Attualmente ricopre il ruolo di assistente allenatore sia dei Converge FiberXers della Philippine Basketball Association (PBA), sia dei NU Bulldogs della UAAP. Soprannominato «Danny I», «The Demolition Man» e «Lakáy», Ildefonso vinse il premio di Most Valuable Player della PBA nel 2000 e nel 2001, diventando uno dei quattro giocatori capaci di aggiudicarselo in due stagioni consecutive insieme a Bogs Adornado, Alvin Patrimonio e June Mar Fajardo. È inoltre uno dei pochi giocatori ad aver vinto i tre principali premi di MVP della lega: MVP della stagione, MVP delle finali e MVP dell'All-Star Game. Fu scelto con la prima chiamata assoluta nel Draft PBA del 1998 e nell'Expansion Draft del 2014, diventando l'unico giocatore nella storia della PBA a essere stato selezionato al primo posto assoluto sia in un draft ordinario sia in un draft d'espansione.
Ildefonso giocò a livello dilettantistico con i NU Bulldogs della National University nella UAAP e con l'AGFA nella Philippine Basketball League. Fece inoltre parte in diverse occasioni della nazionale filippina. Iniziò la propria carriera nella PBA nel 1998, quando fu selezionato dalla Formula Shell. Nel 2013, dopo quindici anni trascorsi con il San Miguel, fu svincolato dalla squadra e nello stesso anno passò ai Meralco Bolts. Rimase con il Meralco per una stagione, prima di essere reso disponibile per l'Expansion Draft del 2014. I Blackwater Elite, che lo selezionarono, non lo misero tuttavia sotto contratto a causa di divergenze economiche, sostenendo che Ildefonso avesse richiesto un ingaggio troppo elevato. Il giocatore si difese affermando che lo stipendio offertogli dalla società fosse invece molto basso. Alla fine del 2014 tornò ai Meralco Bolts. Si ritirò dall'attività agonistica nel 2015, ma tornò brevemente in campo nel 2023 con i Converge FiberXers.
Primi anni Ildefonso crebbe in una famiglia di agricoltori. Decise di voler diventare un giocatore di pallacanestro dopo aver visto in televisione una partita della UAAP. Inizialmente il padre si oppose, poiché la passione per il basket lo portava a trascurare i carabao di cui la famiglia si prendeva cura. Dopo aver raggiunto un'altezza di 1,88 m, iniziò a giocare come import in diversi campionati locali del Pangasinan.
Carriera dilettantistica Ildefonso si mise in evidenza rappresentando la sua provincia natale, il Pangasinan, al Palarong Pambansa. Prese parte alla manifestazione nel 1992 e nel 1993 come componente della rappresentativa della Regione di Ilocos. Un suo amico più anziano, all'epoca studente della National University, si offrì di accompagnare lui e il fratello maggiore Bobby a Manila. Ildefonso riuscì a entrare nei NU Bulldogs, ottenendo anche una borsa di studio completa. Fu proprio alla National University che ricevette il soprannome «Lakáy», termine che significa «anziano».
Ildefonso giocò con i NU Bulldogs nella UAAP dal 1995 al 1997. In squadra ebbe come compagno il conterraneo Lordy Tugade, con il quale avrebbe successivamente giocato anche nell'AGFA e nei San Miguel Beermen. I due contribuirono a portare i Bulldogs a risultati di buon livello, senza tuttavia riuscire a conquistare il campionato UAAP. Rinunciò all'ultimo anno di eleggibilità universitaria per passare al professionismo.
Successivamente giocò con l'AGFA nella Philippine Basketball League (PBL), senza però riuscire a condurre la franchigia Photokina alla conquista del titolo, perdendo le serie finali contro il Tanduay. Anni dopo, la PBL lo incluse comunque tra i venti migliori giocatori della propria storia.
Era considerato il secondo miglior lungo della propria generazione alle spalle di Rommel Adducul ed era seguito da numerose squadre. Tra coloro che si interessarono a lui vi fu l'allora allenatore dei San Miguel Beermen Ron Jacobs, che lo incoraggiò a dichiararsi eleggibile per il Draft PBA. Ildefonso aveva però appena firmato con i Pangasinan Presidents della Metropolitan Basketball Association (MBA), squadra allenata da Dong Vergeire, già suo tecnico in nazionale. Era inoltre ancora vincolato all'AGFA da un contratto triennale.
