La història de la república del Sudan s'inicia amb la proclamació de la independència del Sudan Angloegipci l'1 de gener de 1956.
Primer període democràtic Les funcions de cap d'estat foren exercides interinament per cinc representants del Parlament que havien d'estar en funcions fins a l'elecció de president; Ismail al-Azhari va restar al front del govern i va intentar formar un govern de concentració sense èxit; el 19 de gener de 1956, per absència d'alguns diputats del govern, aquest fou derrotat en una votació sobre el pressupost per 49 vots a 46; l'endemà el govern es va sotmetre a la confiança i va guanyar la moció; això va reforçar la petició de govern de concentració que es va aconseguir el 2 de febrer, presidit per al-Azhari i amb els principals caps opositors. El 21 i 22 de febrer es va produir un fet lamentable: uns pagesos que protestaven pel repartiment de l'aigua foren detinguts per la policia i tancats en un lloc massa petit per tants detinguts de manera que a la nit se'n van asfixiar 192. El 23 de febrer es van iniciar les tasques d'una comissió que havia de preparar una nova constitució i que va aconsellar crear un comitè amb representació de tots els partits i sotmetre-ho a l'assemblea constituent que s'havia d'elegir el 1957.
Durant la primera meitat de l'any van anar arribant els primers ambaixadors estrangers; el juny una part dels diputats unionistes seguidors de la secta Khatamiyya, i un altre grup procedent del partit Ashigga, es van escindir i van formar el Partit Democràtic Popular Sudanès (PDP) deixant al Partit Nacional Unionista (PNU) en minoria. Llavors l'Umma National Party va fer caure al govern en una votació (4 de juliol) per 60 vots a 31 i l'endemà va formar govern el cap del Front Independentista (FI), una coalició de partits independentistes liderada per l'Umma), Abdallah Khalil, en un govern d'àmplia coalició amb tots els partits abans a l'oposició i el nou Partit Democràtic Popular amb un nombre de carteres proporcional als diputats que cadascun aportava. El 22 de setembre es va reunir per primer cop el Comitè Nacional que preparava la nova constitució però a finals d'any no havia acabat la seva tasca. En aquest temps els funcionaris del nord destinats al sud foren substituïts per gent de la pròpia terra. El 12 de novembre Sudan va ingressar a l'ONU.
El mes de maig de 1957 fou avortat un intent de cop d'estat d'oficials pro-egipcis. El projecte egipci de construir la presa d'Aswan enverinava les relacions entre els dos estats, ja que Sudan s'hi oposava. El 30 de juny, per finalització del termini, va quedar dissolt el parlament i es va començar a organitzar les eleccions. En aquest any va entrar en vigor la lliura sudanesa que va substituir a la lliura egípcia. A final del 1957 una comissió sudanesa va anar a Egipte per discutir l'afer de la presa d'Aswan. L'1 de febrer de 1958 Egipte reclamava dos zones de terreny als 22 graus de latitud nord que incloïen Halaib i la part nord de Wadi Halfa (que havia de quedar inundada per la presa i si era egípcia suposava una baixa de la indemnització a pagar al Sudan), pretensió rebutjada pels sudanesos, provocant que els egipcis concentressin tropes a la frontera. El 20 de febrer Sudan va apel·lar al Consell de Seguretat de l'ONU i va oferir negociar una vegada passades les eleccions que encara no s'havien celebrat per no haver-se acabat el cens electoral. Egipte va acceptar la demora i va retirar les tropes i entre el 27 de febrer i el 8 de març es van fer les eleccions. L'Umma va obtenir 63 escons; el Partit Nacional Unionista (proegipci), 45; el Partit Democràtic Popular (proper a Egipte), 27; el Partit Liberal Sudista, 38 (després es va quedar en 20 quan 16 van formar un grup sudista independent, 1 va passar al Partit Antiimperialista (comunista); 1 al Partit Federal Sudista o Partit Federal del Sudan del Sud; i quan els nordistes van rebutjar les pretensions federals dels sudistes es va formar el Bloc Federal Sudanès del Sud, que va reunir a 25 diputats). Al senat (30 membres) 14 de l'Umma, 5 del Partit d'Unió Nacional, 5 del Partit Democràtic Popular i 6 dels grups sudistes. El 20 de març Khalil era confirmat com a primer ministre amb 103 vots dels 198 del parlament i el 26 va formar un govern de coalició amb 9 membres de l'Umma i 6 del Partit Democràtic Popular.
El 7 de juliol de 1958 va ratificar el pacte d'ajut dels Estats Units; el 9 de juliol Egipte (oposat a aquest pacte) va tornar a reclamar al·legant que el primer ministre Khalil havia aprovat certs projectes sobre l'aigua del Nil sense comptar amb la República Àrab Unida (Egipte) tal com preveia un pacte angloegipci en vigor però que Sudan havia declarat nul. Les relacions continuaren tenses i el novembre el ministre de comerç Rahman (del PPD) va marxar al Caire per entrevistar-se amb Gamal Abdel Nasser al mateix temps que el cap del PNU, Ismail al-Azhari, anava també a la capital egípcia. Semblava que aquestos partits buscaven una aliança amb suport d'Egipte contra l'Umma. Sudan va signar un pacte amb Etiòpia (d'ajuda mútua en cas d'agressió exterior, que en aquest cas per al Sudan significava agressió d'Egipte). Khalil s'inclinava obertament pels interessos occidentals el que li restava suport.
