La storia della Pallacanestro Varese è radicata nelle esperienze sportive della Società Ginnastica Varesina e delle formazioni organizzate dal PNF, ma inizia ufficialmente con la fondazione della società il 1º agosto 1945. La società lombarda ha disputato 46 stagioni consecutive nella massima serie italiana, ha vinto 10 titoli nazionali, 7 continentali e 3 intercontinentali, risultando tra le formazioni italiane più titolate.
Gli albori
La Pallacanestro Varese trae origine dall'attività pionieristica che si tenne presso la "Società Ginnastica Varesina", a partire con regolarità dal 1927. Influenzati dalla vicina Milano, gli studenti che praticavano questo sport e frequentavano gli studi nel capoluogo lombardo, importarono la pratica della "palla al cesto" nella provincia varesina. La paternità viene ascritta agli studenti Nando Ermoli, Mario Ferrè, Carlo Giudici, Ugo Pagani e Luigi Vaj. Ottenuto il permesso dai dirigenti della Società, i cinque atleti abbandonarono le pratiche sportive precedenti per dedicarsi appieno al nuovo gioco. L'appoggio economico venne dato da Arturo Mascetti, federale di Varese, attraverso i finanziamenti erogati dal Partito..
Il crescente interesse per questo sport indusse il Comune di Varese a costruire la prima palestra dedicata interamente a questa attività, donandola alla "Società Ginnastica Varesina", nel 1929.. La proprietà venne però presto sostituita con l'Opera nazionale balilla, che proibì l'utilizzo ad altre associazioni differenti, con deroga esclusiva per i giocatori di palla al cesto..
Nel 1932 la squadra prese il nome di "Fascio Giovanile di Varese", e venne iscritta al campionato di seconda divisione lombarda. In quegli anni avvenne una scissione che diede origine alla squadra di "Varese Sportiva", che utilizzerà per la prima volta i colori bianco-rossi.. Negli anni successivi la squadra del "F.G. Varese" proseguì la propria attività, giungendo nel 1943 a conquistare il Campionato Italiano organizzato dal Gruppo Universitario Fascista..
Il dopoguerra
Nel maggio del 1945 venne fondata la Pallacanestro Varese, che vide come primi firmatari Sergio Brusa Pasquè, Sergio Marelli ed Emilio Clerici. Il sindaco della città, Enrico Bonfanti, concesse l'utilizzo della "Palestra di viale XXV Aprile".. Per accedere all'iscrizione dei primi tornei postbellici venne richiesta l'ufficializzazione del nome e dei colori sociali, che da allora rimasero invariati. Il 1º agosto la squadra venne riconosciuta ufficialmente dalla Federazione. Sempre in quell'anno la neonata società partecipò ad un torneo internazionale a Lugano, risultando la prima squadra italiana ad essere invitata ad un incontro esterno ai propri confini dopo la fine della seconda guerra mondiale..
Primo presidente della società venne nominato Adriano Barattieri, che restò in carica alcuni mesi, obbligato per motivi politici ad abbandonare la carica.. Al suo posto venne nominato Vincenzo Agusta, figlio di Giovanni, fondatore dell'omonima società di costruzione di elicotteri..
La squadra si iscrisse al "Campionato di Prima Divisione" lombardo, suddiviso in due gironi, vinti rispettivamente da Varese e da Cantù. La vincente dello scontro diretto sarebbe stata promossa al "Campionato Interregionale", preludio al "Campionato di Serie A". Per l'occasione venne ingaggiato dalla Reyer di Venezia il giocatore Enrico Garbosi che condusse alla vittoria finale la compagine varesina, ricoprendo anche il ruolo di allenatore.
Nel giugno del 1946 prese avvio il "Campionato Interregionale", o di "Serie B", che mise a confronto Varese con squadre di Alessandria, Bologna e Savona. La "Pallacanestro Varese" vinse il proprio girone, giungendo alle finali contro la "Reyer Venezia", la Reale Società Ginnastica Torino e la "Laetitia Venezia". La squadra di Varese vinse tutte le partite ottenendo il titolo di "Campione d'Italia di Serie B".
