Considerato un'importante figura fondatrice dello studio scientifico della storia della filosofia. I suoi punti di vista sono stati eclettici e sono stati acquisiti dal figlio Christian Thomasius.
Fu insegnante di Gottfried Leibniz presso l'Università di Lipsia, dove Thomasius era professore di retorica e filosofia morale.
Opere Philosophia practica (1661) Schediasma historicum (1665) De foeminarum eruditione (1671) con Johannes Sauerbrei and Jacobus Smalcius Praefationes sub auspicia disputationum suarum (1681) Dissertationes ad stoicae philosophiae (1682) Orationes (1683)
Bibliografia Richard Sachse, Das Tagebuch des Rectors Jakob Thomasius, Leipzig 1894.
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