Tetratrikopeptid-ponavljajući protein 39B je protein koji je kod ljudi kodiran genom TTC39B, poznatim i kao C9orf52 ili FLJ33868. Glavno obilježje unutar tetratrikopeptidnog ponavljanja 39B je domen nepoznate funkcije 3808 (DUF3808), koji obuhvata većinu proteina. Aminokiselinska sekvenca Dužina polipeptidnog lanca je 682 aminokiseline, а molekulska težina 76.956 Da.
1020304050 MDAVLACRLRGRGNRVAALRPRPRPGGSAGPSPFALLCAGLSPEPRAGVG SEFPAWFLGGSSQRRNMALLGSRAELEADEDVFEDALETISISSHSDMAT SSLHFASCDTQQAPRQRGASTVSSSSSTKVDLKSGLEECAVALNLFLSNK FTDALELLRPWAKESMYHALGYSTIVVLQAVLTFEQQDIQNGISAMKDAL QTCQKYRKKYTVVESFSSLLSRGSLEQLSEEEMHAEICYAECLLQKAALT FVQDENMINFIKGGLKIRTSYQIYKECLSILHEIQKNKLQQEFFYEFEGG VKLGSGAFNLMLSLLPARIIRLLEFIGFSGNRELGLLQLREGASGRSMRS ALCCLTILAFHTYISLILGTGEVNVAEAERLLAPFLQQFPNGSLVLFYHA RIELLKGNLEEAQEVFQKCISVQEEWKQFHHLCYWELMWINVFQQNWMQA YYYSDLLCKESKWSKATYVFLKAAILSMLPEEDVVATNENVVTLFRQVDS LKQRIAGKSIPTEKFAVRKARRYSASLPAPVKLILPALEMMYVWNGFSIV SKRKDLSENLLVTVEKAEAALQSQNFNSFSVDDECLVKLLKGCCLKNLQR PLQAELCYNHVVESEKLLKYDHYLVPFTLFELASLYKSQGEIDKAIKFLE TARNNYKDYSLESRLHFRIQAALHLWRKPSSD
Gen thumb|Lokacija gena TTC39B na hromosomu 9 Gen TTC39B nalazi se na kratkom kraku hrompsoma 9, sekvenca 9p22.3. Genomska DNK je duga 136.517 baza, sastoji se od 39 introna i 20 egzona i nalazi se na minus lancu. iRNK ima dužinu od 3,276 baza. TTC39B je okružen LOC100419056, hloridnim kanalom, osjetljivim na napon u tri pseudogena.
Funkcija
Očekuje se da TTC39B ima funkciju molekulnog vezivanja, kao i ulogu u regulaciji lipida; fenotip kao i funkcija in vivo su nepoznati.
Homologija i evolucija
Paralozi
Postoje dva poznata paraloga TTC39B: TTC39A i TTC39C. TTC39A ima dvije prerađene izoforme, a TTC39C ima tri prerađene izoforme.
TTC39A je testiran na povezanost s bolestima kao što su neoplazme dojke i očekuje se da će imati funkciju vezivanja molekula i lokaliziran je u različitim odjeljcima (vanćelijski prostor, ćelijska membrana, jedro) ).
Očekuje se da se TTC39C lokalizira u citoplazmi. Nije otkriven nijedan fenotip, a funkcija gena in vivo je nepoznata.
Ortolozi
Rod i vrsta Uobičajeno ime Identitet RNK Datiranje divergencije od ljudi (milioni godina) Pan paniscus Bonobo 99% 6,3 Pan troglodytes Čimpanze 99% 6,3 Gorilla gorilla gorilla Gorile 99% 8,8 Nomascus leucogenys Giboni 98% 20,4 Papio anubis Babun 97% 29,0 Pongo pygmaeus Orangutan 97% 15,7 Callithrix jacchus Marmozet 96% 42,6 Saimiri boliviensis boliviensis Vjeveričasti majmun 94% 42,6 Canis lupus familiaris Pas 91% 94,2 Otolemur garnettii Žbunasti lemur 90% 74,0 Felis catus Mačka 89% 94,2 Bos taurus Govedo 88% 94,2 Cricetulus griseus Hrčak 92,3 Ovis aries Ovca 85% 94,2 Rattus norvegicus Pacov 85% 92,3
Udaljeni homolozi
Rod i vrsta Uobičajeno ime Identitet RNK Datiranje divergencije od ljudi (milioni godina) Sarcophilus harrisii Tasmanijski đavo 78% 162,6 Gallus gallus Kokoš 75% 296.0 MYA Taeniopygia guttata Zebrasta zeba 75% 296,0 Anolis carolinensis Gušter 75% 296,0 Xenopus laevis Žaba 74% 371,2
Filogenija
TTC39B je konzerviranan u organizmima od ljudi do Platyhelminthes i nije konzerviran u kvascima i gljivama. thumbnail|Neukprijenjeno filogenetsko stablo bliskih ortologa TTC39B
thumbnail|Neukorijenjeno filogenetsko stablo udaljenih homologa TTC39B
Protein
Gen TTC39B ima pet različitih varijanti transkripta, od kojih svaka kodira različite proteine. Ovaj članak fokusira se na ponavljajući protein tetratrikopeptidne izoforme 139B, najduži od svih proteina. Kada se prevede, protein TTC39B sastoji se od 682 aminokiseline i ima molekulsku masu 76.955,64 kDa. Izoelektrična tačka proteina je 7,16 pH.
