Klasifikace hub (Fungi) prošla v posledních desetiletích, podobně jako klasifikace nadřazené úrovně Eukaryota, důkladnou revizí na základě fylogenetických studií, které pomohly odhalit vzájemné příbuzenské vztahy jednotlivých taxonů. Aktuální (2025) klasifikace vychází z několika projektů spolupráce širokých kolektivů mykologů, nejprve v rámci projektu Assembling the Fungal Tree of Life (AFTOL), na konci druhého desetiletí 21. století pak v rámci projektu Outline of Fungi and fungus-like taxa (i s účastí mykologů z českých vědeckých pracovišť), vycházejícího z několika předchozích studií.
Systém Systém (do úrovně řádů, podrobnější systémy – viz Externí odkazy) navazuje na první komplexní fylogenetickou systematiku hub (publikovanou v r. 2007), zpracovanou v rámci projektu Assembling the Fungal Tree of Life (AFTOL), ale vychází z novější verze, upravené, doplněné a aktualizované (naposledy v r. 2025) v rámci projektu Outline of Fungi and fungus-like taxa a doplňujících přehledových studií.
Oproti dřívějším obsahují nové, na fylogenetické příbuznosti založené systémy některé zásadní změny. Byla předně zrušena nesystematická kategorie nedokonalých hub (Deuteromycota, Fungi imperfecti); systém také neobsahuje (dříve do hub tradičně řazené) skupiny, které podle nové systematiky Eukaryot patří do jiných skupin (např. Pseudofungi ve skupině Stramenopila či hlenky). Nepřirozená skupina spájivých hub byla rozdělena na samostatné kmeny a podkmeny, u kterých lze přirozenost předpokládat. Ze stejného důvodu došlo k „zeštíhlení“ tradičních chytridiomycet a vyčlenění některých skupin do samostatných kmenů a podkmenů.
Podle aktuálního (2025) systému se říše Fungi dělí na fylogeneticky přirozenou podříši Dikarya, která sdružuje kmeny hub stopkovýtrusých a vřeckovýtrusých, a několik samostatných kmenů, pro přehlednost zpravidla členěných do 7–8 podříší (s předpokládanou přirozeností). Nově jsou součástí systému hub i afelidie, kryptomycety a mikrosporidie, vyčleňované v některých systémech eukaryot mimo houby do zvláštní skupiny (na úrovni nadkmene) Opisthosporidia, dříve považované za přirozenou.
Nad rámec projektu AFTOL tak byly postupně doplněny nově objevené, vyčleněné či z nižší taxonomické úrovně povýšené kmeny Aphelidiomycota, Basidiobolomycota, Calcarisporiellomycota, Caulochytriomycota (později opět ponížený na třídu, poté co v r. 2022 fylogenetická analýza potvrdila odvětvení jejich linie uvnitř chytridiomycet), Entomophthoromycota, Kickxellomycota, Monoblepharomycota, Mortierellomycota, Mucoromycota, Olpidiomycota, Rozellomycota a Zoopagomycota. V roce 2015 také byly entorrhizomycety vyděleny ze stopkovýtrusých do samostatného kmene Entorrhizomycota. Systém se rozrostl o mnohé nově popsané třídy (např. Archaeorhizomycetes, Geoglossomycetes a Xylonomycetes a dále o třídy Barbatosporomycetes, Basidiobolomycetes, Calcarisporiellomycetes, Cladochytriomycetes, Hyaloraphidiomycetes, Mesochytriomycetes, Neozygitomycetes, Lobulomycetes, Olpidiomycetes, Physodermatomycetes, Polychytriomycetes, Ramicandelaberomycetes, Rhizophlyctidomycetes, Sanchytriomycetes, Synchytriomycetes, Umbelopsidomycetes, přidané podle studie z r. 2018) a ještě početnější nové řády (např. Stereopsidales). Třída Sanchytriomycetes byla v r. 2021 povýšena na samostatný kmen Sanchytriomycota, sesterský ke kmeni Blastocladiomycota.
