Fallot frequentò la scuola di medicina presso Montpellier nel 1867.
Mentre abitava a Marsiglia scrisse una tesi sullo pneumotorace. Nel 1888 fu nominato professore di Igiene e Medicina Legale a Marsiglia.
Nel 1888 Fallot descrisse in dettaglio le quattro caratteristiche anatomiche della tetralogia di Fallot, una cardiopatia congenitaE. L. A. Fallot. Contribution à l'anatomie pathologique de la maladie bleue (cyanose cardiaque). Marseille médical, 1888, 25: 77-93, 138-158, 207-223, 341-354, 370-386, 403-420..
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