La Serie A Ad un anno dalla fondazione, la "Pallacanestro Varese" disputò il suo primo campionato di Serie A. Per affrontare questo torneo, la presidenza rinforzò la squadra, acquistando da Cantù un giovane Alfredo Broggi, stella emergente dell'epoca. L'allenatore, con ruolo di giocatore e regista, fu Garbosi, il nuovo presidente Angelo Bettinelli.
Il Campionato 1946-47 venne suddiviso in nove gironi e 45 squadre. Al termine del torneo, vinto dalla Virtus Bologna, la "Pallacanestro Varese" si classificò quinta.
Il Campionato 1947-48 venne invece programmato in due gironi, in cui le prime due classificate di ogni gruppo si scontrarono per il titolo di Campione d'Italia. Durante lo svolgimento del torneo, nel girone comprendente Varese, emersero le squadre di Bologna e di Roma, che giunsero infine prima e seconda.
Il girone unico I primi campionati
Con il campionato 1948-49 l'organizzazione della pallacanestro italiana subì un completo rinnovamento. Il torneo fu organizzato a girone unico, con una conseguente selezione economica che portò all'esclusione delle piccole società provinciali.
Il Presidente Bettinelli si trovò ad affrontare un problema organizzativo e finanziario, legato all'allontanamento di Garbosi, allenatore oltre che della squadra varesina anche di quella femminile della Comense. Il Consiglio giudicò eccessivo l'impegno dedicato alla squadra di Como e ne decise il licenziamento. La squadra si trovò quindi senza allenatore all'inizio del nuovo Campionato. L'arrivo del sostituto, Lucentini, avvenne tramite un'inserzione sul giornale Pallacanestro, edito dalla Federazione. Dalla squadra capitolina della Società Ginnastica Roma giunse quindi il nuovo allenatore, accompagnato da alcuni giocatori tra cui Vittorio Tracuzzi. L'impegno economico necessario per trattenere il nuovo allenatore e il valido giocatore con capacità di allenare, pose la scelta tra i due, con l'esclusione del primo. La formazione di quell'anno poté quindi vantare due giocatori da Nazionale, come Carlo Cerioni e Tracuzzi stesso.
Il primo campionato si concluse con un secondo posto, ottenuto alle spalle della squadra della Virtus Bologna, che in quegli anni divise il primato con la Olimpia Milano, targata Borletti.
La compagine varesina venne chiamata quasi al completo in Nazionale da Elliott Van Zandt, per il Trofeo Mairano a Napoli; Tracuzzi, Cerioni, Checchi, Marelli e Clerici.
Con il Campionato 1949-50 la Federazione Italiana Pallacanestro modificò alcune regole tecniche ed aumentò il numero delle squadre partecipanti a quattordici. La Pallacanestro Varese iniziò bene il torneo, ma all'inizio del 1950 alcuni gravi problemi di ordine finanziario spinsero la dirigenza a decidere per il ritiro dalle competizioni. Si riuscirono infine a recuperare i fondi necessari per la continuazione del torneo, che si concluse con il terzo posto finale.
La crisi finanziaria fu un problema che si ripresentò annualmente per la compagine varesina e che per anni portò insicurezza all'ambiente cestistico bosino, allontanando i migliori giocatori che preferirono rivolgersi a squadre con situazioni economiche stabili. Nel 1951 subentrò al dimissionario Angelo Bettinelli il nuovo presidente, Maurizio Belloni, professionista della città, che portò con sé anche i fondi necessari per dare tranquillità all'ambiente.
Gli anni '50
Nella prima parte degli anni cinquanta la figura di maggiore spicco della società rimase l'allenatore e giocatore Tracuzzi, che nel 1952 venne incaricato dalla Federazione di allenare anche la Nazionale. Gli impegni successivi e molteplici, lo spinsero a dedicare meno tempo alla parte giocata, dividendo l'impegno tra la società di club e la rappresentativa italiana. Questa situazione, con la squadra non particolarmente brillante come risultati stagionali, si trascinò fino al 1954, quando Tracuzzi decise di lasciare Varese per trasferirsi a Bologna, seguito da Mario Alesini.
