Protein 42B sa domenom upredene zavojnice, znan i kao CCDC42B, je protein koji je kodiran genom CCDC42B. Aminokiselinska sekvenca Dužina polipeptidnog lanca je 308 aminokiselina, a molekulska težina 35.914 Da.
1020304050 MAVPWEEYFRLALQEKLSTKLPEQAEDHVPPVLRLLEKRQELVDADQALQ AQKEVFRTKTAALKQRWEQLEQKERELKGSFIRFDKFLQDSEARRNRALR RAAEERHQAGRREVEALRLWTQLQELRREHARLQRRLKRLEPCARLLEQA LELLPGFQEVPELVARFDGLAETQAALRLREREQLAELEAARARLQQLRD AWPDEVLAQGQRRAQLQERLEAARERTLQWESKWIQIQNTAAEKTLLLGR SRMAVLNLFQLVCQHQGQPPTLDIEDTEGQLEHVKLFMQDLSAMLAGLGQ AEPAAPAS Simboli
C: Cistein D: Asparaginska kiselina E: Glutaminska kiselina F: Fenilalanin G: Glicin H: Histidin I: Izoleucin K: Lizin L: Leucin M: Metionin N: Asparagin P: Prolin Q: Glutamin R: Arginin S: Serin T: Treonin V: Valin W: Triptofan Y: Tirozin
Lokus Gen CCDC42B nalazi se na plus lancu hromosoma 12, na poziciji q24.13, između baznih parova 113,587.663 i 113,597.081. Dio CCDC42B preklapa se sa genom DDX54 (113,594.978 – 113,623.284). Veličina gena nje 9.419 baza, a njegova molekulaka težina 35.914 Da. Njegova iRNK sadrži 1514 bp i nalazi se od 113,587.663 do 113,597.081 bp. Protein CCDC42B sadrži 308 aminokiselina u rasponu od 113,587.663 do 113,595,484 bp. Predviđa se da je se regija promotora (GXP_642107) sadrži 859 bp, od 113,586,906 do 113,587,764. Ljudski CCDC42B gen ima tri susjedna gena: DDX54, RASAL 1 i DTX1.
Gen DDX54 je član proteinske porodice DEAD, pretpostavljenih RNK-helikaza. Kodira DEAD boks proteina koji ima konzervirani motiv Asp-Glu-Ala-Asp (DEAD). Porodica proteina iz kutije DEAD povezana je s ćelijskim procesima koji uključuju promjenu sekundarne strukture RNK, poput njene prerade, sastavljanja ribosoma, započinjanja translacije, jedarne i mitohondrijske prerade, spermatogeneze, embriogeneze te rasta i diobe ćelija. Protein RASAL 1 je član porodice GAP1 koji djeluju u suzbijanju funkcije Ras, inaktiviranjem oblika Ras vezanog za BDP, koji omogućava kontrolu ćelijske proliferacije i diferencijacije. DTX1 funkcionira kao proteinska ubikvitin-ligaza olakšavajući ubikvitinaciju i dopuštajući razgradnju MEKK1. Aktivnost ubikvitin ligaze u DTX1 regulira zarezni put, signalni put koji je povezan sa ćelijsko-ćelijskom komunikacijom, koja regulira određivanje ćelijske sudbine.
Protein Prema SAPS, ljudski protein CCDC42B sastoji se od 308 aminokiselina sa osam egzona. Zreli oblik proteina ima molekulsku težinu od 35,9 kdal (35,914 Da). Izoelektrična tačka za mu je 7,01, u kojoj CCDC42B protein ne nosi neto naboj pri tom određenom pH. N-terminal proteinske sekvence sastavljen je od Met (M). Predviđeno je da je kod ljudi veliki prosjek hidropatije – 0,694 za CCDC42B i – 0,398 za udaljene ortologe CG10750 Drosophila melanogaster. Negativan GRAVY potvrđuje da su oba proteina topljiva i hidrofilna. Predviđa se da teorijski indeks nestabilnosti (II) za CCDC42B iznosi 63,73, a za CG10750 45,20, što ukazuje na to da su oba proteina u epruveti nestabilna. Predviđa se da će poluvrijeme eliminacije biti 30 sati za CCDC42B i CG10750 u retikulocitima sisara (in vitro), što odgovara poluživotu za enzime odgovorne za kontrolu brzine metabolizma. Gore navedeni rezultati potvrdili su da i CCDC42B i CG10750 imaju sličnosti u sastavu aminokiselina i karakteristikama proteina. Stoga su mnoge karakteristike CCDC42B konzervirane i kod bliskih i udaljenih vrsta.
