Età etrusco/romana Il ritrovamento di frammenti ceramici e di strumenti di pietra dell'Età del Bronzo, nella Valdegola, confermano, che nel territorio di San Miniato, esistevano già in tale periodo insediamenti umani di rilievo. Svariati reperti archeologici attestano invece la presenza di etruschi nel territorio di San Miniato. In località Fontevivo nel 1934 è stata individuata una necropoli etrusca, con relativi manufatti bronzei, mentre presso la località Montappio, tra l'attuale centro abitato e l'Arno è stata ritrovata una statua di marmo acefala raffigurante una divinità femminile etrusca risalente al III secolo a.C. Più significativa la presenza di reperti in età romana, principalmente riferibili dal I secolo a.C. al II secolo d.C., nello specifico in località Montecalenne sono stati ritrovati, la testa di un imperatore e tracce di mosaici di una villa. Nel 1998 in Ponte a Egola, è stata ritrovata una villa con numerosi frammenti di vasellame e laterizi, mentre presso la località Fonti delle Fate sono stati rintracciati resti di terme, iscrizioni di età augustea, epigrafi e numerosi reperti numismatici. Anche dalla toponomastica di alcuni luoghi si intravede chiaramente l'origine romana: Quarto, Sesto, Panciolle, ove è probabile sorgesse un tempio dedicato al Dio Pan. Il complesso dei ritrovamenti, fa sì che si possa supporre l'esistenza di un villaggio prima etrusco e successivamente romano, con la possibile presenza di un porto fluviale sull'Arno. Altre ipotesi affermano che presso l'attuale rocca vi fosse un centro di controllo del territorio. Ritrovamenti archeologici nella Valdegola e nella Valdelsa confermano la presenza degli etruschi prima e dei romani successivamente in tutto il circondario, confermando l'ipotesi della centuriazione romana della Valdarno avvenuta tra il 41 e il 27 a.C., mediante l'assegnazione ai veterani dell'Esercito romano di appezzamenti di terreno da parte dell'imperatore Augusto.

Alto Medioevo Con la fine dell'Impero romano, sembra che San Miniato, almeno per quel che riguarda le colline, si spopolò e che le genti del luogo preferirono insediarsi presso la località di San Genesio, nella fertile pianura, nei pressi della confluenza dei fiumi Arno ed Elsa, tra le attuali Ponte a Elsa e La Scala.

Le prime notizie sull'attuale centro di San Miniato risalgono al 783, quando un gruppo di sedici longobardi fondò una chiesetta intitolata a San Miniato, in loco Quarto, sotto la giurisdizione del vescovo di Lucca, intorno alla quale si sviluppò un abitato. Nel X secolo il borgo venne denominato Castello. Nel 994 pare che papa Gregorio V vi sostasse in un suo viaggio verso la Germania.

L'imperatore Ottone I fortificò il borgo e lo dotò di mura. Nell'XI secolo la cittadina fu sede di tribunale, di vicariato e aveva anche un centro per la riscossione dei tributi per il Sacro Romano Impero. La posizione centrale ed equidistante dai maggiori centri abitati (le città vere e proprie) toscani del periodo fece sì che gli imperatori tedeschi prediligessero San Miniato come centro di potere e di controllo di tutta la Toscana. Da qui probabilmente l'appellativo che si accompagnava al nome del paese ovvero ‘'al tedesco'’ che rimarrà anche nei secoli successivi. Nel 1172 soggiornò a nella cittadina come vicario imperiale Cristiano di Magonza, nobile, arcivescovo cattolico e diplomatico tedesco al servizio dell'imperatore Federico I Barbarossa, e lo stesso imperatore fu a San Miniato nel 1178 e nel 1185.

Sempre nel XII secolo venne edificata la Torre di Matilde, così denominata dalla leggenda secondo cui Matilde di Canossa era nata nell'attiguo Palazzo dei VicariSecondo Lorenzo Bonincontri, erudito del XV secolo, nel 1046 sarebbe nata a San Miniato nel palazzo dei Vicari Matilde di Canossa. Attualmente gli storici ritengono che sia Mantova la città natale di Matilde.. In seguito la torre fu utilizzata come campanile della cattedrale di Santa Maria Assunta e San Genesio. Una bolla del 1195 di papa Celestino II menziona ben 8 chiese all'interno dell'abitato.