Carriera professionistica San Miguel Beermen/Petron Blaze Boosters (1998-2013) Primi anni (1998-1999) Dopo una positiva carriera dilettantistica, Ildefonso si dichiarò eleggibile per il Draft PBA pur non avendo ancora raggiunto l'età minima prevista. Il caso spinse successivamente la PBA a modificare il proprio regolamento, stabilendo che i candidati al draft dovessero avere almeno 23 anni.
Ildefonso fu infine selezionato con la prima scelta assoluta dalla Formula Shell nel Draft PBA del 1998, ma venne immediatamente ceduto ai San Miguel Beermen (SMB) in cambio della seconda scelta assoluta Noy Castillo e di un conguaglio economico. La franchigia della San Miguel Corporation, intenzionata a fare del promettente giocatore uno dei punti di riferimento della squadra, acquistò inoltre il suo contratto con la Metropolitan Basketball Association tramite un accordo diretto.
All'esordio Ildefonso realizzò 18 punti nella vittoria contro i Pop Cola 800s. Nella sua prima stagione divenne uno dei giocatori principali dei Beermen insieme a Nelson Asaytono, contribuendo al raggiungimento delle finali dell'All-Filipino Cup e della Commissioner's Cup, entrambe perse contro gli Alaska Aces. Al termine dell'annata vinse il premio di PBA Rookie of the Year, dopo aver fatto registrare una media di 11,6 punti in 74 partite, il miglior dato tra gli esordienti del 1998.
Nella stagione successiva, dopo la partenza di Asaytono e l'arrivo dell'esordiente filippino-statunitense Danny Seigle, il San Miguel conquistò la Commissioner's Cup e la Governors' Cup, ponendo fine a un digiuno di titoli durato cinque anni. Al successo contribuirono anche le prestazioni degli import Terquin Mott e Lamont Strothers.
Due MVP consecutivi (2000-2001) Nel 2000 Ildefonso e Seigle condussero nuovamente il San Miguel alla conquista di due titoli, difendendo con successo la Commissioner's Cup e la Governors' Cup. Ildefonso vinse i primi due di una serie record di cinque premi consecutivi di Best Player of the Conference, fu nominato MVP delle finali della Commissioner's Cup e superò Kenneth Duremdes nella votazione per il premio di Most Valuable Player della PBA.
Prima dell'inizio della stagione 2001, Ildefonso ricevette dai Tanduay Rhum Masters un'offerta contrattuale di 96 milioni di pesos per sedici anni, accompagnata da diversi bonus. Si trattava della proposta più ricca mai presentata nella storia della lega. L'ufficio del commissario della PBA invalidò tuttavia l'accordo e chiese al Tanduay di riformularne i termini; la società decise invece di ritirare l'offerta. Rimasto temporaneamente senza contratto, iniziò la stagione come free agent. Firmò infine un rinnovo annuale con i San Miguel Beermen. In seguito al caso, la PBA modificò le regole del salary cap, riducendo la durata massima dei contratti e introducendo limiti più severi ai bonus.
Il San Miguel sconfisse quindi la squadra dei Barangay Ginebra Kings per 4-2, conquistando l'All-Filipino Cup. In gara 3 delle finali Ildefonso stabilì il proprio massimo in carriera nei play-off, realizzando 32 punti.
Nonostante le successive sconfitte contro i Red Bull e gli Sta. Lucia Realtors nelle finali della Commissioner's Cup e della Governors' Cup, Ildefonso vinse il premio di Best Player of the Conference in tutte e tre le competizioni della stagione. Divenne così l'unico giocatore nella storia della PBA ad aver conquistato cinque riconoscimenti consecutivi di Best Player of the Conference.
Al termine dell'annata vinse il suo secondo premio consecutivo di Most Valuable Player della PBA, affiancando Bogs Adornado e Alvin Patrimonio tra i giocatori capaci di aggiudicarsi il riconoscimento in due stagioni consecutive. Divenne inoltre il più giovane ad aver compiuto tale impresa. Fu anche nominato MVP dell'All-Star Game, vinto dalla selezione dei Veterans. Divenne così uno dei pochi giocatori ad aver conquistato i tre principali premi di MVP della lega: MVP della stagione, MVP dell'All-Star Game e MVP delle finali.