Primarni transkript i varijante/izoforme Ljudskii gen CCDC42B sadrži devet introna i proizvedeno je osam različitih transkripata iRNK: po četiri alternativno prerađene varijante bez pretade. Alternativna prerada rezultira kodiranjem dva vrlo dobra proteina, tri dobra proteina i tri nekodirajuća.
Domeni i motivi
Protein CCDC42B nepoznate funkcije sadrži domen upredene zavojnice nepoznate funkcije (DUF4200) koji pripada eukariotima i nalazi se u rasponu od 34-159 aminokiselina. Kod eukariota domen DUF4200 je konzerviran. Struktura upredene zavojsnice sastoji se od dvija alfa-heliksa, omotana jedan oko drugog u obliku spirale. Ponavljanje heptade (abcdefg) n tvori niz namotaja upredene strukture, gdje su a i d hidrofobni, e i g polarno nabijeni. AlatDomeni i motivi Položaj (AA)2ZIP Domen leucinskog zarvarača 123-154 2ZIP Domen upredene zavojnice 123-150 i 171-201 PFSCAN Argininom bogati domen 94-139
Posttranslacijske modifikacije
Za analizu posttranskripcijskih modifikacija proteina CCDC42B prvenstveno se koristi ExPASy Proteomics Tool.. Ljudska N-terminalna acetilacija (A2) odgovarala je u pet od šest ortologa. Drosophila nema Ala, Gly, Ser ili Thr na poziciji 1-3, pa je acetilacija N-kraja u ljudskom CCDC42B konzervirana. U ljudskom proteinu CCDC42B konzervirano je i mjesto SUMOilacije, budući da je lizin (K) na poziciji 285 konzerviran u pet od šesat ortologa; uglavnom blisko povezani organizmi pokazali su konzerviranje lizina. Uglavnom događaju se fosforilacije, a za ovaj gen pretpostavlja se da je uključen u signalne puteve. Ljudsko CCDC42B mjesto fosforilacije tirozina na položaju 8 (Y8) potpuno je konzervirano u svih šest tipova ortologa (mjesto je odgovaralo mjestu sulfacije). Ostala mjesta fosforilacije u ljudskom proteinu CCDC42B konzervirana su u ortolozima. Isti aminokiselinski ostaci u ljudskom proteinu CCDC42B podvrgnuti su konkurentnoj fosforilaciji i O-vezanoj glikozilaciji. Međutim, mjesta glikozilacije uglavnom se javljaju u ostacima serina i treonina koji bi bili fosforilirani serin/treonin kinazama. Stoga bi fosforilacija Ser/Thr ostataka spriječila obradu O-GlcNAc. Humani CCDC42B protein je sačuvao GPI-modifikaciju alanina (A) na poziciji 293 koja je konzervirana u četiri od šest ortologa.
