Biografia Figlio di Vincenzo Malagò, appartenente a una famiglia originaria del comune di Conegliano, in provincia di Treviso, nonché per anni vicepresidente della Roma, e Livia Campilli, è pronipote dell'ex ministro Pietro Campilli.
Diplomato al liceo scientifico con la votazione di 60/60, consegue, in seguito, la laurea in Economia e Commercio presso l'Università "La Sapienza" di Roma, ma viene accusato in sede penale di avere ottenuto la promozione in tre esami senza averli sostenuti grazie all'intervento di un bidello corrotto. Condannato a 1 anno e 10 mesi in primo grado, eviterà la condanna definitiva grazie alla sopraggiunta prescrizione del reato, ma si vedrà, tuttavia, annullare la laurea dalla Sapienza.
Otterrà, quindi, la laurea a 46 anni con la votazione di 110/110 e lode dall'Università di Siena, avendo sostenuto presso la stessa gli esami mancanti. Nel novembre del 2022 ha ricevuto a Catanzaro una laurea honoris causa in Scienze e tecniche dello sport.
Fin da giovane pratica diversi sport con una particolare predilezione per il calcio a 5, disciplina nella quale si distingue vincendo tre scudetti con la Roma RCB e quattro Coppe Italia (due conquistate con il Circolo Canottieri Aniene).
Vita privata È stato sposato con Polissena Di Bagno. In seguito ha avuto una relazione con l'attrice Lucrezia Lante della Rovere, dalla quale sono nate nel 1988 due figlie gemelle, Vittoria e Ludovica.
Carriera Il suo primo lavoro è quello di venditore di auto di lusso: nel corso degli anni sarà agente della BMW, della Ferrari e della Maserati. Inizia l'attività imprenditoriale nel settore della vendita di automobili come amministratore delegato della società fondata dal padre, la Sa.Mo.Car. S.p.A. (gruppo Samofin S.p.A., società di partecipazioni di cui è amministratore delegato e di cui detiene il 95%), con sede in via Pinciana, davanti a Villa Borghese. È in quel periodo che nasce il rapporto con la famiglia Agnelli: Malagò diventa amico di Lupo Rattazzi, figlio di Susanna Agnelli, con il quale dal 2008 è socio paritario nella holding GL Investimenti, ed entra in contatto con Gianni Agnelli. Nello stesso contesto nasce il legame con Luca Cordero di Montezemolo, con il quale è socio al 50% nella Mo.Ma. Italia s.r.l., società attiva nel settore nautico e concessionaria unica in Italia degli yacht Itama. Nel 2024 il gruppo Samocar, concessionario in particolare di Ferrari e Maserati, ha registrato un fatturato di oltre 117 milioni di euro.
Dal 2002 è membro della Consulta Regionale del FAI e de "i 200 del FAI", mentre dal 2003 è componente del consiglio di amministrazione dell'Auditorium Parco della Musica; nel 2002 è tra i fondatori dell'associazione "Amici del Bambino Gesù", l'ospedale romano amministrato dal commercialista e dirigente sportivo del Bologna Gianluca Piredda,Malagòpoli, l'incredibile rete di potere di Giovanni Malagò. oltre a essere membro onorario dell'Associazione italiana contro le leucemie-linfomi e mieloma (già consigliere dal 2005). Nel 2008 è membro della giuria per il David di Donatello e della Commissione Marzano per il Futuro di Roma Capitale; dal 2009 al 2010 è nel Comitato di Esperti Made in Italy per il Ministero dello Sviluppo Economico ed è nel CdA della Fondazione Lazio per lo Sviluppo dell'Audiovisivo, mentre da dicembre 2010 è membro del Consiglio di Territorio Roma (UniCredit). Dal 2011 è anche nella giuria della Fondazione Guido Carli, ed è membro dell'Advisory Board della onlus Agenda Sant'Egidio.
