Leucinom bogati protein sa ponavljanjem 40 (LRRC40) jest protein koji je kod ljudi kodiran genom LRRC40 sa hromosoma 1.
Aminokiselinska sekvenca Dužina polipeptidnog lanca je 602 aminokiseline, a molekulska težina 68.250 Da.
1020304050 MSRLKRIAGQDLRAGFKAGGRDCGTSVPQGLLKAARKSGQLNLSGRNLSE VPQCVWRINVDIPEEANQNLSFGATERWWEQTDLTKLIISNNKLQSLTDD LRLLPALTVLDIHDNQLTSLPSAIRELENLQKLNVSHNKLKILPEEITNL RNLKCLYLQHNELTCISEGFEQLSNLEDLDLSNNHLTTVPASFSSLSSLV RLNLSSNELKSLPAEINRMKRLKHLDCNSNLLETIPPELAGMESLELLYL RRNKLRFLPEFPSCSLLKELHVGENQIEMLEAEHLKHLNSILVLDLRDNK LKSVPDEIILLRSLERLDLSNNDISSLPYSLGNLHLKFLALEGNPLRTIR REIISKGTQEVLKYLRSKIKDDGPSQSESATETAMTLPSESRVNIHAIIT LKILDYSDKQATLIPDEVFDAVKSNIVTSINFSKNQLCEIPKRMVELKEM VSDVDLSFNKLSFISLELCVLQKLTFLDLRNNFLNSLPEEMESLVRLQTI NLSFNRFKMLPEVLYRIFTLETILISNNQVGSVDPQKMKMMENLTTLDLQ NNDLLQIPPELGNCVNLRTLLLDGNPFRVPRAAILMKGTAAILEYLRDRI PT Struktura proteina sekundarna struktura proteina ima obrazac unutar regiona ponavljanja leucina. Svako ponavljanje leucina ima β-list i α-heliks. Slika desno pokazuje konkretnu strukturu proteina nalik potkovici, sa mnogo ponavljanja bogatih leucinom. Ovisno o području gdje se LRR nalaze, drugi proteini mogu se vezati unutar krivulje potkovice ili za vanjski dio proteina.
Gen LRRC40 se nalazi na negativnom lancu DNK (vidi smislenost) hromosoma 1 između baznih parova 70,611.483 i 70,671.223. Gen proizvodi iRNK sa 2.958 baznih parova. U ljudskom genu ima 15 predviđenih egzona sa četiri druga obrasca prerade predviđena na GeneCards prema Alternative Splice Database.
Gensko susjedstvo LRRC40 je nizvodno susedan sa LRRC7 (70,225,888 - 70,587,570) na pozitivnom DNK lancu i uzvodno sa SRSF11 (70,687,320-70,716,488) na pozitivnom DNK lancu.
Ekspresija gena LRRC40 je eksprimiran između 50. i 100. percentila u skoro svakom tkivu u tijelu.
Protein Iako tačna funkcija proteina LRRC40 još nije shvaćena, vjeruje se da učestvuje u interakcijama protein-protein jer je član porodice proteina leucinom bogata ponavljanja, za koje se zna da učestvuju u interakcijama protein-protein.
Svojstva LRRC40 je protein od 602 aminokiseline sa molekulskom težinom od 68,254 kDa i izoelektričnom tačkom od 6,04. Očekuje se da se LRRC40 nalazi u ćelijskom jedru i nema transmembranske domene da ga usidri za jedrovu membranu. LRRC40 ima mnogo predviđenih mjesta fosforilacije. Od 19 predviđenih fosfoserinskih lokacija, samo dvije su konzervirane unutar ortologa. Ova dva mjesta S38 i S391.
Interakcije proteina Prema Genecards-u, LRRC40 ima 756 mogućih interakcija proteina. Ove interakcije su zasnovane na rezultatima u bazi podataka Molecular Interaction, koja pruža dvije moguće interakcije proteina. Dva proteina su opisana u tabeli ispod. Skraćenica Protein Pristup bazi NCBI Ćelijska lokacija Funkcija CDC5L Protein sličan proteinu 5 ciklusa ćelijske diobe NP_001244 Jedro regulacija transkripcije i prerada iRNK SNW1 Ski-interaktivni protein NP_036377.1 Jedro Prerada iRNK
Distribucija po vrstama LRRC40 je konzerviran kod svih svojih ortologa. Cijeli protein je visoko konzerviran kod sisara, dok je konzerviranost visoka unutar ponavljanja bogatih leucinom u ostatku ortologa. Ortolozi su pronađeni sve do grimizne morske anemone i homolozi su pronađeni u bakterija i Archaea pomoću BLAST-a. The following table gives information on the homologs of LRRC40. Rod i vrsta Uobičajeno ime Datiranje divergencije od ljudske loze (milioni godina) NCBI mRNA accession Sequence similarity Dužina protena Uobičajeni naziv gena Homo sapiens Čovjek -- NM_017768 100% 602 LRRC40 Pan troglodytes Obični čimpanza 6,4 XM_513483 99% 602 Hipotetski protein Pongo abelii Orangutan 15.8 NM_001131180 99% 602 LRRC40 Macaca fascicularis Dugorepi makak-majmun 30,2 AB179219 99% 602 Puni LRRC40 Callithrix jacchus Obični marmozet 43,9 XM_002750952.1 99% 602 Predviđeni: LRRC40 Sus scrofa Divlja svinja 92,5 XM_003127928 96% 602 Predviđeni: LRRC40-liki protein Mus musculus Miš 94,1 NM_024194 92% 602 LRRC40 Monodelphis domestica Oposum 160,2 XM_001379417 86% 598 Hipotetski protein Gallus gallus Kokoš 274,8 NM_001031295 85% 603 LRRC40 Taeniopygia guttata Zebrasta zeba 274,8 XM_002188367 85% 605 Predviđeni: LRRC40 Xenopus (Silurana) tropicalis Zapadna kandžasta žaba 389,7 NM_001011310 80% 605 LRRC40 Danio rerio Zebrica 444,3 NM_199862 83% 601 LRRC40 Salmo salar Losos 444,3 BT043621 82% 600 LRRC40 Nematostella vectensis Grimizna morska anemona 830,3 XM_001640230 66% 602 Predviđeni protein Culex quinquefasciatus Južni kućni komarac 838,3 XM_001842697.1 58% 612 LRRC40
Reference
Kategorija:Geni na hromosomu 1 Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Proteomika