In quell'anno le necessità finanziarie spinsero il direttivo societario ad accettare per la prima volta l'abbinamento del nome con quello di uno sponsor; l'azienda di abbigliamento "Storm" di Milano. Il vertice societario cambiò, con l'abbandono del presidente Belloni, sostituito da Rino Sassi; la ricerca del nuovo allenatore si concentrò inizialmente su Amerigo Penzo, ma la richiesta finanziaria fu troppo elevata, e la presidenza decise l'assunzione di Valerio Giobbi, responsabile del settore giovanile. L'acquisto principale, teso a riempire il vuoto lasciato da Alesini, fu quello di Tonino Zorzi, guardia tiratrice acquistato dalla AGI Gorizia. Zorzi rappresenterà in futuro il migliore realizzatore della squadra, e il perno della formazione.
Nel decennio in corso, le principali società che poterono ambire alla conquista del primato furono la Borletti Milano e le squadre di Bologna; la Virtus e la Gira. Le sconfitte continue nei confronti di queste tre società, convinsero il presidente, Rino Sassi, ad acquistare il giocatore statunitense Yogi Bough, che resterà in forza per un anno nella società bosina, nel ruolo di giocatore. Il suo principale apporto verrà dato nel campionato 1955-56, quando rivestì il ruolo di allenatore, al posto del licenziato Valerio Giobbi. L'organizzazione del gioco fu però contrastata da alcuni membri della rosa degli atleti, e la società si affidò prima al giocatore greco Faidōn Matthaiou, ed infine all'affermato Amerigo Penzo.
L'esito non brillante dell'annata sportiva allontanò lo sponsor principale, la "Storm", ed il suo presidente, Sassi. Il Consiglio direttivo si rivolse quindi alla figura industriale di maggior spicco della città, il presidente e fondatore della Ignis di Comerio, il commendatore Giovanni Borghi, che accettò di abbinare il nome della propria azienda con quello della società e il 29 marzo 1956 siglò l'accordo con la direzione societaria, rappresentata da Giovanni Pedetti e Franco Guidetti.. Borghi impose il nome dell'allenatore, il rientrante Enrico Garbosi. Le scelte dell'allenatore veneziano comportarono un cambiamento deciso nella rosa dei giocatori a disposizione, con acquisti importanti come Romano Forastieri, Vinicio Nesti e il ritorno di Sergio Marelli. A fine campionato la "Ignis Varese" si aggiudicò il quinto posto, la vincente fu Milano, seguita dalle due squadre di Bologna e dalla Stella Azzurra Roma. Il presidente Borghi meditò il ritiro della sponsorizzazione, al suo primo anno, poiché l'abbinamento al nome dell'azienda era legato per lui alla necessità di vittoria. Venne fatto desistere dal consiglio di amministrazione, e l'impegno economico del Commendatore aumentò, teso all'acquisto dei giocatori necessari per ambire alla vittoria dello scudetto. Riconfermato Garbosi, il processo di miglioramento in ambito nazionale fu continuo, e giunse al primo successo all'inizio del nuovo decennio.
Gli anni '60
Nel 1960 si disputarono i Giochi olimpici di Roma, e nel torneo di pallacanestro la Nazionale conquistò il quarto posto, alle spalle dei vincenti Stati Uniti, dell'Unione Sovietica e del Brasile. La Pallacanestro Varese acquistò uno dei protagonisti di questa nazionale, Giovanni Gavagnin; conteso sia dalla Virtus che dall'Olimpia Milano, il presidente esecutivo, Adalberto Tedeschi e l'allenatore, Enrico Garbosi, convinsero il ventiquattrenne di Portogruaro a trasferirsi a Varese. Con l'innesto del pivot veneto, si completò un quintetto composto da Tonino Zorzi, capitano, Vinicio Nesti, playmaker, Gabriele Vianello e Guido Carlo Gatti ali piccole capaci anche di ricoprire il ruolo di guardia tiratrice. Nella seconda parte del campionato, Garbosi inserì a rotazione anche Remo Maggetti, soprannominato "Freccia del Sud". La vittoria finale nelle Elette giunse così al termine della stagione, spezzando il duopolio Bologna-Milano che durava ininterrottamente dall'istituzione del girone unico, nel 1948.