AlatPredviđena modifikacijaHomo sapiensMus musculusDrosophila melanogaster YinOYangO-β-GlcNAcT60, T240, S308 T302, T304, T306 S30, S116, T155, S238, S241 NetPhosFosforilacija S18, S80, T227, T277, Y8 S14, S58, S170, S188, S198, S238, S240, T4, T25, T59, T119, T167, T269 S19, S45, S116, S120, S141, S178, S201, S238, S241, S261, S290, S293, S308, S319, T7, T125, T132, Y239 SulfinatorSulfacija(Nema) (Nema) Y61 SulfoSiteSulfacijaY8Y56Y61,Y294 SumoPlotSumoilacijaK289 K178, K287, K202, K53, K38, K39, K153 K9, K251, K232, K39, K328, K99 TerminatorN-terminallizacija||A2||A2||P2||
Sekundarna struktura protein CCDC42B formira sekundarnu strukturu zasnovanu na alfa-heliksima. Predviđeno je da struktura CCDC42B sadrži nekoliko alfa-spirala i druge nasumične zavojnice. Strukture ukosnice otkrivene su na 5' UTR i 3' UTR području CCDC42B. Također, otkriveno je da se domen leucinskog zatvarača preklapa sa domenom upredene zavojnice. Priložena slika prikazuje usporedbu između ljudskog CCDC42B i pet drugih ortolognih tipova, što potvrđuje da se ljudski CCDC42B prvenstveno sastoji od alfa-heliksa zbog svoje sekundarne strukture.
Struktura 3° and 4° Prema CBLAST-u, sekvenca proteina CCDC42B je poravnata sa 2I1K_A (Lanac A, Moesin iz Spodoptera Frugiperda otkriva domen upredene zavojnice pri rezoluciji 3,0 angstrema), a dobijena je E-vrijednost od 1,00e-03. Poravnate sekvence iz 164-243 AA za CCDC42B i 302-381 AA za 2I1K_A rezultirale su 22% identičnošću između obje sekvence u 80 aminokiselinskih ostataka. Struktura prikazuje samo poravnatu sekvencu CCDC42B sa 2I1K_A. Predviđena struktura (plava: nisu slični ostaci, crvena: očuvani ostaci, siva: neusklađeni ostaci CCDC42B sa 2I1K_A).
Ekspresija Pregled Atlasa ljudskih proteina rezultirao je nalazom ekspresije CCDC42B u normalnom ljudskom tkivu. Nivo ekspresije CCDC42B gena u normalnim ljudskim tkivima detektovan je na visokom do umjerenom nivou u 17 od 78 tkiva, analiziranih tehnikom Expressed Sequence Tag (EST). Gen CCDC42B ima suženu ekspresiju u tkivima. Ima jaču ekspresiju u respiratornom epitelu i jajovodu; umjerena ekspresija je u crijevima i jetri, a niska do nikakva ekspresija u drugim normalnim tkivima. Štaviše, ekspresija mikronizova i imunohistohemije (IHC) otkrila je prisustvo niskog nivoa ekspresije iRNK CCDC42B u: pljuvačnim žlezdama, želucu, koži, koštanoj srži i plućima. Domen upredene zavojnice koj sadrži 42B uključen je u kancer; u niskim do umjerenim nivoima, gen CCDC42B eksprimiran je u tumorskim ćelijama.
Faktori vezivanja promotora i transkripcije thumb|150px|Promoturska regija ljudskog CCDC42B sa glavnim transkripcijskim mjestom vezanja
PremaGenomatix-u, promotorska regija sadrži 859 parova baza i nalazi se na pozitivnom lancu hromosoma 12, sekvenca 113,586,906 do 113,587,764 bp, uzvodno od gena CCDC42B. Predviđeno je da promotorska regija sadrži mjesta za transkripcijske vezivne faktore koji reguliraju ekspresiju CCDC42B. Priložena slika ilustrira važne faktore vezanja za transkripciju u regiji promotora za ljudski CCDC42B .
Prema nalazima u2014. godini, gen/protein CCDC42B kod ljudi ima nepoznatu funkciju. Međutim, predviđa se da je CCDC42B uključen u sastavljanje i pokretljivost flagela.
