Era figlio di Trasimondo de comitibus Signiae (conte appartenente ai notabili della cittadina di Segni) e di Clarissa Scotti, secondo alcuni studiosi imparentata con la famiglia di papa Clemente III. Suo padre fu membro del famoso casato dei Conti, detti anche "conti di Segni", che alcuni genealogisti congiungono ai conti di Tuscolo e addirittura alla gens Anicia (ciò lo renderebbe lontano parente di svariati pontefici, tra cui Benedetto IX, dei Tuscolani, e Gregorio I, degli Anici); alla stirpe dei conti di Segni furono legati da rapporti di parentela i pontefici Gregorio IX e Alessandro IV; alla loro discendenza appartiene Innocenzo XIII.

Biografia Formazione e carriera ecclesiastica Secondo alcuni storici, Lotario nacque a Gavignano, nell'attuale provincia di Roma. Egli compì i suoi studi a Roma, poi studiò teologia a Parigi (dove ebbe fra i suoi insegnanti Pietro di Corbeil, Pietro Cantore, Pietro di Poitiers, Migliore di Pisa), quindi diritto canonico a Bologna, con Uguccione da Pisa. In breve tempo Lotario divenne uno degli intellettuali più raffinati e uno dei maggiori esperti di diritto canonico del suo tempo.

Dopo la morte di papa Alessandro III (1181) tornò a Roma, dove ebbe incarichi durante i brevi pontificati di Lucio III, Urbano III, Gregorio VIII (1181-1187). Nel settembre 1190 fu nominato da Clemente III cardinale diacono con il titolo dei Santi Sergio e Bacco. La sua carriera non fu interrotta nemmeno dall'ascesa al soglio pontificio di Celestino III (1191-1198), benché la famiglia Orsini, da cui il papa proveniva, potesse considerarsi "nemica" dei conti di Segni. Durante il suo servizio nella Curia pontificia, Lotario scrisse una delle sue opere più note: De miseria humanae conditionis, conosciuta anche come Liber de contemptu mundi.

Conclavi Nel periodo del suo cardinalato Lotario dei conti di Segni partecipò a due elezioni papali: Elezione papale del 1191, che elesse papa Celestino III Elezione papale del 1198, che elesse papa lui stesso

Elezione al Soglio

Celestino III morì l'8 gennaio 1198. Il giorno stesso i cardinali si riunirono e Lotario dei conti di Segni venne eletto papa a soli trentasette anni; il nome pontificale di Innocenzo non sarebbe stato scelto dall'eletto, ma gli sarebbe stato imposto da Graziano da Pisa, decano dei cardinali-diaconi,Vedi: Federico Hurter, Storia del Sommo Pontefice Innocenzo III e de' suoi contemporanei, Tomo 1, p. 159, nota n. 441, Milano, Giovanni Resnati libraio, 1839. Il testo è consultabile in Google Libri per eliminare e sostituire il ricordo dell'antipapa Innocenzo III, eletto nel 1179, e condannato all'esilio e internato nell'abbazia di Cava de' Tirreni dal 1180 al 1183, data della sua morte.Il già citato Federico Hurter, nella stessa nota di cui sopra, ipotizza che la scelta volesse piuttosto indicare "ch'era pervenuto a si sublime dignità senza averla ricercata?". Secondo un'altra ipotesi, Lotario avrebbe scelto il nome Innocenzo con riferimento a Innocenzo II, il quale, in occasione di un incontro a Liegi nel 1131, era riuscito ad affermare la superiorità del Papato sull'Impero, facendosi condurre su un cavallo bianco dal re dei Romani Lotario III rimasto a piedi (come papa Silvestro I aveva ottenuto dell'imperatore Costantino, a detta della "Falsa donazione di Costantino"). Con questo nome Lotario avrebbe resa chiara la sua volontà di cambiare politica nei confronti dell'Impero, rispetto alle concessioni e ai compromessi fatti dal predecessore Celestino III.Questa ipotesi è stata proposta di recente in Julien Théry-Astruc, "Introduction", in Innocent III et le Midi (Cahiers de Fanjeaux, 50), Toulouse, Privat, 2015, p.11-35, alle p. 13-14. Si fece intronizzare il giorno del 37º compleanno, nonché festa della Cattedra di San Pietro. Fu il primo pontefice a utilizzare uno stemma personale, tradizione che si consolidò arrivando fino ai giorni nostri.

