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La quinta stagione della serie televisiva Stargate Atlantis, composta da venti episodi, è stata trasmessa negli Stati Uniti dall'11 luglio 2008 al 9 gennaio 2009.

In Italia la stagione è stata inizialmente distribuita solamente in DVD, ed è stata trasmessa in prima visione assoluta da Rai 4 diverso tempo dopo, dal 15 settembre al 10 ottobre 2014.

nºTitolo originaleTitolo italianoPrima TV USA Prima TV Italia 1 Search and Rescue - Part 2 Ricerca e salvataggio (2) 11 luglio 2008 15 settembre 2014 2 The Seed Il seme 18 luglio 2008 16 settembre 2014 3 Broken Ties Legami spezzati 25 luglio 2008 17 settembre 2014 4 The Daedalus Variations Variazioni Daedalus 1º agosto 2008 18 settembre 2014 5 Ghost In the Machine Il fantasma nella macchina 15 agosto 2008 19 settembre 2014 6 The Shrine Il santuario 22 agosto 2008 22 settembre 2014 7 Whispers Sussurri 5 settembre 2008 23 settembre 2014 8 The Queen La regina 12 settembre 2008 24 settembre 2014 9 Tracker Tracce 19 settembre 2008 25 settembre 2014 10 First Contact - Part 1 Primo contatto (1) 26 settembre 2008 26 settembre 2014 11 The Lost Tribe - Part 2 La tribù perduta (2) 10 ottobre 2008 29 settembre 2014 12 Outsiders I forestieri 17 ottobre 2008 30 settembre 2014 13 Inquisition L'Inquisizione 24 ottobre 2008 1º ottobre 2014 14 The Prodigal Il prodigo 7 novembre 2008 2 ottobre 2014 15 Remnants Resti 14 novembre 2008 3 ottobre 2014 16 Brain Storm Cervelli nella tormenta 21 novembre 2008 6 ottobre 2014 17 Infection Infezione 5 dicembre 2008 7 ottobre 2014 18 Identity Identità 12 dicembre 2008 8 ottobre 2014 19 Vegas Vegas 2 gennaio 2009 9 ottobre 2014 20 Enemy at the Gate Il nemico è alle porte 9 gennaio 2009 10 ottobre 2014

Ricerca e salvataggio (2) Titolo originale: Search and Rescue (part 2) Diretto da: Andy Mikita Scritto da: Martin Gero Trama Alcuni componenti della Missione Atlantide rimangono intrappolati nel crollo di un laboratorio di Michael mentre sono alla ricerca di Teyla; il Colonnello Carter conduce una missione di salvataggio, ignaro che l'ibrido Wraith è ritornato nei paraggi avvisato dall'allarme scattato nel suo laboratorio.

Altri interpreti: Connor Trinneer, Mitch Pileggi, Kavan Smith, Martin Christopher, Amanda Tapping, Patrick Sabongui, Leela Savasta, Jeremy Jones, Sharon Taylor, Annalise MacCullouch.

Il seme Titolo originale: The Seed Diretto da: William Waring Scritto da: Joseph Mallozzi, Paul Mullie Trama Mentre la dottoressa Keller ha trovato e somministrato una cura a Carson, recentemente riportato in vita da una condizione di stasi, un organismo alieno provoca la momentanea incapacità della dottoressa di continuare il suo lavoro. La situazione si aggrava e la base di Atlantide viene sopraffatta da questo biopolimero trovato nel sangue della Keller dopo il suo ritorno dal pianeta dove Michael aveva il laboratorio di bioricerca. In cerca di una fonte di energia sempre più grande questa "pianta" riesce a collegarsi al condotto che porta allo ZPM, ma Sheppard risolverà la situazione.