Interaktivni proteini
Prema STRING-u, MINT, i IntAct, ljidski CCDC42B ne ispoljava bilo koju direktnu interakciju sa ostalim proteinima. Putem GeneMania, druge interakcije identificirane su koekspresijom s drugim proteinima, kako se vidi na slici. Utvrđeno je da CCDC42B koeksprimira s drugim domenima s upredenom zavojnicom, koji sadrže proteine (CCDC78 i CCDC153). Budući da je ljudski CCDC42B eksprimiran u niskom nivou u sjemenicima, predviđa se da će stupiti u interakciju sa SPATC1 (povezani protein 1 sa spermatogenezom i centriolama).
Paralozi Gen CCDC42B ima samo jedan glavni paralog CCDC42 (CCDC42A) Ime Vrsta Uobičajeno ime Pristupni broj bazi NCBI Dužina Identitet proteina CCDC42B Homo sapiens Čovjek NM_001144872.1 308aa 100% CCDC42A Homo sapiens Čovjek NM_144681.2 316aa 36%
Ortolozi Ljudski gen CCDC42B' nalazi se u ~ 58 tipova ortologa. veća očuvanost CCDC42B kod mnogih ortologa sisara u odnosu na ortologe bez sisara. Veća konzerviranost gena CCDC42B u nekoliko striktnih ortologa (sisazi): čimpanze, rezus majmun, pas, goveče, miš, pacov i kokoš, a identiteti se kreću između 95%-69%. Niža očuvanost CCDC42B gena u udaljenim homolozima (bez sisata): ptice, gmizavci, vodozemci i ribe i identiteti koji se kreću između 23%-40%. Slika prikazuje usporedbu između striktnih ortologa i udaljenih homologa radi komnzerviranja CCDC42B (ljubičasta boja: usklađeni ostaci aminokiselina; plava: konzervirani ostaci; ružičasta: slični ostaci; bijela: različiti ostaci) thumb|200px| Striktni ortolozi nasuprot udaljenim homolozima za CCDC42B. Rod/vrstaUobičajeno imeRazredMilioni godinaDužina (AA)IdentitetPristup (RefSeq) Macaca mulatta Rezus-makak Mammalia 29 308 95%NP_001181192.1 Orcinus orca Kit bica (orka) Mammalia 94,2309 81%XM_004281459.1 Bos taurus Govedo Mammalia 94,2 314 79%NM_001144873.1 Sus scrofa Svinja Mammalia 94,2 308 79%XM_005670689.1 Ceratotherium simum simum Južni bijeli nosorog Mammalia 942311 79%XM_004430130.1 Loxodonta africana Afrički savanski slon Mammalia 98,7 303 79%XM_003419288.1 Trichechus manatus latirostris Floridska morska krava Mammalia 98,7 303 78%XM_004379058.1 Equus caballus Konj Mammalia 94,2 306 76% Dasypus novemcinctus Devetoprugi armadilo Mammalia 104,2 310 74%XM_004456157.1 Microtus ochrogaster Prerijska krtica Mammalia 92,3 308 69%XM_005371872.1 Ciona intestinalis Pehatasti tunikat Ascidiacea 722,5 308 40%XM_002128423.1 Strongylocentrotus purpuratus Pururni morski jež Echinoidea 742,9 312 40% Xenopus (Silurana) tropicalisZapadna kandžasta žabaAmphibia 371,2 32638.7XM_004910626.1 Crassostrea gigas Pacifička ostriga Bivalvia 782,7312 38,2%JH816130.1 Lepisosteus oculatus Tačkasti gar Ostichthyes 400,1302 38%XM_006640471.1 Hydra vulgaris Slatkovodni polip Hydrozoa 855,3 305 38%XM_004206385.1 Chrysemys picta belliiZapadna obojena kornjačaReptilia 296 321 37%XM_005309857.1 Anolis carolinesisZelena anolaReptilia 296 31436%XM_003217075.1Latimeria chalumnae Latimerija Košljoribe414,9 312 35%XM_006005425.1Amphimedon queenslandica Sunđer Demospongia 716,5 31933%XM_003385188.1Drosophila melanogaster Vinska mušicaInsecta 782,7 33123%NP_609955.1
Konzervacija