Come dirigente sportivo, diventa presidente del Circolo Canottieri Aniene nel 1997; nel 1998 viene nominato presidente del comitato organizzatore del torneo tennistico che annualmente si svolge a Roma Campionati internazionali d'Italia mentre dal 2000 al 2001 è presidente della Virtus Roma (dopo esserne stato amministratore delegato). Nel 1998 è consigliere delegato per i 100 anni della FIGC, mentre nel 2004 viene nominato Responsabile del Comitato d'Onore e delle Relazioni Esterne per la candidatura di Roma alle Olimpiadi; è membro della Giunta esecutiva del CONI dal 2001 al 2003, quando diventa Coordinatore del Comitato di "Sport per Tutti" promosso dal CIO e dal CONI. Negli anni si occupa dell'organizzazione di diverse manifestazioni sportive di carattere internazionale organizzate in Italia, come il Cinquantenario della Ferrari nel 1997, l'Europeo di pallavolo nel 2005, la "Final Four" dell'Eurolega di pallavolo nel 2006 al PalaLottomatica di Roma, i Mondiali di nuoto del 2009 e i Mondiali di pallavolo del 2010. Il 27 marzo 2017 lascia la presidenza del Circolo Aniene a Massimo Fabbricini (ex capo ufficio stampa del CONI) rimanendo come presidente onorario.Malagò interviene oggi alla Uisp, lunedì passa il testimone all’Aniene.
Nel 2016 gli è stato assegnato alla Camera dei Deputati il Premio America della Fondazione Italia USA.Giovanni Malagò: "Sulla candidatura di Roma sento che la maggioranza degli italiani è con noi. Martedì ne sapremo di più".
Il 28 ottobre 2021 viene nominato nel CdA dell'Università degli Studi di Verona per il triennio accademico 2021-2024 sotto la presidenza del Magnifico Rettore Pier Francesco Nocini.
Presidente del CONI Il 19 febbraio 2013 è eletto con 40 voti presidente del CONI battendo a sorpresa Raffaele Pagnozzi, segretario generale del Comitato dal 1993, fermatosi a 35 nonostante l'appoggio del presidente uscente Gianni Petrucci e delle maggiori federazione sportive, su tutte la FIGC. L'11 maggio 2017 viene confermato Presidente del CONI con 67 voti su 75, superando lo sfidante Sergio Grifoni, ex presidente della Federazione Italiana Sport Orientamento.
In qualità di presidente del Comitato Olimpico, nel 2018 è chiamato a risolvere la crisi degli organi di vertice del calcio italiano, FIGC e Lega Calcio Serie A, incapaci di giungere all'elezione di una nuova governance. Il 1º febbraio la Giunta del CONI, presieduta da Malagò, nomina il Segretario Generale Roberto Fabbricini nuovo commissario straordinario della FIGC e il giorno successivo Fabbricini nomina lo stesso Malagò commissario straordinario della Lega di Serie A. Lascia l'incarico il 28 maggio, dopo l'elezione della nuova governance. Il 9 ottobre 2018 viene eletto membro del CIO, nel corso della 133ª sessione del Comitato Olimpico Internazionale, ospitata a Buenos Aires. È il 22º italiano della storia a entrare nel consesso a cinque cerchi, il 16º a titolo individuale.
Il 9 dicembre 2019 divenne presidente della "Fondazione Milano Cortina 2026", il comitato organizzatore dei XXV Giochi olimpici invernali.
Il 13 maggio 2021 con 55 voti è riconfermato presidente del CONI per un terzo mandato.
Tra la fine del 2018 e il 2019 si oppose alla riforma dello sport promossa dal Governo Conte I e in particolare dal sottosegretario Giancarlo Giorgetti, che con la legge di bilancio per il 2019 istituì la società statale Sport e Salute S.p.A., subentrata a Coni Servizi nella gestione della maggior parte dei finanziamenti pubblici allo sport, fino ad allora attribuiti al CONI. Malagò definì il provvedimento «un'occupazione» del Comitato olimpico e ipotizzò le proprie dimissioni; le tensioni tra i due enti proseguirono anche dopo l'entrata in vigore della riforma.
I Giochi olimpici invernali di Milano Cortina si sono svolti dal 6 al 22 febbraio 2026 e sono stati giudicati complessivamente ben organizzati e riusciti, con circa l'88% dei biglietti venduti; l'edizione è stata tuttavia accompagnata da critiche sulla sostenibilità ambientale ed economica di alcune opere, in particolare la nuova pista da bob di Cortina d'Ampezzo, costata circa 120 milioni di euro.
