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La seconda stagione di Ben 10, composta da 13 episodi, è stata trasmessa negli Stati Uniti d'America dal 29 maggio 2006 al 9 ottobre 2006. Gli alieni all'interno dell'Omnitrix di questa stagione sono 12: Bestiale, 2×2, Materia Grigia, XLR8, Plusultra, Diamante, Mastica, Pungiglione, Pelle d'Oca, Inferno, Rotolone e Vite Elastica.
nº Titolo originale Titolo italiano Prima TV USA 1 Truth La verità 29 maggio 2006 2 The Big Tick La Terra è in Pericolo/La Grande Zecca 30 maggio 2006 3 Framed Il ritorno di Kevin 31 maggio 2006 4 Gwen 10 Gwen 10 1º giugno 2006 5 Grudge Match Ben e Kevin alleati 7 giugno 2006 6 The Galactic Enforcers I Difensori della Galassia 13 giugno 2006 7 Camp Fear Il campeggio della paura 21 giugno 2006 8 Ultimate Weapon L'arma risolutiva 6 luglio 2006 9 Tough Luck La Chiave di Volta 12 luglio 2006 10 They Lurk Below Le creature degli abissi 18 luglio 2006 11 Ghostfreaked Out Pelle d'Oca e i mostri del circo 25 luglio 2006 12 Dr. Animo and the Mutant Ray Il Dr Animus e il raggio mutante 25 agosto 2006 13 Back with a Vengeance La vendetta 9 ottobre 2006
La verità Titolo originale: Truth Diretto da: Scooter Tidwell Scritto da: Marty Isenberg Trama Dopo l'incidente con Vilgax, Max racconta il suo passato segreto a Ben e Gwen. In realtà lui non era veramente un idraulico, ma faceva parte di una organizzazione governativa segreta chiamata "I Risolutori", che aveva a che fare con tutti i fenomeni paranormali ed extraterrestri che non potevano essere gestiti da altri. L'organizzazione venne smantellata dopo che Max sconfisse Vilgax per la prima volta. Durante uno degli ormai consueti atti di eroismo di Ben, il trio dei Tennyson si imbatte nel vecchio partner di Max, Phil. Phil è ancora nel business della caccia agli alieni, anche se ora è un agente "freelance". Phil suggerisce di riformare i Risolutori, ma Max non è d'accordo con Phil. Ben, in ogni caso, è molto più che entusiasta dell'idea di Phil. Durante un'altra battaglia aliena, Ben rivela il segreto dell'Omnitrix a Phil, e quest'ultimo è ancora più determinato nel volerlo come partner. Phil finisce per portarli in un albergo costoso, che può pagare grazie alle ricompense ottenute nel catturare alieni. La frequenza degli attacchi alieni, così come la familiarità che gli ispirano, non fa che creare sospetti in Max, fino a quando quest'ultimo non si reca sul Monte Rushmore per controllare qualcosa. Arrivato lì, scopre che il Proiettore del Vuoto Totale - un'arma che può intrappolare, o rilasciare, cose da una dimensione alternativa - è sparito. Phil infatti aveva abusato nel tempo del Proiettore per imbrogliare vari proprietari alberghieri affinché lo pagassero per catturare gli alieni che lui stesso in precedenza aveva liberato. Phil libera un alieno per prendersi cura di Max, ma Ben riesce a liberarlo e a intrappolare, inoltre, Phil nel Vuoto Totale.
La Terra è in Pericolo/La Grande Zecca Titolo originale: The Big Tick Diretto da: Sebastian Montes Scritto da: Kevin Hopps Trama Mentre Ben si trova nella foresta con Gwen e nonno Max; nel momento in cui Ben e Gwen lo maneggiano entrambi l'Omnitrix sblocca una nuova forma aliena: Rotolone. Quando Ben prova il nuovo alieno nella foresta si schianta un meteorite, che si chiama "Grande Zecca", e tre alieni che sono venuti ad assistere alla fine della Terra a cui ci penserà la Grande Zecca (che una settimana prima ha distrutto anche il pianeta di Rotolone) . Ben prova a distruggerla con tutti i suoi alieni, eccetto Rotolone, dal momento che gli sembrava inutile, ma alla fine è costretto ad usarlo dato che gli altri alieni non riescono a fermarla. Rotolone distrugge la Grande Zecca ma alla fine dell'episodio Ben è costretto a pulire la vecchia carretta ricoperta di polpa della Grande Zecca.
