A CATH Protein Structure Classification (Clasificación da Estrutura das Proteínas CATH) é unha clasificación de dominios proteicos xerárquica e semiautomática publicada en 1997 por Christine Orengo, Janet Thornton e os seus colegas. CATH comparte moitas características xerais co seu principal rival na clasificación de proteínas, que é SCOP, porén ten tamén áreas nas cales os detalles da clasificación difiren bastante.
Xerarquía O nome CATH é un acrónimo dos catro principais niveis na clasificación: Clase, Arquitectura, Topoloxía, Homoloxía (das superfamilias).
+Estes catro niveis principais da xerarquía descríbense como segue:#NivelDescrición1 Clase o contido de estrutura secundaria global do dominio. (Equivalente á clase da clasificación SCOP)2 Arquitectura alta semellanza estrutural pero sen evidencias de homoloxía. (Equivalente ao pregamento de SCOP)3 Topoloxía agrupación a grande escala de topoloxías que comparten características estruturais particulares4 Superfamilia Homóloga indica unha relación evolutiva demostrable. (Equivalente ás superfamilias de SCOP)
CATH define catro clases: principalmente alfa, principalmengte beta, alfa e beta, poucas estruturas secundarias.
Para comprender mellor o sistema de clasificación CATH é útil coñecer como se constrúen: gran parte deste traballo faise por métodos automáticos, pero tamén hai importantes elementos manuais que se aplican na clasificación.
O primeiro paso é separar as proteínas en dominios. É difícil facer unha definición inequívoca de dominio e esta é unha área na que CATH e SCOP se diferencian.
Os dominios son distribuídos automaticamente en clases e agrupados baseándose na semellanza das secuencias. Estes grupos forman o nivel H da clasificación. O nivel de topoloxía está formado por comparacións estruturais de grupos homólogos. Finalmente, o nivel de Arquitectura asígnase manualmente.
A clasificación do nivel Clase faise baseándose neses 4 criterios: contido de estrutura secundaria; contactos de estrutura secundaria; puntuación (score) de alternancia de estrutura secundaria; e porcentaxe de febras paralelas.
Poden atoparse máis detalles deste proceso e da comparación entre SCOP, CATH e FSSP en: Hadley & Jones, 1999 e en Day et al., 2003.
Exemplo só dominios alfa só dominios beta alfa e beta rolo barril TIM sandwich beta-lactamase
Notas
Véxase tamén Outros artigos SCOP (outro sistema de clasificación de proteinas) FSSP (outro sistema de clasificación de proteinas)
Ligazóns externas CATH Protein Structure Classification
Categoría:Estrutura das proteínas Categoría:Bases de datos biolóxicas Categoría:Clasificación das proteínas