Biografia Kirwitzer nacque in Boemia da una famiglia protestante. In gioventù si convertì al cattolicesimo e studiò al collegio gesuita di Olomouc, dove si distinse per il suo interesse per le scienze naturali.
Nel 1606 diventò un novizio a Brno, per poi essere chiamato a Roma alla pontificia università Gregoriana. Qui studiò le tesi di Galileo Galilei sull'eliocentrismo, apparentemente aderendo al copernicanesimo. Dopo una breve carriera come professore di matematica a Graz e poi a Coimbra, partì per la Cina come missionario gesuita.
Approdato a Goa nell'ottobre del 1618 dopo un viaggio che costò la vita alla maggioranza dei suoi fratelli, proseguì la sua missione fino a Pechino. Qui collaborò con l'astronomo Johann Adam Schall von Bell nella riforma del calendario cinese. Sempre all'osservatorio imperiale, analizzò la traiettoria delle comete e pubblicò i suoi studi nel "Observationes cometarum anni 1618 factæ in India Orientali a quibusdam S. J. mathematicis in Sinense regnum navigantibus". Opere successive furono le "Literae de Martyrio p. Joannis Bapt. Machadi soc. Jesu, qui anno 1617 in Japonia passus est" e le "Annuae litterae e Sinis datae Macao 28. Nov. et 27. Oct. 1625".
Morì nel 1626.
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