Cast: Joe Flanigan, Rachel Luttrell, Jason Momoa, Jewel Staite, Robert Picardo, David Hewlett Cast di supporto: David Nykl, Paul McGillion, Linda Ko, Sharon Taylor, Annalise MacCullouch

Legami spezzati Titolo originale: Broken Ties Diretto da: Ken Girotti Scritto da: Joseph Mallozzi, Paul Mullie Trama Ronon si trova ancora una volta ad affrontare Tyre, il suo simile diventato un adoratore dei Wraith, ma che ora dichiara con forza di essersi finalmente liberato dalla loro nefasta influenza.

Cast: Joe Flanigan, Rachel Luttrell, Jason Momoa, Jewel Staite, Robert Picardo, David Hewlett Cast di supporto: Kavan Smith, Sean Campbell, Mark Dacascos, Tyler McClendon, Patrick Sabongui, Annalise MacCullouch

Variazioni Daedalus Titolo originale: The Daedalus Variations Diretto da: Andy Mikita Scritto da: Alan McCullough Trama Una nave simile alla Daedalus appare improvvisamente sui cieli di Atlantide. La squadra, composta da Shepard, Mckay, Teyla e Ronon, sale a bordo della nave per scoprirne la provenienza e dai registri di bordo uno sconosciuto comandante della Daedalus lascia un messaggio che informa che, per un motivo non specificato, l'equipaggio è probabilmente tutto quello che rimane di una libera razza umana e che sono scesi su un pianeta per tentare di colonizzarlo e ricostruire lì una civiltà. La squadra, vagando per la nave deserta, si imbattono in quattro cadaveri che appartengono esattamente a loro quattro. Si rendono conto quindi che sia i corpi che la nave provengono da un'altra dimensione ma prima di poter fare qualcosa la nave salta in un'altra realtà alternativa nel bel mezzo di un conflitto armato tra un'altra versione di Atlantide e misteriosi alieni. Si scoprirà che sia la nave sia i cadaveri dei loro "doppi" appartengono a realtà diverse. La Daedalus utilizza un motore sperimentale che gli permette di saltare da un universo all'altro in maniera del tutto casuale. Il motore, però, danneggiato, salta in universi paralleli sempre più velocemente e rischia di esaurire l'energia vanificando la possibilità che la squadra possa tornare al proprio universo originario.

Il fantasma nella macchina Titolo originale: Ghost in the Machine Diretto da: Ken Girotti Scritto da: Carl Binder Trama Di ritorno da un pianeta, il Jumper con a bordo la squadra del Colonnello Sheppard inizia a manifestare anomalie. Tornati ad Atlantide, si accorgono che l'anomalia è arrivata anche nei computer della città: è la coscienza di Elizabeth Weir in cerca di aiuto. Ma aiutarla potrebbe essere molto rischioso.

Il Santuario Titolo originale: The Shrine Diretto da: Andy Mikita Scritto da: Brad Wright Trama McKay inizia a manifestare sintomi di una strana e incurabile malattia, conosciuta come "seconda infanzia" che lo porta velocemente a perdere la memoria. Ronon propone alla squadra di portarlo in un santuario dove gli ammalati possono tornare lucidi per un'ultima volta e quindi potergli dire addio. La dottoressa keller, però capisce che il luogo emette delle radiazioni che influiscono sul parassita di McKay, così, spinta da Sheppard, fora la testa dello scienziato con un trapano: il parassita cercando di sfuggire alle radiazioni esce dal foro e Ronon lo elimina. McKey è salvo.

Sussurri Titolo originale: Whispers Diretto da: William Waring Scritto da: Joseph Mallozzi Trama Su un lontano pianeta della galassia di Pegasus due uomini camminano nella foresta immersa dalla nebbia quando vengono catturati da altri uomini con il volto coperto da maschere antigas. Un anno dopo una squadra Atlantide in perlustrazione trova un laboratorio di Michael. Il Colonnello Sheppard e il dottor Beckett si recano sul pianeta dove, nel laboratorio, trovano una serie di capsule di stasi. La sera stessa, per errore, vengono aperte e ne escono gli esemplari di una serie di umani mutati da Michael usando il DNA di diverse specie predatorie. Le creature, un esperimento fallito del Wraith, sono così pericolose che neppure Michael era in grado di controllare e per questo le aveva abbandonate a sé stesse. E ora John, Beckett e la squadra si trovano circondati da mostri feroci e spietati.

