Nukleární magnetická rezonance (NMR) má ve vývoji léčiv své nezastupitelné místo. Je často využívaným nástrojem ve všech jeho fázích. Zvláště se používá ve fázi návrhu nového léčiva pro zkoumání interakcí mezi ligandem a cílovou molekulou, zjišťování struktury syntetizovaných kandidátů léčiv a také je možné získat informace o vazebném místě. Přičemž je možné se zaměřit na změny přímo v ligandu po jeho navázání na cílovou molekulu nebo na změny v makromolekule po navázání ligandu.HODULÁK, J., 2017. NMR a jeho využití pro testování biologické aktivity látek. Diplomová práce. Olomouc: Univerzita Palackého v Olomouci, Přírodovědecká fakulta.
Fragment-based screening Shuker a kol. ve svém článku vydaném v roce 1996 poprvé představili NMR jako nástroj v metodách SAR (structure activity relationship). I když se dnes nalezení nových vhodných vedoucích molekul používají spíše metody jako povrchová plasmonová rezonance (SPR) nebo thermal shift assay, nukleární magnetická rezonance zůstává důležitou metodou v procesu vývoje a optimalizace nových léčiv.
Pro fragment based drug design ve spojení s NMR jsou typické dva přístupy: sledování změn v ligandu nebo sledování změn chemických posunů ve spektrech cílové molekuly. Přičemž oba přístupy vychází z porovnávání naměřených spekter před a po přidání ligandu nebo cílové molekuly.
Sledování změn v ligandu Jedná se o metodu využívající měření 1D NMR spekter. Oproti druhé zmiňované metodě přináší řadu výhod, a to zejména jednodušší interpretaci spekter, navíc není potřeba izotopicky značit cíl, díky tomu není měření limitováno molekulovou hmotností. Dále metoda nevyžaduje příliš velké množství cílového proteinu. Na druhou stranu přináší i určité nevýhody, k nimž řadíme předpoklad, že ligand je rozpustný ve vodě a rychlost odpojení ligand-cíl musí být v řádu milisekund nebo nižší (pokud je ligand vázán příliš pevně k detekci interakce nemusí dojít vůbec).
Sledování změn cílové molekuly Mezi nespornou výhodu tohoto přístupu řadíme získání většího množství informací o struktuře molekuly a zvláště jejího cílového místa. Nevýhodou je zejména nutnost značení makromolekuly, s čímž se pojí i omezená molekulová hmotnost. Vzhledem ke komplexnosti 1D spekter se v případě sledování změn cílové molekuly měří spíše 2D spektra. Reference
Kategorie:Nukleární magnetická rezonance Kategorie:Objevování léčiv