Primera dictadura militar El 17 de novembre de 1958 l'exèrcit va donar un cop d'estat dirigit pel poc conegut general Ibrahim Abbud. comandant en cap de l'exèrcit, que va assolir (dia 18) tots els poders executiu i legislatiu i va formar govern amb 7 militars i 5 civils (es va reservar la cartera de Defensa i la posició de comandant en cap de les Forces Armades Sudaneses). Contra el que es va pensar inicialment Abbud no era un nasserista, i es declarava contra la corrupció i l'anarquia. Es va suspendre la Constitució, els partits polítics foren dissolts i la premsa censurada.
El primer govern d'Abbud, anomenat Consell Suprem, no va durar gaire; quatre mesos després, acusat d'una política vacil·lant, els comandants de les regions militars del nord i orient van enviar tropes a Khartum exigint una reorganització (4 de març). Abbud va forçar la dimissió del consell suprem i el va reorganitzar apartant a cinc membres i posant a cinc de nous entre els quals els generals Abdel Rahim Shenan i Ahmed Abdullah Saas; aquestos dos generals que representaven una línia política obertament contrària al nasserisme, van intentar un cop d'estat el 21 de maig amb el suport de la regió militar oriental, però van fracassar i els dos homes, amb 50 oficials més, foren arrestats; dos coronels van ocupar el seu lloc al consell suprem. Un consell de guerra va condemnar als dos general i altres quatre alts oficials a la pena de mort (que fou commutada per presó perpetua). El 8 de novembre Egipte i el Sudan van signar un acord sobre la presa d'Aswan; Sudan la permetia a canvi d'algunes obres hidràuliques a fer a territori sudanès i de compensacions adequades pels 40.000 sudanesos que perdrien les seves terres amb la inundació que causaria la presa. Això va tenir una repercussió en l'oficialitat contrària a Egipte i el cop del 22 de maig va poder tenir una seqüela el 10 de novembre, quan oficials purgats després d'aquell cop amb suport del Partit Comunista Sudanès van fer un nou intent que va fracassar igualment; el cop va tenir per centre l'Acadèmia d'Infanteria d'Omdurman; foren executats dos oficials en actiu i tres que estaven a la reserva.
El febrer de 1960 es va crear el Banc del Sudan. En aquest any també es va aprovar una Llei d'Administració Provincial de caràcter tècnic. El 17 de gener de 1961 es va tancar el principal diari del país, Al-Ayyam. El govern va tenir negociacions secretes amb el cap de la secta Ansar (Ansariyya) Saddik al-Mahdi ibn Abd al-Rahman, net de Muhàmmad Àhmmad al-Mahdi, i fill de Sayyid Abd al-Rahman ibn al-Mahdi (que havia mort el 1959), ara el representant de la família, que donava suport a l'Umma. Però aquestes negociacions es van frustrar per la inesperada mort de Saddiq el 2 d'octubre de 1961; li va succeir el seu germà Sayyid al-Hadi al-Mahdi, mentre el seu jove nebot, fill de Saddik, anomenat també Saddik al-Mahdi, va agafar la direcció de l'Umma. El 15 de juliol foren empresonats 15 líders polítics entre els quals Ismail al-Azhari, cap del Partit Nacional Unionista, Abdullah Khalil, cap del partit Umma, i Muhammad Ahmad Maghoub, cap del partit del Front Unit (la coalició liderada per l'Umma abans Front Independentista) i ex ministre d'Afers Exteriors; alguns detinguts foren desterrats al sud del país i la resta foren alliberats al cap d'uns mesos; aquestes detencions intentaven evitar la formació d'un front polític contra la dictadura. Els enfrontaments amb pelegrins el 22 d'agost, a Omdurman, que va acabar amb la mort de 12 membres de la secta Ansar, no va tenir conseqüències pel govern, com tampoc vagues universitaris a Khartum i Wadi Seidna. A finals d'any es van posar en marxa els Consells Regionals dirigits per gent propera al govern que havien de ser l'embrió del retorn del poder als civils. Les Forces Armades es van reforçar amb la creació de la Marina de Guerra Sudanesa (amb alguns vaixells, el primer de nom "Sennar" va entrar en servei la primavera del 1962) i la compra d'alguns avions per a la Força Aèria Sudanesa, quasi al mateix temps que es creava la Marina Nacional (mercant) amb dos vaixells. Les bones collites de cotó i la seva fàcil venda asseguraven una certa estabilitat econòmica que el govern sabia aprofitar. Abbud va visitar Moscou (juliol) i es va pronunciar per la no alineació, i va assistir a la Conferència de Països No Alineats de Belgrad (setembre de 1961), visitant després Washington DC. Les forces sudaneses al servei de l'ONU van operar al Congo (d'on foren retirades) i a Kuwait (amenaçat per l'Iraq). Amb França es van trencar relacions pels assajos nuclears francesos al desert del Sàhara.
El 23 de juny de 1962 la Comissió de Desenvolupament Constitucional va recomanar la celebració d'eleccions municipals i la formació d'un Consell Legislatiu format per votació dels consells de cada província (54 escons) més 18 membres nomenats pel govern. Les propostes de la Comissió foren aprovades per llei el 13 de novembre i es va procedir a una reorganització ministerial si bé els nous ministres eren militars (generals). L'1 de setembre membres de la tribu Merille del sud, que estaven refugiats a Kenya i feien incursions al Sudan, van tenir un fort enfrontament a la regió de Kamathia i van patir algunes baixes. En economia es va crear el Banc Industrial del Sudan, pel foment de la indústria (en especial el sucre) i es va iniciar un pla decennal (1962-1971) amb diversos projectes (uns 260) entre els quals tres projectes hidroelèctrics importants; el pla tenia previst un increment de la producció nacional del 63% per a 1971. Un tractat fronterer es va signar amb el Txad el 20 de febrer de 1962. L'ensenyament de l'àrab i la llei islàmica que es va imposar al sud va desfermar les protestes de la població d'aquest part del país.