L'Open de Franche Comté 2006 è stato un torneo di tennis facente parte della categoria ATP Challenger Series nell'ambito dell'ATP Challenger Series 2006. Il torneo si è giocato a Besançon in Francia dal 20 al 26 febbraio 2006 su campi in cemento indoor.
Vincitori Singolare
Nicolas Mahut ha battuto in finale Frank Dancevic con il punteggio di 6–3, 6–4
Doppio
Christopher Kas / Philipp Petzschner hanno battuto in finale Jean-Claude Scherrer / Lovro Zovko con il punteggio di 6–2, 6–2
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