Podjedinica 2 CCR4-NOT transcripcijskog kompleksa je protein koji je kod ljudi kodiran genom CNOT2. To je podjedinica ICCR4-Not kompleksa deadenilaze. Alesi et al. (2017) navode da se gen CNOT2 nalazi na u hromosomskom segmenti hromosoma 12, 15q15, a Uehara et (2019) navode da gen CNOT2 sadrži 21 egzon.Alesi, V., Loddo, S., Grispo, M., Riccio, S., Montella, A. C., Dallapiccola, B., Ulgheri, L., Novelli, A. Reassessment of the 12q15 deletion syndrome critical region. Europ. J. Med. Genet. 60: 220-223, 2017. PubMed: 28159701Uehara, T., Tsuchihashi, T., Yamada, M., Suzuki, H., Takenouchi, T., Kosaki, K. CNOT2 haploinsufficiency causes a neurodevelopmental disorder with characteristic facial features. Am. J. Med. Genet. 179: 2506-2509, 2019. PubMed: 31512373 Aminokiselinska sekvenca Dužina polipeptidnog lanca je 540 aminokiselina, a molekulska težina 59.738 Da.
1020304050 MVRTDGHTLSEKRNYQVTNSMFGASRKKFVEGVDSDYHDENMYYSQSSMF PHRSEKDMLASPSTSGQLSQFGASLYGQQSALGLPMRGMSNNTPQLNRSL SQGTQLPSHVTPTTGVPTMSLHTPPSPSRGILPMNPRNMMNHSQVGQGIG IPSRTNSMSSSGLGSPNRSSPSIICMPKQQPSRQPFTVNSMSGFGMNRNQ AFGMNNSLSSNIFNGTDGSENVTGLDLSDFPALADRNRREGSGNPTPLIN PLAGRAPYVGMVTKPANEQSQDFSIHNEDFPALPGSSYKDPTSSNDDSKS NLNTSGKTTSSTDGPKFPGDKSSTTQNNNQQKKGIQVLPDGRVTNIPQGM VTDQFGMIGLLTFIRAAETDPGMVHLALGSDLTTLGLNLNSPENLYPKFA SPWASSPCRPQDIDFHVPSEYLTNIHIRDKLAAIKLGRYGEDLLFYLYYM NGGDVLQLLAAVELFNRDWRYHKEERVWITRAPGMEPTMKTNTYERGTYY FFDCLNWRKVAKEFHLEYDKLEERPHLPSTFNYNPAQQAF Simboli
C: Cistein D: Asparaginska kiselina E: Glutaminska kiselina F: Fenilalanin G: Glicin H: Histidin I: Izoleucin K: Lizin L: Leucin M: Metionin N: Asparagin P: Prolin Q: Glutamin R: Arginin S: Serin T: Treonin V: Valin W: Triptofan Y: Tirozin
Kloniranje i ekspresija Proteinski kompleks kvasca CCR4-NOT globalni je regulator transkripcije RNK- polimeraze II. Sastoji se djelimično od CCR4, NOT1 do NOT5 i CAF1 (također se naziva i POP2). Pretražujući baze podataka o sekvencama, Albert et al (2000) identificirali su ljudske EST-ove koji kodiraju homologe kvasca NOT1, NOT2, NOT3, NOT4 i CAF1. Sastavili su ljudsku NOT2 cDNK koja sadrži kodirajuću sekvencu cijele dužine. Izvedeni ljudski NOT2 protein od 540 aminokiselina dijeli 26% ukupnog identiteta sekvence sa proteinom NOT2 kvasca od 191 aminokiseline. U usporedbi s kvascem NOT2, ljudski NOT2 ima N-terminalni nastavak. Ljudski NOT2 sadrži N-terminal navodno bipartitni signal jedarne lokalizacije. Koristeći 2-hibridni test kvasca, pokazali su da rekombinantni ljudski NOT2 može stupiti u interakciju s kvačevim NOT1 i N-terminalnim krnjim ljudskim proteinom NOT1. Nije značajno stupio u interakciju s ljudskim NOT3 ili kvaščevim CCR4.Albert, T. K., Lemaire, M., van Berkum, N. L., Gentz, R., Collart, M. A., Timmers, H. T. M. Isolation and characterization of human orthologs of yeast CCR4-NOT complex subunits. Nucleic Acids Res. 28: 809-817, 2000. PubMed: 10637334
Northern blot analiza otkrila je transkript NOT2 od 3,2 kb u svim ispitivanim ljudskim tkivima, kao što su mozak, srce, pluća, jetra, bubrezi, tankom i debelo crijevo, te slezena, timus, leukociti periferne krvi, skeletni mišići i posteljica. Poput ekspresije ljudskih NOT1, NOT3 i CALIF, NOT2 je imao visoku razinu u mozgu, bubrezima i posteljici, a vrlo nisku u skeletnim mišićima i debelom crijevu. Otkrili su da rekombinantni ljudski NOT2 ne može nadopuniti temperaturno osjetljivi fenotip, koji mu daje mutacija kvasca not2-1.