Stagioni segnate dagli infortuni (2002-2007) Nel 2002 Ildefonso lasciò temporaneamente San Miguel per unirsi alla nazionale filippina in occasione dei Giochi asiatici del 2002 di Busan. Saltò la Governors' Cup 2002, nella quale i Beermen chiusero con un bilancio di 5 vittorie e 6 sconfitte, riuscendo comunque a sorprendere i Talk 'N Text Phone Pals e a qualificarsi per le semifinali. Tornò con i Beermen per l'All-Filipino Cup, ma la squadra concluse il torneo soltanto al terzo posto, mentre il giocatore era ancora in fase di recupero da un infortunio al piede.
Nella stagione 2003 e nella prima parte della stagione 2004-2005, Ildefonso offrì prestazioni discontinue e saltò diverse partite a causa degli infortuni. A causa di un problema fisico non poté partecipare all'All-Star Game del 2004. Rinnovò comunque il contratto con la squadra per altri tre anni e mezzo, per un valore complessivo di 14,7 milioni di pesos.Il San Miguel raggiunse inoltre le finali della Reinforced Conference del 2003, durante la quale Ildefonso e l’import dei Coca-Cola Tigers Tee McClary furono sospesi per una partita in seguito a un alterco.
Durante la Fiesta Conference del 2005, i Beermen raggiunsero le semifinali contro il Red Bull. Ildefonso disputò una delle sue migliori partite del torneo e realizzò numerosi canestri decisivi nel corso della competizione, tra cui il tiro in allontanamento della vittoria, segnato sopra le braccia protese dell’import del Red Bull Earl Barron, che chiuse la serie e condusse il San Miguel alle finali contro il Talk 'N Text. Nella serie per il titolo offrì un'altra prestazione di alto livello, guidando il San Miguel alla prima vittoria dal 2001 grazie al successo per 4-1 sui Phone Pals. Nel corso della serie realizzò il lay-up decisivo contro Asi Taulava in gara 2 e, in gara 5, un tiro in corsa che portò definitivamente il San Miguel in vantaggio e permise alla squadra di conquistare il titolo. Ildefonso fu nominato MVP delle finali.
Ildefonso partecipò nuovamente all'All-Star Game nel 2006, risultando il miglior realizzatore della selezione del Nord nella sconfitta contro quella del Sud.
Ildefonso iniziò la stagione 2006-2007 nella lista degli infortunati a causa di un problema alla caviglia riportato nella conference precedente. Esordì nell'annata in occasione di una vittoria contro gli Air21 Express. Durante quella stagione iniziò a essere impiegato dalla panchina, contribuendo alla qualificazione dei Beermen alle semifinali della Philippine Cup. In seguito fu multato dalla lega per 5.000 pesos dopo aver ricevuto due falli tecnici in gara 3 delle semifinali. Dopo il primo tecnico, assegnatogli per uno scambio verbale con Mick Pennisi, fu espulso nel quarto periodo in seguito a un confronto verbale faccia a faccia con Enrico Villanueva. Nel corso della stagione riportò inoltre una contusione a un tendine. I Beermen raggiunsero comunque le finali, nelle quali furono sconfitti dal Ginebra per 4-2. Al termine della stagione Ildefonso fu inserito nel PBA Mythical Second Team e partecipò anche all'All-Star Game.
Alti e bassi (2008-2011) Condizionato dagli infortuni, Ildefonso saltò gran parte della stagione 2008-2009. Nonostante ciò, nell'aprile 2009 fu votato come titolare della selezione del Nord per l'All-Star Game della PBA. L'ex MVP per due volte non partecipò tuttavia all'incontro, poiché il commissario della PBA Sonny Barrios accolse la sua richiesta di rimanere accanto alla figlia di sei anni, che proprio quel giorno doveva sottoporsi a un trattamento chemioterapico. Tornò in campo dopo gli infortuni contro i Rain or Shine Elasto Painters. Contribuì quindi alla qualificazione della squadra alle finali della Fiesta Conference. Il San Miguel conquistò il titolo vincendo la serie per 4-2, dopo essersi trovato in svantaggio per 2-1.