Sussistendo una forte influenza sveva nella cittadina, lo sviluppo comunale fu contrastato. Nel borgo di San Genesio, nella pianura sottostante, nel 1138 si riunirono i consoli di Lucca, Pisa, Siena e Firenze per un convegno antimperiale, mentre, sempre nello stesso luogo, nel 1160 le città toscane giurarono fedeltà all'imperatore. Approfittando della crisi dell'impero nel 1172 i sanminiatesi cercarono aiuto in Pisa e Firenze, giurando loro fedeltà in cambio dell'aiuto necessario che avrebbe consentito l'autonomia dall'impero; come ritorsione a ciò Cristiano di Magonza ordinò l'incendio della cittadina. Tale incendio non bloccò i sanminiatesi nei loro intenti autonomistici, ma li ritardò fino al 1197, quando è certa la presenza di una magistratura comunale. Il 13 settembre di quell'anno a San Genesio, nella chiesa di San Cristoforo, si riunirono i rappresentanti dei comuni toscani e dei rappresentanti del papa, sotto la protezione di Innocenzo III, per la creazione della Lega Guelfa, conosciuta per l'appunto come "lega di San Genesio". Alla riunione parteciparono anche i due consoli del comune di San Miniato, tali Senzanome e Vacaio. L'importanza strategica di San Miniato fece sì che l'impero non potesse concepire l'autonomia della cittadina, e fu così che già nel 1209 l'imperatore Ottone IV in visita a San Miniato la riaffermò come sede d'amministrazione di tutta la Toscana.

Federico II a San Miniato

La presenza dell'Imperatore Federico II a San Miniato rappresenta uno degli apici storici della cittadina. Nel 1217 concesse ai sanminiatesi in perpetuum la proprietà del borgo di San Genesio; nel 1220 è documentata la presenza di Corrado da Spira cancelliere dell'imperatore, per sovraintendere ai lavori della rocca che nei secoli porterà il suo nome, ultimata nel 1223; nel 1236 concesse un terzo dei frutti racimolati nelle “alluvioni dell'Arno”. Lo stesso imperatore in più occasioni è ospite della cittadina: nel 1226, nel 1232 e nel 1240, quando decise di istituire una prigione presso il cassero. Non supportata da documenti storici è la morte di Pier della Vigna nel 1249 proprio presso detta struttura. Pur godendo di ottimi rapporti con Federico II la cittadina aspirava ancora a divenire libero comune; in quegli anni San Miniato poté costituire un proprio contado: Montebicchieri, San Genesio, Castelfalfi, Tonda, Camporena e Vignale, che giurarono fedeltà alla cittadina. Contestualmente iniziarono i casati che nei secoli caratterizzeranno e detteranno gli indirizzi politici della cittadina: i Bonaparte, i Ciccioni, i Malpigli, i Borromei, i Mangiadori, i Collegali e i Bonincontri. Appartengono a questo periodo anche personaggi che daranno lustro a San Miniato: Borromeo Borromei (uno dei primi seguaci di San Francesco); Beato Bonincontro, che fondò in Francia il convento di Charteroux; Malpiero Malpigli, che fu podestà a Padova (1219) e a Siena (1227); si ricordi infine Giovanni Mangiadori, che nel 1251 fu vescovo di Firenze. Nel 1227 e nel 1232, per giungere a una maggiore autonomia dall'impero, i sanminiatesi strinsero alleanze con Firenze, allora molto vicina al Papa e quindi guelfa. Velleità di autonomia che Federico II annullò con una sua discesa nel 1240 nella quale seminò devastazione nella cittadina. È da menzionare in questo periodo anche la distruzione di San Genesio che pur essendo molto vicino a San Miniato era stata in passato una rivale di San Miniato all'egemonia nel territorio. Con la morte di Federico II, le velleità guelfe di San Miniato ripresero corpo in special modo nella guerra contro Pisa, che valse la conquista definitiva del castello di Montebicchieri nel 1256. Ribaltando la propria posizione politica, nel 1260 durante la Battaglia di Montaperti San Miniato si schierò apertamente nella fazione ghibellina ottenendo insperati benefici da Manfredi di Sicilia e divenendo anche un luogo di riparo per i fuoriusciti ghibellini di Firenze. A seguito di ciò papa Clemente IV emise la scomunica nel 1267 per tutti i seguaci di Corradino; San Miniato proseguì però ad ospitare vicari tedeschi nonostante le pressioni di Carlo d'Angiò. Le velleità ghibelline della Toscana furono seriamente ridotte dalla disfatta di Pisa nella battaglia della Meloria (1284), e come conseguenza i vicari tedeschi ospitati a San Miniato furono costretti ad accordarsi con Firenze nel 1290, per poi lasciare definitivamente San Miniato. Con tale azione termina l'influenza degli Svevi sulla cittadina toscana, cosa che non aveva permesso fino a quel momento lo sviluppo di una vera e propria autonomia comunale.