Funkcija gena Sessions et al. (2009) identificirali su faktore domaćina insekata potrebne za razmnožavanje virusa denga, sprovođenjem skrininga interferencijske RNK za čitav genom, u ćelijama D. melanogaster, koristeći dobro uspostavljenu 22.632 dvolančanu RNK biblioteku. Ovaj pregled identificirao je 116 kandidatskih faktora domaćina virusa denga (DVHF). Iako su neki prethodno bili povezani s flavivirusima, većina DVHF-ova je nedavno umiješana u širenje virusa denga. DVHF-i dvokrilaca imali su 82 lahko prepoznatljiva ljudska homologa i, koristeći ciljani kratki skrining interferencijske RNK, pokazali su da su 42 ljudska DVHF-a. To uključuje NPR2, SEC61B, TMEM214, TAZ, EXDL2 i CNOT2. Zaključili su da ovo preklapanje ukazuje na značajno očuvanje potrebnih faktora između dvokrilca i ljudskih domaćina.Sessions, O. M., Barrows, N. J., Souza-Neto, J. A., Robinson, T. J., Hershey, C. L., Rodgers, M. A., Ramirez, J. L., Dimopoulos, G., Yang, P. L., Pearson, J. L., Garcia-Blanco, M. A. Discovery of insect and human dengue virus host factors. Nature 458: 1047-1050, 2009. PubMed: 19396146
Molekulska genetika Kod 13-godišnjeg dječaka s poremećajem intelektualnog razvoja, s nazalnim govorom, dismorfnim licem i promjenjivim skeletnim anomalijama , Alesi et al (2019) identificirali su de novo heterozigotnu 85-kb intragenskuu deleciju unutar gena CNOT2. Delecija je pronađena analizom hromosomskih mikronizova. Ispitivanje ExAC baze podataka pokazalo je da se varijante gubitka funkcije u genu CNOT2 ne toleriraju. Iako funkcionalne studije varijanti i studije ćelija pacijenata nisu provedene, sugerirali su da je za fenotip odgovorna haploinsuficijencija CNOT2.Alesi, V., Loddo, S., Cali, F., Orlando, V., Genovese, S., Ferretti, D., Calacci, C., Calvieri, G., Falasca, R., Ulgheri, L., Drago, F., Dallapiccola, B., Baban, A., Novelli, A. A heterozygous, intragenic deletion of CNOT2 recapitulates the phenotype of 12q15 deletion syndrome. Am. J. Med. Genet. 179A: 1615-1621, 2019. PubMed: 31145527
Kod šestogodišnjeg japanskog dječaka sa IDNADFS-om, Uehara et al. (2019) identificirali su de novo heterozigotnu nonsens mutaciju u genu CNOT2 (K316X). Mutacija, koja je pronađena sekvenciranjem cijelog egzoma i potvrđena Sangerovim sekvenciranjem, nije pronađena u ExAC bazi podataka niti u 2.048 kontrolnih japanskih osoba. Funkcionalne studije varijante i studije ćelija pacijenata nisu provedene, ali predviđeno je da će varijanta rezultirati nonses mutacijom posredovanim raspadom iRNK i haploinsuficijencijom.
Reference
Dopunska literatura
Vanjski linkovi
Kategorija:Geni na hromosomu 12 Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Proteomika