In quel periodo i papi venivano preferibilmente scelti tra i giuristi ecclesiastici, in modo da rafforzare i risultati della riforma, che aveva stabilito il primato della Chiesa sull'Impero, e dei chierici sui laici. Inoltre, doveva essere rafforzata anche la supremazia papale (già teorizzata progressivamente sotto il profilo canonistico nei vari secoli, attraverso i teologi di corte) rispetto alle altre sedi vescovili e metropolitane e sul mondo cristiano in generale. Innocenzo III rivendicherà il diritto di nominare in tutto l'Occidente, di cui è Patriarca, i vescovi, che prima venivano eletti dai Sinodi locali. Progressivamente tenterà di avanzare questo primato anche in Oriente, dopo il disastro della IV Crociata e il famigerato sacco di Costantinopoli del 1204, cioè soltanto centocinquant'anni dopo lo scisma che divise la Chiesa d'Occidente da quella d'Oriente (anno 1054).

Il suo intento di riunificare dopo un secolo e mezzo la Chiesa di Roma e la Chiesa di Costantinopoli, cioè i latini e i greci (anche di fronte all'avanzata dei musulmani), naufragò per le atrocità e violenze perpetrate dai crociati, in maggioranza provenienti da Venezia.

Sulla scelta di Lotario dovette pesare, oltre che la sua cultura, anche il suo spirito mistico, manifestato nel trattato del De miseria humanae conditionis dove la miseria dell'uomo veniva contrapposta a una salvezza che può provenire solo dall'alto. Innocenzo III doveva rappresentare un solido caposaldo in grado di dare risposte al fiorire di ordini e gruppi religiosi non sempre fedeli alla Chiesa (come i patarini o i catari). Ma il suo misticismo non era votato al ritiro dal mondo, bensì alla sua dominazione, con il papato inteso come potere spirituale che era in grado di controllare tutti gli altri poteri.

Relazioni con l'aristocrazia romana

Il papato era in balia delle potenti famiglie romane che con il Senato avevano limitato notevolmente l'autorità pontificia.

Innocenzo III dimostrò subito che le cose erano cambiate. L'unico senatore in carica fu rimosso e sostituito da un uomo di sua fiducia. Tale azione, che in passato avrebbe causato la rivolta della popolazione romana, in tale circostanza non incontrò nessun ostacolo. Successivamente sostituì i giudici, che erano quasi tutti esponenti dell'aristocrazia romana, sostituendoli con uomini dell'amministrazione ecclesiastica. Emerse subito la concezione fortemente teocratica del pontefice, ancor prima della sua effettiva incoronazione avvenuta il 22 febbraio.

Relazioni con l'imperatore

Sul versante dell'Impero si trovò avvantaggiato dal fatto che in quel momento il trono imperiale era vacante dalla morte di Enrico VI di Svevia (1197) e nessun successore era ancora stato eletto. Il Papa approfittò della debolezza di Federico II di Svevia, che all'epoca aveva quattro anni, per ripristinare i diritti feudali della Chiesa sul Regno di Sicilia, chiedendo e ottenendo dall'imperatrice Costanza, vedova di Enrico VI e madre del piccolo Federico II, la rinuncia ai privilegi dei Quattro Capitoli, che erano stati concessi a Guglielmo I di Sicilia da papa Adriano IV. Solo allora Innocenzo investì Federico II del titolo di re di Sicilia, nel novembre del 1198. Inoltre, Innocenzo ottenne da Marcovaldo di Annweiler (vicario dell'imperatore in Italia) la restituzione alla Chiesa della Provincia RomandiolæCostituita dalla Romagna e dalla città Bologna con l'annesso territorio. e della Marca di Ancona. In modo simile, i Ducati di Spoleto, Assisi e Sora vennero ripresi al tedesco Corrado di Urslingen.

