubMed: 11340631 Zohn i et al. (2006) primijetili su da ljudski FAM48A, koga su nazvali p38IP, sadrži dva C-terminalna domena bogate serinom. Nasuprot tome, mišji protein s 530 aminokiselina ima samo jedan domen bogat serinom. Funkcija gena Zohn et al. (2006) pokazali su da su endogeni p38 (MAPK14) i p38IP u interakciji u ćelijama bubrega čovjeka. Dvo-hibridna analiza kvasca potvrdila je interakciju u HeLa ćelijama. p38IP nije bio u interakciji s drugim ispitivanim MAP-kinazama. Analiza mutacije otkrila je da je C-terminalna polovina p38IP, uključujući dvadomena bogata serinom, potrebna za interakciju s p38.Zohn, I. E., Li, Y., Skolnik, E. Y., Anderson, K. V., Han, J., Niswander, L. p38 and a p38-interacting protein are critical for downregulation of E-cadherin during mouse gastrulation. Cell 125: 957-969, 2006. PubMed: 16751104

Životinjski model Zohn et al. (2006) uradili su skrining za mutagenezu N-etil-N-nitrozoureje. Drey mutirani miševi pokazali su nedostatke nepotpune penetracije u zatvaranju nervne cijevi, razvoju očiju i gastrulaciji. Pokazali su da je drey mutacija na mjestu prerade u p38ip uvela preuranjeni stop kodon. Drey mutirani miševi proizveli su mali dio transkripata divljeg tipa, vjerovatno objašnjavajući nepotpunu penetraciju. Drey mutant p38ip nije vezao p38, što je dovelo do oslabljene aktivacije p38 i njegovih nizvodnih supstrata u embrionskim tkivima. Rakođer su identificirali homozigotne miševe za ozbiljniju mutaciju p38ip, p38ip (RRK), koja je rezultirala potpuno penetrantnim defektima gastrulacije u kojima je bila otežana migracija mezoderma dalje od primitivne sekvence. Homozigotni miševi za p38ip (RRK) nisu aktivirali p38 u primitivnoj sekvenci, što je rezultiralo neuspjehom regulacije E-kadherina (CDH1), koji je blokirao prijelaz epitela u mezenhim potreban za normalnu migraciju mezoderma i gastrulaciju.

Aminokiselinska sekvenca

Dužina polipeptidnog lanca je 779 aminokiselina, a molekulska težina 85.789 Da..

1020304050 MQQALELALDRAEYVIESARQRPPKRKYLSSGRKSVFQKLYDLYIEECEK EPEVKKLRRNVNLLEKLVMQETLSCLVVNLYPGNEGYSLMLRGKNGSDSE TIRLPYEEGELLEYLDAEELPPILVDLLEKSQVNIFHCGCVIAEIRDYRQ SSNMKSPGYQSRHILLRPTMQTLICDVHSITSDNHKWTQEDKLLLESQLI LATAEPLCLDPSIAVTCTANRLLYNKQKMNTRPMKRCFKRYSRSSLNRQQ DLSHCPPPPQLRLLDFLQKRKERKAGQHYDLKISKAGNCVDMWKRSPCNL AIPSEVDVEKYAKVEKSIKSDDSQPTVWPAHDVKDDYVFECEAGTQYQKT KLTILQSLGDPLYYGKIQPCKADEESDSQMSPSHSSTDDHSNWFIIGSKT DAERVVNQYQELVQNEAKCPVKMSHSSSGSASLSQVSPGKETDQTETVSV QSSVLGKGVKHRPPPIKLPSSSGNSSSGNYFTPQQTSSFLKSPTPPPSSK PSSIPRKSSVDLNQVSMLSPAALSPASSSQRTTATQVMANSAGLNFINVV GSVCGAQALMSGSNPMLGCNTGAITPAGINLSGLLPSGGLLPNALPSAMQ AASQAGVPFGLKNTSSLRPLNLLQLPGGSLIFNTLQQQQQQLSQFTPQQP QQPTTCSPQQPGEQGSEQGSTSQEQALSAQQAAVINLTGVGSFMQSQAAV LSQLGSAENRPEQSLPQQRFQLSSAFQQQQQQIQQLRFLQHQMAMAAAAA QTAQLHHHRHTGSQSKSKMKRGTPTTPKF Simboli

C: Cistein D: Asparaginska kiselina E: Glutaminska kiselina F: Fenilalanin G: Glicin H: Histidin I: Izoleucin K: Lizin L: Leucin M: Metionin N: Asparagin P: Prolin Q: Glutamin R: Arginin S: Serin T: Treonin V: Valin W: Triptofan Y: Tirozin

Reference

Dopunska literatura

Vanjski linkovi

Kategorija:Geni na hromosomu 13 Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Proteomika