Ministarstvo odbrane Federacije Bosne i Hercegovine bilo je osnovno ministarstvo nadležno za odbranu entiteta Federacije Bosne i Hercegovine od unutrašnjih i vanjskih prijetni, ali i za organiziranje Oružanih snaga Federaije Bosne i Hercegovine za vrijeme i poslije rata u Bosni i Hercegovini.
Historija Prije Ministarstva odbrane Federacije Bosne i Hercegovine, od 1945. do 1992. postojao je Sekretarijat za narodnu odbranu Jugoslavije, koji je dijelovao na području čitave Socijalističke Federativne Republike Jugoslavije, dok su SR Bosna i Hercegovina i ostale republike raspologala samo svojim Teritorijalnim odbranama.
Nakon proglašenja nezavisnosti Republike Bosne i Hercegovine od Jugoslavije 1992, dana 15. juna 1992. formirana je prva Vlada Republike Bosne i Hercegovine i s njom i Ministarstvo odbrane Republike Bosne i Hercegovine, a za ministra odbrane tada je imenovan Jerko Doko, koji je na raspolaganju imao novoformiranu Armiju Republike Bosne i Hercegovine. Osim Ministarstva odbrane Republike BiH, u Bosni i Hercegovini postajala su još dva ministarstva odbrane, Ministarstvo odbrane Republike Srpske i Ministarstvo odbrane Hrvatske Republike Herceg-Bosne.
Vašingtonskim sporazumom Ministarstvo odbrane Republike BiH spojilo se sa Ministarstvom odbrane Herceg-Bosne u Ministarstvo odbrane Federacije Bosne i Hercegovine, a za prvog ministra bio je imenovan Jadranko Prlić, dok je njegov zamjenik bio Muhamed Lemeš. Potpisivanjem Dejtonskog sporazuma Ministarstvo odbrane FBiH postalo je ministarstvo u Vladi entiteta Federacija BiH i organizovala je ranije formiranu Vojsku Federacije Bosne i Hercegovine, koja je nastala spajenjem Armije Republike Bosne i Hercegovine i Hrvatskog vijeća odbrane. Vojska Republike Srpske, odnosno Ministarstvo odbrane Republike Srpske, nastavilo je postojati u nadležnosti entiteta Republika Srpska.
Dana 29. decembra 2003. donesen je prvi Zakon o odbrani BiH kojim je osnovano Ministarstvo odbrane Bosne i Hercegovine. Donošenjem drugog Zakona o odbrani BiH i Zakona o službi u OS BiH dana 1. decembra 2005, formirane su Oružane snage Bosne i Hercegovine, spajanjem Vojske Federacije Bosne i Hercegovine i Vojske Republike Srpske. Ministarstava odbrane entiteta i njihove vojske službeno su ukinute 1. januara 2006.
Spisak ministara #MinistarStrankaMandatOdDo 1.bez okvira|109x109pikselJadranko PrlićHDZ BiH23. juni 1994.31. januar 1996. 2.bez okviraVladimir ŠoljićHDZ BiH31. januar 1996.18. decembar 1996. 3.80x80pikselAnte JelavićHDZ BiH18. decembar 1996.12. decembar 1998. 4.80x80pikselMiroslav PrceHDZ BiH12. decembar 1998.12. mart 2001. 5.80x80pikselMijo AnićNHI12. mart 2001.14. februar 2003. 6.80x80pikselMiroslav NikolićHDZ BiH14. februar 2003.1. januar 2006.
Reference
Odbrana