La regina Titolo originale: The Queen Diretto da: Brenton Spencer Scritto da: Alan McCullough Trama La dottoressa Keller ha sviluppato una terapia genica per trasformare i Wraith ed eliminare così il loro bisogno di nutrirsi di umani. Contattato Todd, egli spiega che l'unico modo per convincere la sua alleanza a sottoporsi alla terapia è di trattare con la regina, la "Primaria". Sorge il problema che ella parlerà solo con una sua pari, e dato che nella nave di Todd la regina è ormai morta da tempo e che quest'ultimo sta tenendo in piedi da allora la menzogna che sia ancora viva per evitare di essere attaccato da altri alveari, occorre sostituirla in qualche modo. Teyla grazie al suo DNA Wraith è l'unica candidata possibile per cui viene sottoposta ad un'operazione chirurgica totale che cambia completamente il suo aspetto in una regina Wraith. Una volta sulla nave ammiraglia della Primaria Todd la uccide e convince Teyla a prendersi la responsabilità del delitto dato che, nella società Wraith, è prassi comune che una regina ne uccida un'altra per prendere il suo posto e appropriarsi di tutti i suoi territori di caccia e navi alveare. A quel punto Telya deve continuare a tenere in piedi la menzogna di essere una regina, circondata da un esercito di Wraith e ad anni luce di distanza da Sheppard e gli altri.

Tracce Titolo originale: Tracker Diretto da: William Waring Scritto da: Carl Binder Trama La dottoressa Keller, in missione umanitaria su un pianeta, viene rapita da un uomo misterioso. Starà a Ronon e McKay salvarla.

Primo contatto (1) Titolo originale: First Contact (Part 1) Diretto da: Andy Mikita Scritto da: Martin Gero Trama Il dottor Jackson, arrivato ad Atlantide, riesce con l'aiuto del dottor McKay a trovare il laboratorio segreto dello scienziato lantiano Janus, dove è conservato un dispositivo creato per mettere fine alla guerra con i Wraith, il dispositivo Attero. Questo dispositivo però finisce nelle mani di una nuova razza, che lo ruba da Atlantide rapendo anche Daniel e Rodney per poi costringerli ad attivarlo mettendo in pericolo milioni di vite. Intanto Todd, pensando che il dispositivo sia stato attivato dagli abitanti di Atlantide, sentendosi tradito prende il controllo della Daedalus intenzionato a distruggere ad ogni costo il dispositivo. A quanto pare sapeva a priori della sua esistenza. L'Attero infatti era stato concepito come arma anti wraith per distruggerne le navi in quanto emette un impulso che altera la frequenza dei loro hyperdrive, solo i loro, facendole esplodere se li usano, ma ha anche un grave effetto collaterale, notato troppo tardi da Jackson e McKay: se si usa uno Stargate quando l'Attero è attivato, nel giro di 90 secondi lo sovraccarica con conseguente esplosione (potente quando 12 testate nucleari). Per questo era stato abbandonato da Janus e mai usato, e Atlantide è la prima a subirne l'effetto. Lo stargate esplode ma Zelenka tenta di contenere l'esplosione con lo scudo dell'iride che però è troppo debole. Resosene conto fa evacuare tutti ma lui e Sheppard restano. Dopo poco cede e, seppur con una potenza molto inferiore, la sala Stargate esplode.

La tribù perduta (2) Titolo originale: The Lost Tribe (Part 2) Diretto da: Andy Mikita Scritto da: Martin Gero Trama