Concluso il terzo mandato, il 26 giugno 2025 lasciò la presidenza del CONI dopo dodici anni: il Consiglio nazionale elesse come suo successore Luciano Buonfiglio, presidente della Federazione Italiana Canoa Kayak e considerato il candidato della continuità con la sua gestione, prevalso al primo scrutinio con 47 voti contro i 34 di Luca Pancalli. Il bilancio della sua presidenza è stato oggetto di valutazioni divergenti: ai risultati sportivi, con i record di medaglie italiane ai Giochi olimpici estivi e invernali, alcuni osservatori hanno contrapposto uno stile di gestione accentratore e l'assenza di riforme strutturali dello sport italiano.
Presidente della FIGC Dopo le dimissioni di Gabriele Gravina, rassegnate nell'aprile 2026 in seguito alla terza mancata qualificazione consecutiva della nazionale maschile ai campionati mondiali, Il 14 maggio 2026 Malagò depositò ufficialmente la propria candidatura alla presidenza della Federazione Italiana Giuoco Calcio (FIGC), sostenuta da Lega Serie A, Lega Serie B, AIC e AIAC. Il 22 giugno 2026 l'assemblea elettiva della federazione lo elesse al primo scrutinio con il 68,58% dei voti ponderati (343.084 preferenze), contro il 29,17% dell'altro candidato Giancarlo Abete.
L'11 luglio 2026 nominò Paolo Maldini direttore tecnico della nazionale maschile, affiancato dal dirigente brasiliano Leonardo, con il compito di riorganizzare il settore tecnico federale e individuare il nuovo commissario tecnico dopo le dimissioni di Gennaro Gattuso. Dopo un tentativo senza esito con Pep Guardiola, la scelta si orientò su Andrea Pirlo; la candidatura tramontò tuttavia per le polemiche suscitate dal ruolo di Pirlo come testimonial di Fonbet, società russa di scommesse sportive, collaborazione di cui, secondo Malagò, né lui né Maldini e Leonardo erano a conoscenza. Il 27 luglio 2026 Maldini e Leonardo rassegnarono le dimissioni, confermate il giorno successivo al termine del Consiglio federale: secondo Malagò la separazione avvenne in «assoluta e serena consensualità», mentre diverse ricostruzioni giornalistiche riferirono di un contrasto sulla titolarità della decisione finale riguardo al commissario tecnico. Il 28 luglio 2026 Malagò annunciò la nomina di Roberto Mancini, già commissario tecnico dell'Italia dal 2018 al 2023, alla guida della nazionale, e quella di Claudio Ranieri a direttore tecnico e presidente del Club Italia.
Controversie
Secondo un articolo di Panorama, negli anni ottanta Malagò «avrebbe investito due ragazzi» mentre era alla guida della sua auto, uccidendoli; di tale (presunto) omicidio colposo non risulta tuttavia traccia nel suo certificato penale. Sempre secondo la stessa inchiesta di Panorama, nel 1988 Malagò, insieme al padre, vende una casa di famiglia in zona Balduina a un avvocato romano: una parte viene pagata in contanti e un'altra viene trasferita in Svizzera su richiesta dei venditori.
Per aver comprato tre esami universitari (Diritto Privato, Economia politica 2 e Diritto Commerciale) con l'aiuto di un bidello che falsificava le firme dei docenti con cui li avrebbe sostenuti, nel 1993 viene condannato in primo grado a 1 anno e 10 mesi, ma nel 1999 viene prescritto e l'anno seguente la Corte d'Appello trasferisce gli atti all'Università degli Studi di Roma «La Sapienza», che annulla la sua laurea; all'età di 46 anni Malagò si laureerà all'Università di Siena dopo aver sostenuto gli esami mancanti.
Nel settembre 2014 viene inizialmente condannato dalla Disciplinare della Federnuoto (FIN) a 16 mesi di squalifica in qualità di presidente del Circolo Aniene poiché ritenuto responsabile di "mancata lealtà" e "dichiarazioni lesive della reputazione" del presidente federale Paolo Barelli, in precedenza denunciato dal Coni per una presunta doppia fatturazione.Coni, la Federnuoto squalifica Malagò per "mancata lealtà". Nel dicembre successivo il Collegio di garanzia del CONI ha annullato la squalifica, sanzionando inoltre la FIN con il pagamento di euro di spese legali.Coni-Fin, annullata la squalifica a Malagò.
Nella sua villa sulle dune di Sabaudia, nel parco del Circeo, prova a sanare nove abusi edilizi; il nucleo investigativo di polizia ambientale nel 2015 sequestra una vasca idromassaggio esterna e due anni dopo il TAR respinge il ricorso di Malagò contro la demolizione di una palestra interrata.