Lze důvodně předpokládat, že se systém bude nadále rozrůstat o nově objevené skupiny či nově formálně popsané již známé klady z environmentálních vzorků.
Názvoslovné poznámky: Novější systémy pro houby používají taxon kmen (phylum) namísto tradičního oddělení (divisio). Není to v rozporu s aktuálním názvoslovným kódem pro řasy, houby a rostliny, tedy tzv. „Schenzen Code“ (2018) a jeho tzv. „San Juan Chapter F“ jakožto nezávisle aktualizovanou kapitolou pro houby (2019). Synonyma (starší nebo alternativní označení) jsou uvedena v závorce za jménem taxonu a uvozena rovnítkem. Mezinárodní jména mykologických taxonů jsou v souladu se zdrojovým dokumentem psána všechna kurzívou; pokud jsou některá synonyma či taxony v poznámce psány antikvou, jedná se o protistologickou klasifikaci. České názvosloví je založené na BioLibu.
Podříše bazálních linií hub thumb|right|300px|Chytridiomycota: Synchytridium endobioticum Podříše jsou řazeny podle postavení ve fylogenetickém stromu hub od nejbazálněji postavených. Nižší podřízené taxony jsou řazeny abecedně.
Říše: FUNGI – houby Podříše: ROZELLOMYCETA Kmen: ROZELLOMYCOTA řády incertae sedis Řád: Morellosporales Řád: Nucleophagales Řád: Paramicrosporidiales Třída: Chytridiopsea Řád: Chytridiopsida Třída: Microsporidea (= Microsporea; = Terresporidia) – mikrosporidie (zastarale hmyzomorky) Řád: Amblyosporida (vč. Caudosporidae, někdy vyčleňovaných jako samostatný řád Caudosporida) Řád: Glugeida Řád: Neopereziida Řád: Nosematida (vč. Enterocytozoonidae, někdy vyčleňovaných jako samostatný řád Enterocytozoonida) Řád: Ovavesiculida Třída: Rozellidea Řád: Rozellida Třída: Rudimicrosporea Řád: Metchnikovellida Podříše: APHELIDIOMYCETA Kmen: APHELIDIOMYCOTA (= Aphelida) – afelidie Třída: Aphelidiomycetes Řád: Aphelidiales Podříše: CHYTRIDIOMYCETA Kmen: CHYTRIDIOMYCOTA (= Archemycota) – chytridiomycety Třída: Caulochytriomycetes Řád: Caulochytriales Třída: Cladochytriomycetes Řád: Cladochytriales Třída: Chytridiomycetes (= Archimycetes) Řád: Chytridiales – chytridiotvaré Řád: Nephridiophagales Řád: Polyphagales Řád: Saccopodiales Řád: Zygophlyctidales Řád: Zygorhizidiales Třída: Lobulomycetes Řád: Lobulomycetales Třída: Mesochytriomycetes Řád: Gromochytriales Řád: Mesochytriales Třída: Polychytriomycetes Řád: Polychytriales Třída: Rhizophlyctidomycetes Řád: Rhizophlyctidales Třída: Rhizophydiomycetes Řád: Rhizophydiales Třída: Spizellomycetes Řád: Spizellomycetales – spizelomycetotvaré Třída: Synchytriomycetes Řád: Synchytriales Kmen: MONOBLEPHAROMYCOTA (dříve součást kmene Chytridiomycota) Třída: Hyaloraphidiomycetes Řád: Hyaloraphidiales Třída: Monoblepharidomycetes Řád: Monoblepharidales Kmen: NEOCALLIMASTIGOMYCOTA Třída: Neocallimastigomycetes Řád: Neocallimastigales Podříše: BLASTOCLADIOMYCETA Kmen: BLASTOCLADIOMYCOTA (= Allomycota) Třída: Blastocladiomycetes (= Allomycetes) Řád: Blastocladiales – blastokladiotvaré Řád: Callimastigales Řád: Catenomycetales Třída: Physodermatomycetes Řád: Physodermatales Kmen: SANCHYTRIOMYCOTA (dříve součást kmene Monoblepharomycota) Třída: Sanchytriomycetes Řád: Sanchytriales Podříše: OLPIDIOMYCETA Kmen: OLPIDIOMYCOTA Třída: Olpidiomycetes Řád: Olpidiales Podříše: ZOOPAGOMYCETA (včetně nově zahrnutého kmene Basidiobolomycota, dříve vyčleňovaného do samostatné podříše Basidiobolomyceta) Kmen: BASIDIOBOLOMYCOTA Třída: Basidiobolomycetes Řád: Basidiobolales – basidiobolotvaré Kmen: ENTOMOPHTHOROMYCOTA Podkmen: Entomophthoromycotina Třída: Entomophthoromycetes Řád: Entomophthorales – hmyzomorkotvaré Třída: Neozygitomycetes Řád: Neozygitales Kmen: KICKXELLOMYCOTA Podkmen: Kickxellomycotina Třída: Asellariomycetes Řád: Asellariales – beruškovkotvaré Třída: Barbatosporomycetes Řád: Barbatosporales Třída: Dimargaritomycetes Řád: Dimargaritales Třída: Harpellomycetes Řád: Harpellales – harpelotvaré Třída: Kickxellomycetes Řád: Kickxellales Řád: Orphellales Třída: Ramicandelaberomycetes Řád: Ramicandelaberales Kmen: ZOOPAGOMYCOTA Podkmen: Zoopagomycotina Třída: Zoopagomycetes Řád: Zoopagales – zoopagotvaré Podříše: MUCOROMYCETA Kmen: CALCARISPORIELLOMYCOTA Podkmen: Calcarisporiellomycotina Třída: Calcarisporiellomycetes Řád: Calcarisporiellales Kmen: GLOMEROMYCOTA Podkmen: Glomeromycotina Třída: Archaeosporomycetes Řád: Archaeosporales (= Geosiphonales) Třída: Glomeromycetes (= Glomomycetes; = Geomycetes) Řád: Diversisporales Řád: Entrophosporales Řád: Gigasporales Řád: Glomerales (= Glomales) Třída: Paraglomeromycetes Řád: Paraglomerales Kmen: MORTIERELLOMYCOTA Podkmen: Mortierellomycotina Třída: Mortierellomycetes Řád: Mortierellales Kmen: MUCOROMYCOTA Podkmen: Mucoromycotina Třída: Endogonomycetes Řád: Bifiguratales Řád: Densosporales Řád: Endogonales – endogonotvaré Třída: Mucoromycetes Řád: Mucorales – plísňotvaré Třída: Umbelopsidomycetes Řád: Umbelopsidales
Podříše Dikarya thumb|right|300px|Ascomycota: Smrž kuželovitý (Morchella conica)
Podříše: DIKARYA (= DIKARYOMYCETA; = NEOMYCOTA) Kmen: ASCOMYCOTA – houby vřeckovýtrusé (= houby vřeckaté; = askomycety) Podkmen: Pezizomycotina (dříve též Ascomycotina) řády incertae sedis Řád: Thelocarpales Řád: Vezdaeales Třída: Arthoniomycetes Řád: Arthoniales – artoniotvaré Řád: Lichenostigmatales Třída: Dothideomycetes řády incertae sedis Řád: Abrothallales (= Lichenoconiales) Řád: Acrospermales Řád: Asterinales (= Asterotexales) Řád: Aulographales Řád: Botryosphaeriales Řád: Catinellales Řád: Cladoriellales Řád: Collemopsidiales Řád: Coniosporiales Řád: Dyfrolomycetales Řád: Endophytiales Řád: Endosporiales Řád: Eremithallales Řád: Eremomycetales Řád: Holmiellales Řád: Homortomycetales Řád: Jahnulales Řád: Kirschsteiniotheliales Řád: Lembosinales Řád: Lichenotheliales Řád: Lineolatales Řád: Microthyriales – štítoplodkotvaré Řád: Minutisphaerales Řád: Monoblastiales Řád: Murramarangomycetales Řád: Muyocopronales Řád: Natipusillales Řád: Neodactylariales Řád: Parmulariales Řád: Patellariales – miskovkotvaré Řád: Phaeosclerales Řád: Phaeotrichales Řád: Stigmatodiscales Řád: Strigulales Řád: Superstratomycetales Řád: Trypetheliales Řád: Tubeufiales (= Bezerromycetales; = Wiesneriomycetales) Řád: Valsariales Řád: Venturiales Řád: Zeloasperisporiales Podtřída: Dothideomycetidae Řád: Arthrocatenales Řád: Aureoconidiellales Řád: Capnodiales Řád: Cladosporiales Řád: Comminutisporales Řád: Dothideales (= Neocelosporiales) – vředovcotvaré Řád: Mycosphaerellales Řád: Myriangiales Řád: Neophaeothecales Řád: Phaeothecales Řád: Racodiales Podtřída: Pleosporomycetidae Řád: Gloniales Řád: Hysteriales – skulinatcotvaré Řád: Mytilinidiales Řád: Pleosporales (včetně pův. Massariales) – zďovkotvaré Třída: Eurotiomycetes Podtřída: Coryneliomycetidae Řád: Coryneliales Podtřída: Eurotiomycetidae Řád: Arachnomycetales Řád: Eurotiales – plesnivkotvaré Řád: Onygenales – kazirohotvaré Podtřída: Chaetothyriomycetidae Řád: Chaetothyriales Řád: Phaeomoniellales Řád: Pyrenulales – jaderničkotvaré Řád: Verrucariales– bradavnicotvaré Podtřída: Mycocaliciomycetidae Řád: Mycocaliciales – kališkotvaré Podtřída: Sclerococcomycetidae Řád: Sclerococcales Řád: Tuberculiformales Třída: Laboulbeniomycetes Řád: Herpomycetales Řád: Laboulbeniales – roztřepenkotvaré Řád: Pyxidiophorales Třída: Lecanoromycetes řády incertae sedis Řád: Micropeltidales Řád: Turquoiseomycetales Podtřída: Acarosporomycetidae Řád: Acarosporales Podtřída: Cryptocaliciomycetidae Řád: Cryptocaliciales Podtřída: Lecanoromycetidae Řád: Caliciales Řád: Lecanorales – misničkotvaré Řád: Lecideales Řád: Leprocaulales Řád: Peltigerales – hávnatkotvaré Řád: Rhizocarpales (vč. Sporastatiaceae, dříve vyčleňovaných jako samostatný řád Sporastatiales) Řád: Teloschistales – krásníkotvaré Podtřída: Ostropomycetidae Řád: Baeomycetales (= Arctomiales; = Hymeneliales; = Trapeliales) Řád: Graphidales Řád: Gyalectales Řád: Odontotrematales Řád: Ostropales – dlouhovřeckotvaré Řád: Pertusariales (včetně pův. Agyriales) – děratkotvaré Řád: Sarrameanales Řád: Schaereriales Řád: Thelenellales Podtřída: Umbilicariomycetidae Řád: Umbilicariales Třída: Leotiomycetes Řád: Helotiales (= Cyttariales; = Medeolariales) (včetně pův. Erysiphales – padlí)– voskovičkotvaré Řád: Chaetomellales Řád: Lahmiales Řád: Lauriomycetales Řád: Leotiales (= Lichinodiales) Řád: Marthamycetales Řád: Micraspidales Řád: Phacidiales Řád: Rhytismatales (= Triblidiales) – svraštělkotvaré Řád: Thelebolales Řád: Umbellidiales