Otvoreni okvir čitanja 86 hromosoma 11, znan i kao C11orf86, kod ljudi je protein-kodirajući gen . Kodira protein poznat kao neokarakterizirani protein C11orf86, za koji se predviđa da je jedarni protein. Funkcija ovog proteina još nije poznata.

Aminokiselinska sekvenca Dužina polipeptidnog lanca je 115 aminokiselina, a molekulska težina 13 172 Da..

1020304050 MGTGLRSQSLREPRPSYGKLQEPWGRPQEGQLRRALSLRQGQEKSRSQGL ERGTEGPDATAQERVPGSLGDTEQLIQAQRRGSRWWLRRYQQVRRRWESF VAIFPSVTLSQPASP

Gen

Lokacija C11orf86 se nalazi na dugom kraku hromosoma 11 na poziciji 11q13.2. Sastoji se od 1732 parova baza i nalazi se na plus lancu. Susjedi gena C11orf86 uključuju neokarakterizirane LOC105369355, mikroRNK 6860, mikroRNK 3163, sinaptotagmin 12, člana ras homologa porodice D i piruvat-karboksilaza. center|thumb|482x482px|Gensko susjedstvo C11orf86, prema NCBI

Promotor Program ElDorado, putem Genomatixa, identificirao je promotorsku regiju C11orf86 na pozitivnom lancu, od 66,974.707 do 66,975.464 bp, sa ukupno 758 baznih parova.

Ekspresija C11orf86 se primarno eksprimira u ljudskom gastrointestinalnom traktu. Ekspresija se javlja u ascitesu, crijevima, želucu, gastrointestinalnim tumorima i novim neoplazijama.

iRNK thumb|321x321px|Dijagram alternativnih varijanti prerade iRNK ljudskog C11orf86, prema AceView

Alternativna prerada Prema AceView, transkripcija gena proizvodi tri različite iRNK, od kojih su dvije varijante alternativno prerađene varijante, dok je treći oblik bez prerade. Sve tri varijante bi mogle kodirati funkcionalne proteine. Transkript korišten za ovaj članak sastoji se od dva egzona, što iznosi 1.185 parova baza i ima referentni broj NM_001136485.1.

Varijanta iRNKEgzonVeličina egzona (bp)IntronVeličina introna (bp)a136215412829b124915382251c15510

Protein

Opća svojstva Protein C11orf86 je dug 115 aminokiselina. molekulska težina C11orf86 je 13,2 kdal. a predviđena izoelektrična tačka je 11,9.1 MGTGLRSQSL REPRPSYGKL QEPWGRPQEG QLRRALSLRQ GQEKSRSQGL ERGTEGPDAT 61 AQERVPGSLG DTEQLIQAQR RGSRWWLRRY QQVRRRWESF VAIFPSVTLS QPASP

Kompozicija Većina proteina C11orf86 sastoji se od arginina (15,7%), glutamina (12,2%), serina (10,4%), glicina (10,4%) i leucina (9,6%). U ovom proteinu nisu pronađeni ostaci cisteina, histidina ili asparagina.A : 6( 5.2%); C : 0( 0.0%); D : 2( 1.7%); E : 9( 7.8%); F : 2( 1.7%) G : 12(10.4%); H : 0( 0.0%); I : 2( 1.7%); K : 2( 1.7%); L : 11( 9.6%) M : 1( 0.9%); N : 0( 0.0%); P : 9( 7.8%); Q : 14(12.2%); R : 18(15.7%) S : 12(10.4%); T : 5( 4.3%); V : 4( 3.5%); W : 4( 3.5%); Y : 2( 1.7%)C11orf86 nema pozitivne, negativne ili mješovite grupe naboja. Međutim, postoji veće prisustvo arginina, koji je pozitivno nabijen.1 00000+0000 +-0+0000+0 0-000+00-0 00++0000+0 00-+0+0000 -+00-00-00 61 00-+000000 -0-000000+ +00+000++0 000+++0-00 0000000000 00000

Domen Ovaj protein je dio superporodice DUF4633. Proteini koji pripadaju ovoj porodici često su dugački između 94 i 123 aminokiseline. Ovaj domen nalazi se kod bakterija, virusa, gljiva, biljaka, insekata, reptilia, ptica i sisara. thumb|900x900px|Domen nepoznate funkcije, DUF4633 i gen C11orf86|none

Posttranslacijska modifikacija Predviđeno je da C11orf86 ima devet mogućih mjesta fosforilacije, od kojih je osam serinskih, a jedno je treoninsko. Predviđa se i da će imati deset mjesta O-vezane glikozilacije.

Sekundarna struktura C11orf86 se prvenstveno sastoji od nasumičnih zavojnica i alfa-heliksa.

Subćelijska lokalizacija Predviđa se da će ovaj protein biti jedarni protein. Čini se da postoji bipartitna jedarna lokalizacijska sekvenca koja počinje na poziciji 80.

Homologija Protein C11orf86 je konzerviran kod sisara, a ortolozi mogu se lahko pratiti do marsupialia, monotremata i gmizavaca. Čini se da nema ortologa C11orf86 kod biljaka, gljiva, riba, vodozemaca ili ptica. Ne postoje paralozi C11orf86. Donja tabela prikazuje neke ortologe koji su pronađeni pomoću BLAST-a. Datiranje divergencije pronađeno je iz TimeTree, koristeći medijansku procjenu molekulskog vremena.

Rod i vrsta Uobičajaeno imePristupni brojDužina proteina (aa)Identitet (%)Datiranje divergencije (milioni godina)Homo sapiensČovjekNP_001129957.1115100Macaca mulattaRezus-makakXP_001115236.11158927,3Rattus norvegicusSmeđi pacovNP_001102991.11237490,1Bos taurusGovedoNP_001070558.11227495,0Equus caballusKonjXP_014585069.11137195,0Mus musculusMišNP_081513.11247190,1Felis catusMačkaXP_003993784.11217095,0Canis lupus familiarisPasXP_003639729.11216995,0Sarcophilus harrisiiTasmanijski đavoXP_012408455.112040162,4Ornithorhynchus anatinusKljunarXP_007659213.111940169,7Chrysemys picta belliiObojena kornjača XP_008177865.113535320,5

Klinički značaj Studija pridružnosti bipolarnog poremećaja identifikovala je C11orf86 kao jedan od mnogih gena pronađenih u regiji neravnoteža veza na hromosomu 11. Uprkos dokazima o određenoj povezanosti, nije utvrđeno da se C11orf86 nalazi u području od posebnog značaja. C11orf86 je podreguliran od nove neoplazijske sluznice do adenom i karcinoma, podreguliran kod karcinoma bubrežnih ćelija, i ima hromosomski dobitak, koji su značajno povezani sa čistim mucinoznim podtipovima u mucinoznom karcinomu.

Reference

Kategorija:Nekarakterizirani proteini Kategorija:Geni na hromosomu 11 Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Proteomika