Debutto degli alieni dell'Omnitrix: Rotolone.
Il ritorno di Kevin Titolo originale: Framed Diretto da: Sebastian Montes III Scritto da: Thomas Pugsley Trama Ben, Gwen e nonno Max si trovano a San Francisco per il nuovo "Sumo Slammer", ma poco dopo Gwen e nonno Max vedono 2×2 che devasta la città. Quando Ben viene a sapere dell'accaduto si mette a indagare e trova il 2×2 che scappa verso la banca e all'interno di essa il giovane eroe, nei panni di Diamante, combatte un altro Inferno che si rivela essere Kevin. Kevin spiega a Ben che l'ultima volta che hanno combattuto lui ha assorbito tanta energia dall'Omnitrix, permettendogli di mutare in tutte le forme aliene che Ben racchiude nell'orologio. Quando arriva la SACT (Spazza via Alieni Con Tenacia; una società di agenti segreti) Kevin se ne va lasciando Ben contro gli agenti, ma si ritrasforma e gli agenti lo riportano da Gwen e nonno Max. Qualche minuto dopo Kevin, mutato in Plusultra, attacca un bus con i passeggeri all'interno, ma Bestiale riesce a fermare il mezzo mentre Kevin scappa di nuovo. Giunge la sera e sul ponte di San Francisco, Kevin nelle sembianze di Diamante, distrugge tutto ma poi arrivano il capo della SACT, il tenente Steel, e Ben, nei panni di 2×2. Kevin batte Steel e poi affronta Ben, ma durante lo scontro qualcosa non va e torna umano. 2×2 se ne va facendo arrabbiare Kevin fino al punto di farlo trasformare involontariamente in un mutante con tutte le caratteristiche e i poteri degli alieni, senza però poter tornare umano, così Kevin attacca Ben che non riesce a tenergli testa ma il tenente Steel ordina a i suoi agenti di sparare a Kevin, facendolo atterrare in acqua. Poco dopo, i Tennyson se ne vanno senza sapere che Kevin è ancora vivo.
Gwen 10 Titolo originale: Gwen 10 Diretto da: Scooter Tidwell Scritto da: Greg Klein Trama Quando Ben si sveglia una mattina, si ritrova senza l'Omnitrix al polso. E ancor più strano è il fatto che né Gwen né nonno Max sappiano di cosa Ben stia parlando quando vengono interrogati sul perché di quell'avvenimento. Ben presto scopre che sta rivivendo il primo giorno della sua vacanza estiva, lo stesso giorno in cui Ben aveva trovato l'Omnitrix. Si, appunto, in prossimità della Terra, una battaglia infuriava tra due astronavi. Chiaramente dominata, la più piccola delle due sparò un laser al ponte di quella più grande, lanciando poi una capsula sulla Terra approfittando della confusione. L'esplosione del ponte causò quasi la morte del comandante dell'astronave più grande, Vilgax. Tuttavia l'astronave più piccola sembrava essere completamente distrutta. Ma Ben troverà l'Omnitrix in una realtà alternativa. Alla loro prima fermata, Ben trova la capsula entrata in collisione con la Terra, come in "SuperBen". Dentro di essa c'è l'Omnitrix. Ma al campeggio, Ben cerca di trovarlo quando si schianta sulla Terra, solo per scoprire che era già stato trovato e l'orologio aderisce… al polso di Gwen e si rifiuta di venire via! Mentre Gwen si adatta velocemente ai poteri dell'Omnitrix (con molta più abilità di Ben, cioè scopre accidentalmente che quest'ultimo può trasformarla in varie creature aliene e impara velocemente a usarlo). Rendendosi conto che grazie all'orologio potrebbe diventare una supereroina, Gwen lo usa per distruggere le creature robotiche che Vilgax manda per recuperarlo, e infatti si sta già dirigendo sulla Terra per prenderglielo, probabilmente in un modo fin troppo doloroso. Per salvare Gwen, Ben dimostrerà a sé stesso di essere un eroe anche se non c'è l’Omnitrix al polso ad aiutarlo come al solito.
