Carriera Club Charbonnier iniziò a 16 anni nel settore giovanile dell', con cui vinse due Coppe Gambardella. Dopo aver disputato la semifinale di ritorno della Coppa UEFA 1992-93 contro i tedeschi del , nella stagione successiva venne promosso titolare. Con il club francese ha vinte due Coppe di Francia (1994 e 1996), la seconda nella stessa stagione della conquista del campionato francese.
Dopo Francia '98 si trasferì in Scozia ai di Glasgow, con cui conquistò per due volte il double campionato-Coppa di Scozia. Tuttavia, a causa dei continui infortuni, disputò ben poche partite come titolare, scavalcato da Stefan Klos.
Nel 2001 firma per i svizzeri del Losanna, con cui disputa la sua ultima stagione da calciatore, ritirandosi l'anno seguente.
Nazionale Nonostante diverse convocazioni nella nazionale francese, Charbonnier ha disputato una sola partita con i bleus: l'11 giugno 1997 scese in campo contro l'Italia nel Torneo di Francia (2-2).
Come terzo portiere, fa fatto parte della nazionale francese che vinse il Mondiale 1998. Per questa vittoria è stato insignito della Legion d'onore dal presidente della Repubblica francese Jacques Chirac.
Dopo il ritiro Dopo il ritiro Charbonnier ha intrapreso la carriera di allenatore, guidando lo Stade Poitevin prima e il Sens poi.
Dal 2008 al 2009 è stato commissario tecnico della nazionale tahitiana Under-20, con la quale ha conquistato la qualificazione al Mondiale Under-20 del 2009 in Egitto.
Statistiche Cronologia presenze e reti in nazionale
Palmarès Giocatore Club Competizioni giovanili
Auxerre: 1985, 1986
Competizioni nazionali
Auxerre: 1993-1994, 1995-1996
Auxerre: 1995-1996
Rangers: 1998-1999, 1999-2000
Rangers: 1998-1999, 1999-2000
Rangers: 1998-1999
Nazionale
Onorificenze
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