Konzervacija
Bliski ortolozi: Rod i vrsta Uobičajeno ime Identitet RNK Datiranje divergencije od ljudi (milioni godina) Pan troglodytes Čimpanza 99% 6,3 Pan paniscus Bonobo 99% 6,3 Nomascus leucogenys Gibon 98% 20,4 Papio anubis Babun 98% 29,0 Callithrix jacchus Marmozet 97% 42,6 Saimiri boliviensis boliviensis Vjeveričasti majmun 96% 42,6 Heterocephalus glaber Goli krtičasti pacov 92% 92,3 Canis lupus familiaris Pas 91% 94,2 Cricetulus griseus Hrčak 90% 92,3 Ovis aries Ovca 89% 94,2 Cavia porcellus Zamorac 86% 92,3
Udaljeni ortolozi:
Rod i vrsta Uobičajeno ime Identitet RNK Datiranje divergencije od ljudi (milioni godina) Sarcophilus harrisii Tasmanijski đavo 73% 162.6 MYATaeniopygia guttata Zebrasta zeba 72% 296.0 MYAPteropus alecto Šišmiš 55% 94,2 Bos taurus Govedo 54% 94,2 Rattus norvegicus Pacov 54% 92,3Gallus gallus Kokoš 54% 296,0Danio rerio Zebrica 54% 400,1 Crassostrea gigas Ostriga 50% 782,7 Camponotus floridanus Mrav 43% 782,7Nasonia vitripennis Vaš 42% 782,7Ciona intestinalis Urochordata 40% 722,5 Clonorchis sinensis Jetreni metilj 35% 792,4
Domeni i motivi
Domen nepoznate funkcije 3808 (DUF3808) je konzerviran od gljiva do ljudi i ima još nepoznatu funkciju. Nalazi se od aminokiselina 142 do 568 (dužine 427 aminokiselina). Proteini ove porodice na svom C-terminalu također sadrže domen TPR_2, koji također ima nepoznatu funkciju.
Još jedno konzervirano područje u proteinu TTC39B je ponavljanje tetratrikopeptida TPR_12. Nalazi se od aminokiseline 600 do 658 (dužina 59 aminokiselina). TPR domeni nalaze se u mnogim proteinima koji olakšavaju specifične interakcije s partnerskim proteinom. Trodimenzijski strukturni podaci pokazali su da TPR regija formira dvijs antiparalelna alfa-heliksa. TPR motivi koji su raspoređeni jedan ispred drugog stvaraju spiralnu strukturu desne ruke s amfipatskim kanalom koji bi mogao prihvatiti komplementarnu regiju ciljnog proteina. Većina proteina koji sadrže TPR povezani su s multiproteinskim kompleksima, a postoje opsežni dokazi koji ukazuju da su TPR motivi važni za funkcioniranje kompleksa šaperona, ćelijskog ciklusa, transkripcije i transportnih proteinskih kompleksa. u proteinu TTC39B protein nađena su više dva TPR domena: TPR1 se proteže od aminokiseline 393 do 426 (dug 34 aminokiseline) i TPR2, između aminokiselina 626 i 659 (također dug 34 aminokiseline).
TTC39B sadrži tri transmembranske regije, sve unutar regije DUF3808. Budući da postoje tri transmembranske regije, N– i C-terminal proteina su na suprotnim stranama plazmamembrane.
Posttranslacijske modifikacije
Mjesta fosforilacija:
Aminokiselina Položaj Serin (S) 28, 32, 42, 51, 61, 62, 72, 91, 93, 94, 96, 101, 102, 107, 120, 123, 124, 125, 126, 127, 134, 148, 165, 173, 194, 215, 217, 218, 221, 224, 229, 270, 279, 305, 313, 329, 344, 347, 350, 365, 393, 421, 454, 461, 464, 477, 500, 509, 524, 526, 548, 551, 557, 573, 578, 580, 614, 634, 638, 660, 663, 680, 681 Treonin (T) 89, 100, 110, 121, 128, 152, 174, 183, 202, 211, 250, 269, 356, 362, 370, 467, 487, 493, 512, 563, 628, 651 Tirozin (Y) 167, 172, 206, 210, 239, 271, 274, 295, 363, 398, 434, 451, 452, 453, 468, 523, 542, 608, 620, 623, 636, 656, 659
Vjerovatnoća mjesta sumoilacija (bolded):
Broj Položaj Grupa Rezultat 1 619 ESEKL LKYD HYLVP 0,91 2 262 NMINF IKGG LKIRT 0,77 3 302 EFEGG VKLG SGAFN 0,76 4 133 STKVD LKSG LEECA 0,73
Postoji jedno moguće mjesto N-glikozilacija na aminokiselini 391; međutim, budući da protein TTC39B ne sadrži signalni peptid, malo je vjerovatno da se ta glikozilacija zaista događa.