San Miniato “libero comune”

Con il tramonto del controllo degli Svevi sulla cittadina, la stessa si schierò in campo guelfo prendendo parte alle vicende politiche del tempo, potendo finalmente organizzarsi come ‘‘libero Comune’’. L'organizzazione del ‘Comune’ era fondata su un podestà, non originario del luogo, che si avvaleva dell'opera di giudici e notai per l'applicazione delle leggi. Tra i vari podestà che si susseguirono è necessario citare il novelliere Franco Sacchetti. La guarnigione militare era guidata da un Capitano del Popolo anch'egli forestiero. Il potere, in realtà, era comunque detenuto da tre diversi organismi: il ‘‘Consiglio del Popolo’’ al quale spettava il potere legislativo, i ‘‘signori Dodici difensori del popolo’’ a cui spettava il potere esecutivo e infine la ‘‘Società di Giustizia’’, a difesa dei diritti dei cittadini e del ‘‘Comune’’. La partecipazione a questi enti era effettuata in base al censo e ad una suddivisione territoriale dell'abitato. Travagliata è comunque la storia di San Miniato in questi anni. Nella Battaglia di Campaldino del 1289 i sanminiatesi si distinsero, in special modo Malpiglio Ciccioni, Barone Mangiatori e settantacinque cavalieri. Nel periodo che va dal 1294 e il 1297 San Miniato delimitò i propri confini con Fucecchio e Firenze, stringendo alleanze con Pistoia, Siena, San Gimignano, con Volterra nel 1299 e nel 1303, con Colle Val D'Elsa, Pisa, Siena e Prato. Da segnalare un tentativo ghibellino di sovvertimento del potere nel 1308. Successivamente nel 1313 la cittadina si difese dall'attacco delle truppe di Arrigo VII che tentava di riportare sotto l'influenza imperiale San Miniato, cedendo alcuni borghi, così come fra il 1314 e il 1315, quando il nuovo signore di Pisa, Uguccione della Faggiuola, conquistò alcuni territori del comune tra cui Cigoli, Balconevisi e la torre di San Romano. Dei cavalieri sanminiatesi parteciparono alla Battaglia di Montecatini (1315) contro lo stesso Uguccione, ed alla sua cacciata da Pisa nel 1316 San Miniato riuscì a riconquistare i territori ceduti nelle controversie degli anni precedenti. Salito al potere a Pisa Castruccio Castracani, la cittadina strinse forti legami con Firenze per tutelarsi dalla possibile minaccia del Castracani, così che poté sconfiggere le truppe pisane presso Fucecchio (1320). Al fine di tutelare il proprio territorio, nel 1328 San Miniato, col pagamento di 500 fiorini annui, si pose sotto la protezione di Carlo, Duca di Calabria con Firenze, Prato e Colle Val D'Elsa. Nel 1330 fu finalmente firmato un patto di ‘‘non aggressione’’ con Pisa, che diede inizio a un lungo periodo di prosperità e pace per San Miniato.

Basso Medioevo