Nel frattempo, in Germania, i ghibellini e i guelfi avevano eletto due imperatori rivali, rispettivamente: Filippo di Svevia e Ottone di Brunswick. Nel 1201 il Papa aveva appoggiato apertamente Ottone, riconoscendolo come re dei Romani e minacciando la scomunica a tutti coloro che si fossero rifiutati di riconoscerlo. A tale scelta contribuì il fatto che Ottone avesse promesso di cedere alla Santa Sede alcune regioni italiane dell'impero e anche di rinunciare a determinati diritti imperiali, tra cui la corona dell'Italia meridionale, . Il papa rese chiaro ai principi tedeschi, attraverso il decreto Venerabilem del maggio 1202, quale fosse la sua concezione delle relazioni tra Impero e Papato (questo decreto venne in seguito incorporato nel Corpus Juris Canonici). I punti principali del decreto erano: i principi dell'Impero potevano eleggere liberamente il loro re, ma il diritto di decidere se il re fosse degno della corona imperiale apparteneva al papa; in caso di doppia elezione, i principi dovevano chiedere al papa di fare da mediatore o di pronunciarsi in favore di uno o dell'altro pretendente. Questo diritto derivava dall'atto d'incoronazione di Carlo Magno compiuto da Leone III.Prof. Dr. Gaston Castella: "Papstgeschichte", KOMET MA-Service und Verlaggesellschft mbH, Frechen, Imprimatur Curiae die 17 Decembris 1943, Imprimatur Curiae die 12 Novembris 1965 - ISBN 3-933366-08-9 Egli assimilava in proposito il Papato al Sole e l'Impero alla Luna, a significare come la potestà di quest'ultimo traesse splendore dall'autorità del primo.

Innocenzo III volle poi usare l'autorità papale per riacquistare il potere pontificio nell'Italia meridionale: quando Gualtieri III di Brienne, che aveva ricevuto dal defunto imperatore Enrico VI la promessa dei feudi di Taranto e Lecce, nel 1201 si recò a Roma per ottenere dal papa il riconoscimento dei titoli, il pontefice lo nominò principe di Taranto, duca di Apulia e conte di Lecce e inoltre lo scelse come proprio paladino per riportare il controllo nel Regno di Sicilia, messo in pericolo da quando Marcovaldo di Annweiler e Diopoldo di Acerra, con il sostegno dell'arcivescovo di Palermo Gualtieri di Palearia, pretendevano il tutoraggio sul piccolo Federico II, affidato invece dalla madre Costanza proprio al Pontefice. Gualtieri, sostenuto dalle lettere del papa e dalle truppe del conte Pietro di Celano, ottenne subito dei parziali successi, ricacciando Diopoldo nel suo feudo di Sarno, ma venne poi sopraffatto dai tedeschi (1205), facendo sfumare le mire del pontefice.

Nel frattempo le sorti della guerra civile in Germania sembravano andare a favore di Filippo e così il papa cambiò parere: gli tolse il bando e si dichiarò a suo favore; nel 1207, inviò dei legati in Germania per indurre Ottone a rinunciare al trono. Ma il 21 giugno 1208 Otto di Wittelsbach, un nipote del duca Ottone I di Baviera, uccise Filippo di Svevia a Bamberga, apparentemente per motivi personali. Alla Dieta di Francoforte, l'11 novembre 1208, Ottone IV venne riconosciuto re. Il Papa lo invitò a Roma per ricevere la corona imperiale: Ottone venne incoronato in San Pietro il 4 ottobre 1209. Prima dell'incoronazione, promise di lasciare alla Chiesa il possesso di Spoleto e Ancona e di garantire la libertà delle elezioni ecclesiastiche; sancì il diritto di appello illimitato per il papa e la competenza esclusiva sulla gerarchia per questioni spirituali; promise inoltre di aiutare la Chiesa nel debellare l'eresia (Patto di Neuss, confermato a Spira, nel 1209).

Ma poco dopo essere stato incoronato, Ottone riprese Ancona, Spoleto e altre proprietà della Chiesa, dandole poi ai suoi vassalli; inoltre, invase il Regno di Sicilia. Queste azioni gli valsero la scomunica, pronunciata il 18 novembre 1210.

Il Papa ottenne che la maggioranza dei principi ripudiasse l'Imperatore scomunicato ed eleggesse al suo posto Federico II di Sicilia; ciò accadde alla Dieta di Norimberga, nel settembre del 1211. Federico espresse le medesime promesse di Ottone IV; la sua elezione fu confermata da Innocenzo ed egli fu incoronato imperatore ad Aquisgrana il 12 luglio 1215.Franco Cardini e Marina Montesano, Storia Medievale, p. 285

Ottone si alleò con l'Inghilterra (era nipote di Giovanni Senza Terra) per combattere Filippo Augusto di Francia, ma fu sconfitto nella battaglia di Bouvines, nella contea delle Fiandre, il 27 luglio 1214, perdendo così tutta la sua influenza (morì il 19 maggio 1218) e lasciando Federico II imperatore incontestato.

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