Sekundarna struktura Prema analizi sekundarne strukture proteina, TTC39B će se najvjerovatnije eksprimirati u endoplazmatskom retikulumu, mitohondrijama i Golgijevom aparatu.
Tercijarna i kvartarna struktura
Protein TTC39B se savija u alfa-alfa superspiralu. Oko 40% njegove strukture podudara se s d1w3ba, superheliksnim domenom o-vezane GlcNAc transferaze. O-GlcNAc povezuje metabolički status s regulacijom širokog spektra ćelijskih signalnih puteva, djelujući kao senzor hranjivih tvari.
Ekspresija
Promotor i početno mjesto transkripcije
Promotor za TTC39B počinje od baznog para 15,307.109 i završava pri baznom paru 15,307,858. Ima dužinu od 750 parova baza. Početno mjesto transkripcije za izoformu 1 proteina TTC39B nalazi se od parova baza 15,307.340 do 15,307.389 i ima dužinu od 50 bp.
Profil ekspresije
TTC39B je dobro eksprimiran u mišićima, unutrašnjim organima, sekretornim organima, reproduktivnim organima, imunskom i nervnom sistemu. TTC39B je eksprimiran u mnoštvu tkiva: sjemenici, pluća, Langerhansovi otočići, gušterača, bubrezi, pridruženi timori zametnih ćelija , karcinom dojke itd.
Varijante transkripta
Postoji pet različitih varijanti transkripta za gen TTC39B. Izoforma 1 je najduži transkript i kodira najduži aminokiselinski lanac. Izoforma 2 koristi mjesto alternativne prerade uokvirena u centralnom kodirajućem području, u usporedbi s varijantom 1, što rezultira kraćim proteinom. Izoforme 3 i 4 imaju višestruke razlike u središnjem kodirajućem području, ali održavaju otvoreni okvir čitanja u usporedbi s izoformom 1. Izoforma 5 razlikuje se u 5 'UTR i ima više razlika u regijama kodiranja, u usporedbi s varijantom 1. Ove razlike uzrokuju započinjanje translacije u okviru u nizu nizvodno AUG i rezultira time da izoforma 5 ima kraći N-kraj u usporedbi s izoformom 1.
Interaktivni proteini
Vezni transkripcijski faktori
Mjesta vezanja za faktor transkripcije: Matriksna porodica Detaljnije informacije o porodici Od Do Lanac Sličnost sekvence Sekvenca (CAPITALS: jezgrena sekvenca) V$PLAG Gen za pleomorfni adenom 51 73 (+) 1.000 taGGGGgaagtagaggagttcca V$TALE TG motivna klasa prepoznavanja TALE homeodomena 157 173 (+) 1.000 ggtggtgtGTCAgaggc V$ZF02 Transkripcijski faktori C2H2 cinkovog prsta 2 294 316 (-) 1.000 cagcgCCCCacctggggtccgtg V$MIZ1 Myc-interaktivni protein cinkovog prsta 1 417 427 (–) 1.000 cacgcCCTCtg O$TF2B Transkripcijski faktor IIB RNK-polimeraze II 517 523 (–) 1.000 ccgCGCC
Ćelijski proteini
TTC39B stupa u interakciju sa ubikvitinom C (UBC), prekursorom poliubikvitina. Konjugacija ubikvitinskih monomera ili polimera dovodi do različitih učinaka unutar ćelije. Ubikvitinacija je povezana sa razgradnjom proteina, popravkom DNK, ćelijskim ciklusom regulacijom, modifikacijom kinaza, endocitozom i regulacijom drugih puteva ćelijske signalizacije.
Klinički značaj
Pridružene bolesti
Na lokusu na hromosomu 9p22 za koji je utvrđeno da je povezan s lipoproteinom velike gustoće (HDL-C), TTC39B je jedini od nekoliko gena u lokusu koji ima eQTL u jetri, s alelom povezanim sa smanjenom ekspresijom u korelaciji s povećanjem HDL-C. Nokautiranje ortologa miša TTC39B, putem virusnog vektora (oboreno 50%) rezultiralo je značajno većim nivoima HDL-C u plazmi nakon četiri i sedam dana. Podaci ukazuju da je TTC39B uzročni gen za regulaciju lipida.
Reference
Kategorija:Geni na hromosomu 9 Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Proteomika