C6orf58 ili otvoreni okvir čitanja 58 hromosoma 6, ie ljudski gen u lokusu 6q22.33 hromosoma 6 koji kodira UPF0762, protein koji se kasnije izlučuje nakon cijepanja signalnog peptida.DUF781, koji je jedinstveni identifikacijski domen u UPF0762, vezan je za razvoj jetre, u ortolognom proteinu u zebrica. Funkcija ljudskog UPF0762 još nije dobro okarakterizirana.

Aminokiselinska sekvenca Dužina polipeptidnog lanca je 330 aminokiselina, а molekulska težina 37.926 Da.

10 20 30 40 50 MAFLPSWVCV LVGSFSASLA GTSNLSETEP PLWKESPGQL SDYRVENSMY IINPWVYLER MGMYKIILNQ TARYFAKFAP DNEQNILWGL PLQYGWQYRT GRLADPTRRT NCGYESGDHM CISVDSWWAD LNYFLSSLPF LAAVDSGVMG ISSDQVRLLP PPKNERKFCY DVSSCRSSFP ETMNKWNTFY QYLQSPFSKF DDLLKYLWAA HTSTLADNIK SFEDRYDYYS KAEAHFERSW VLAVDHLAAV LFPTTLIRSY KFQKGMPPRI LLNTDVAPFI SDFTAFQNVV LVLLNMLDNV DKSIGYLCTE KSNVYRDHSE SSSRSYGNNS

Gen i RNK Dužina genomske DNK (bazni parovi) Egzon Dužina zrele iRNK (bazniparovi) Varijante transkripta Peptidnosignalni CDS (bazni parovi) Zreli peptid CDS-a (bazni parovi) 5'-UTR (bazni parovi) 3'-UTR (parovi baza) 14644 6 1200 3 13-72 73-1002 1-12 1003-1200 thumb|280px|Promotorska sekvenca C21orf58

Ekspresija Iako postoje tri varijante transkripta C6orf58, samo jedna kodira dobar protein. Kod ljudi, eksprimirane oznake sekvence C6orf58-a primarno su otkrivene u grkljanu i dušniku. Transkripti su otkriveni samo ku razvojnom stupnju odraslih. Eksperimentalni mikročipni podaci, međutim, otkrivaju dodatne regije ekspresije C6orf58, u pljuvačnim žlijezdama, štitnjači i tankom crijevu. Arsen također može regulirati ekspresiju, povećavajući metilaciju thumb|left|500px|Mikročipni profil C6orf58

Gensko susjedstvo Geni unutar 500 kilobaznog C6orf58 uključuju RSPO3, C6orf174, KIAA0408, RPL17P23, ECHDC1, RPL5P18, YWHAZP4, LOC100420743, LOC100421513, MRPS17P5 i THEMIS.

Protein

Svojstva Dužina aminokiselinske sekvence (AA) Dužina signalnog peptida (AA) Molekulska težina prekursorskog proteina Predviđena molekulska težina signalnog peptida Predviđena molekulska težina zrelog peptida Upočena molekulsta težina Predviđena izoelektrična tačka Mjesto N-vezanih glikozilacija 330 20 37,9 kDa 2,1 kDa 35.8 kDa 32 kDa 5,78 Aminokiselina 69

Masena spektrometrija pokazala je da je opažena molekulska težina UPF0762 jednaka 32kDa. Ostaje nejasno zašto je uočena molekulna težina manja od predviđene, čak i nakon što se uzme u obzir cijepanje signalnog peptida. Vezanje šećera na mjesto N-vezane glikozilacije također bi povećalo molekulnu težinu.

Homologija UPF0762 pokazuje visoku homologiju kod primata, a ortologni proteini se mogu pratiti sve do Trichoplax adhaerens. Donja lista proteina nije sveobuhvatan popis ortologa UPF0762. Identitet i sličnost sekvence utvrđeni su pomoću BLAST-a sa referentnom ljudskom sekvencom kao upitom.

Odabrani skup homolognih sekvenci naveden je dolje, pri čemu se identitet sekvence izračunava u usporedbi s referentnom sekvencom čovjeka.

Vrsta Uobičajeno ime Pristupni broj Dužina sekvence (bazni parovi) Identitet sekvenc Nomascus leucogenys Sjeverni bijeloobrazni gibon XM_003255689.1 1.190 0,97 Macaca mulatta Rezus-makak NM_001194318.1 1.190 0,95 Oryctolagus cuniculus Evropski kunić XM_002714721.1 1.014 0,79 Loxodonta africana Afrički savanski slon XM_003404026.1 1.020 0,78Cavia porcellus Zamorac XM_003468475.1 1.017 0,76 Equus caballus Konj XM_001917090.1 990 0.77

Vrsta Uobičajeno ime Pristupni broj Dužina sekvence (AA) Identitet sekvence (%) Sličnost sekvence (%) Pan troglodytes Obični čimpanza XP_518733.2 330 1 1 Pongo abelii Sumatranski orangutan XP_002817388.1 330 0 ,98 0,99 Callithrix jacchus Marmozet XP_002746989.1 330 0,87 0,93 Canis lupus Sivi vuk XP_851589.1 310 0 ,7 0,82 Taeniopygia guttata Zebrasta zebaXP_002190886.1 364 0,43 0,63 Gallus gallus Crvena kokoš XP_419749.3 371 0,42 0,6 Xenopus tropicalis Zapadna kandžasta žaba XP_002940437.1 178 0,29 0,51 Trichoplax adhaerens N/A XP_002111384 381 0 ,34 0,49

Konzervirani domeni DUF781 je jedinstveni domen proteina i obuhvata 318 od 330 aminokiselina u proteinau. DUF781 povezan je s razvojem jetre kod zebrica.

Posttranslacijske modifikacije Uočene posttranslacijske modifikacije uključuju N-vezanu glikozilaciju na aminokiselini 69.Signalni peptid, za koji se predviđa da će protein usmjeriti u endoplazmatski retikulum radi sekrecije, cijepa se iza prvih 20 aminokiselina peptidne sekvence. Misens mutacija S18F otkrivena kod hepatoćelijskog karcinoma značajno smanjujući predviđeni rezultat cijepanja signalnog peptida. thumb|400px|Vizuelizacija izoforme 1 proteina C21orf58 koja ilustrira domene, motive i posttranslacijske modifikacije

Interakcije Prijavljeno je da je ljudski C6orf58 u interakciji sa enzim om ribonukleotid-reduktazom kako je kodiran virusnom vakcinom putem pregleda dvohibridnog kvasca.

Klinički značaj thumb|center|500px|Normalna truktura proteina C6orf58 Statistička analiza pokazala je da je C6orf58 povezan sa vremenom preživljavanja raka pankreasa. Osim toga, misens mutacija na aminokiselini 18 je primijećena u ćelijama raka jetre gdje serin postaje fenilalanin. Analiza sekvence mutiranog proteina pokazala je da signalni peptid pokazuje cijepanje pri regularnoj aminokiselini 20. Povezanost DUF781 s razvojem jetre i povezanost misens mutacije s rakom jetre je korelacija koju tek treba istražiti.

Reference

Vanjski linkovi

Kategorija:Geni na hromosomu 6 Kategorija:Ljudski geni Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Proteomika