Ha svolto attività di ricerca sui ciclotroni. La sua misura accurata delle differenze di massa tra gli isotopi gli ha permesso di confermare il concetto di equivalenza massa-energia introdotto da Albert Einstein. Nell'ambito del progetto Manhattan è stato direttore del test nucleare Trinity, che si è svolto il 16 luglio 1945. Bainbridge descrisse l'esplosione come una "esibizione folle ed imponente".
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