Tuttavia gli avvenimenti di questo episodio si sono svolti in un universo parallelo, perciò lo rende non canonico con il resto della serie.
Ben e Kevin alleati Titolo originale: Grudge Match Diretto da: Sebastian Montes III Scritto da: Marty Isenberg Trama Mentre Gwen e nonno Max sono bloccati nel camper sottosopra, Diamante combatte Kevin (ancora nella forma della fusione degli alieni) ma poi vengono rapiti da Slix Vigma: un robot che viaggia nella galassia per sequestrare gli alieni dai loro pianeti e farli combattere a bordo del suo Megacruiser per il divertimento del pubblico. Ben e Kevin devono collaborare per scappare insieme agli altri alieni, così Ben, nei panni di Plusultra, prende il controllo di Slix Vigma e lo usa per accedere alle capsule di salvataggio così gli alieni tornano sui loro pianeti. Tuttavia Kevin, dopo aver distrutto Slix Vigma, blocca Ben sulla nave e cerca di ucciderlo. Fortunatamente Ben riesce a diventare Rotolone e, dopo aver combattuto contro Kevin, riesce a tornare sulla Terra grazie all'aiuto di un alieno diventato suo alleato, Technorg.
I Difensori della Galassia Titolo originale: The Galactic Enforcers Diretto da: Scooter Tidwell Scritto da: Joe Kelly Trama Alcuni cacciatori di taglie pianificano di usare minerali grezzi per costruire una bomba assolutamente devastante, quando Ben si unisce a un gruppo di supereroi alieni, i Difensori della Galassia, per fermarli. In ogni caso, tutto non va bene nel nuovo gruppo, ad esempio un pezzo di cioccolata che Ben regala a Ultimos si rivela in realtà il punto debole di quest'ultimo, rendendolo debolissimo. Questo porta il suo secondo, Synaptak, fino a prendere il controllo del gruppo. In ogni caso, le tattiche dei Difensori che riguardano la "presenza di comando" causano un attacco ai loro danni e quasi al ferimento del terzo membro del gruppo, Tini. In ogni caso, dopo che Ben aiuta Synaptak a liberare Tini, e recuperato Ultimos, Ben e i Difensori della Galassia riescono a mettere da parte le loro divergenze per arrestare i cacciatori di taglie.
Il campeggio della paura Titolo originale: Camp Fear Diretto da: Sebastian Montes III Scritto da: Marty Isenberg Trama Distratto dai continui litigi di Ben e Gwen, Max quasi investe un giovane campeggiatore di nome Gilbert sulla strada. I Tennyson portano il giovane al suo campeggio, il Campeggio Opinicon, solo per non trovare nessuno. Mentre investigano su ciò che è accaduto, trovano altri due bambini gemelli, Andy e Mandy, che si stavano nascondendo da qualcosa, la stessa cosa che aveva causato la fuga degli altri campeggiatori. Max viene catturato da alcune radici mentre sta investigando, portando Ben e Gwen a doversi dividere. Mentre Gwen conduce i tre ragazzi alla salvezza dai funghi mutanti, Ben prova a salvare nonno Max in due tentativi, entrambi falliti, e viene anche catturato durante il secondo. Provando a scappare, Ben sblocca una nuova forma aliena, un alieno simile a una pianta che Ben chiama Vite Elastica; in ogni caso, anche Vite Elastica non può sconfiggere il cervello che controlla le creature simili a funghi. Fortunatamente, Ben getta della polvere "contro tutti i tipi di fungo" nel cervello e causa l'appassimento di quest'ultimo e dei suoi tirapiedi. Ben e Gwen infine spargono altra polvere sulle spore salvando il campo.
Debutto degli alieni dell'Omnitrix: Vite Elastica.
L'arma risolutiva Titolo originale: Ultimate Weapon Diretto da: Scooter Tidwell Scritto da: Jeff Hare Trama