Генетската историја на Северна Африка ја опфаќа генетската историја на луѓето од Северна Африка. Најважниот извор на проток на гени во Северна Африка бил од Блискиот Исток, иако пустината Сахара на југ и Средоземното Море на север биле исто така важни бариери за протокот на гените од Потсахарска Африка и делови од Европа во праисторијата. Меѓутоа, Северна Африка е поврзана со Западна Азија преку Суецкиот канал и Синајскиот Полуостров, додека преку Гибралтарскиот Проток, Северна Африка и Европа се разделени со само 15 километри, а Малта, Сицилија, Канарските Острови и Крит се блиску до бреговите на Северна Африка.

Северна Африка е генетски хетероген и разновиден регион и се карактеризира со различни етнички групи, од кои главни се Арапите, Берберите и Коптите (во Египет). Северноафриканските популации покажуваат сложена и хетерогена генетска структура која е опишана како амалгам од најмалку четири различни компоненти на предците од Блискиот Исток, Потсахарска Африка, Европа и домородните северноафриканци. Иако Северна Африка доживеала генски текови од околните региони, таа исто така доживеала долги периоди на генетска изолација. Некои генетски проучувања биле критикувани поради нивното толкување и категоризација на африканските генетски податоци."It is not clear to what degree certain genetic systems usually interpreted as non-African may in fact be native to Africa. Much depends on how "African" is defined and the model of interpretation. The various genetic studies usually suffer from what is called categorical thinking, specifically, racial thinking. Many investigators still think of "African" in a stereotyped, nonscientific (evolutionary) fashion, not acknowledging a range of genetic variants or traits as equally African".

Тековната научна дебата се занимава со одредување на релативниот придонес на различните периоди на проток на гени во денешниот генски базен на северноафриканците. Познато е дека анатомските современите луѓе биле присутни во Северна Африка за време на средниот палеолит (пред 300.000 години), како што е потврдено од Џебел Ирхуд 1 Без морфолошки дисконтинуитет, Атеријанската култура била наследена од иберомауруската, чии литиски склопови имале блиски односи со кромањонските култури во Европа и Западна Азија, наместо со современите култури на Потсахарска Африка или со Африканскиот Рог. Иберомауруската култура била наследена од Капската култура под силно западно-азиско влијание (8000 п.н.е. до 2700 п.н.е.) во источниот дел на Северна Африка (Египет, Либија, Тунис, источен Алжир, Малта).

По мигрирањето во Северна Африка во I милениум п.н.е., феникиските доселеници од градовите Тир и Сидон основале над 300 крајбрежни колонии низ целиот регион и изградиле моќно царство (Картагина) кое го контролирало поголемиот дел од регионот од 8 век п.н.е. до средината на 2ри. век п.н.е. Едно неодамнешно проуќување покажало дека речиси 40% од современите мажи од Магреб го носат татковскиот маркер E-M81, за кој се смета дека се проширил од Левант во Северна Африка.

Во VII век од нашата ера, регионот бил освоен од муслиманските Омејадски Арапи од Арапскиот Полуостров. Под релативно краткото арапско-омејадско освојување и подоцнежното пристигнување на номадските бедуини, левантинските Арапи и арапизираните народи од Блискиот Исток во Западна Азија и доаѓањето на некои сефардски Евреи и ибериските муслимани кои побегнале од шпанската католичка Реконквиста на Иберија, делумна популациска мешавина или фузија се случиле и резултирале со одредена генетска разновидност кај некои северноафриканци.

Едно неодамнешно проучување од 2017 година сугерирало дека арапските миграции во Магреб биле главно демографски процес кој во голема мера имплицирал генски тек и ја ремоделирал генетската структура на Магреб, наместо обична културна замена како што тврдат постарите студии. Друго проучување покажало дека поголемиот дел од J-M267 (Eu10) хромозомите во Магреб се должат на неодамнешниот генски тек предизвикан од арапските миграции во Магреб во првиот милениум н.е.. Еу10 хромозомскиот базен во Магреб е изведен не само од раните неолитски дисперзии, туку во многу поголема мера од неодамнешните експанзии на арапските племиња од Арапскиот Полуостров.

Y-ДНК на антички северноафрикански примероци ИмеЗемјаКултураДата (п.с.)Y-ДНК хаплогрупГенетски профилПроучувањеTAF009МарокоИберо-мавританска култура15,100-13,900E-M78Афро-левантскаЛосдрехт и неговите соработници, 2018TAF010МарокоИберо-мавританска култура15,100-13,900E-M78Афро-левантскаЛосдрехт и неговите соработници, 2018TAF011МарокоИберо-мавританска култура15,100-13,900E-M78Афро-левантскаЛосдрехт и неговите соработници, 2018TAF012МарокоИберо-мавританска култура15,100-13,900E-M78Афро-левантскаЛосдрехт и неговите соработници, 2018TAF013МарокоИберо-мавританска култура15,100-13,900E-M78Афро-левантскаЛосдрехт и неговите соработници, 2018TAF015МарокоИберо-мавританска култура15,100-13,900E-M78Афро-левантскаЛосдрехт и неговите соработници, 2018KTG004МарокоКардијалска култура7,400-6,900G2ЕвропскаСимоес и неговите соработници, 2023KTG006МарокоКардијалска култура7,400-6,900G2ЕвропскаСимоес и неговите соработници, 2023IAM.4МарокоКардијалска култура7,300-6,700E-L19ЛевантискаФрегел и неговите соработници, 2018IAM.5МарокоКардијалска култура7,300-6,700E-L19ЛевантискаФрегел и неговите соработници, 2018SKH002МарокоПрото-пехарска6,700-6,100TЛевантискаСимоес и неговите соработници, 2023SKH005МарокоПрото-пехарска6,700-6,100TЛевантискаСимоес и неговите соработници, 2023KEB.6МарокоПрото-пехарска5,700-5,600TЕвропскаФрегел и неговите соработници, 2018KEB.7МарокоПрото-пехарска5,700-5,600CTЕвропскаФрегел и неговите соработници, 2018Гроб на двајцата бражаЕгипетЕгипетска4,000HНепознатоДросу и неговите соработници, 2018Тутмосес 1ЕгипетЕгипетска3,450J1НепознатоГад  и неговите соработници, 2021ЈујаЕгипетЕгипетска3,390G2НепознатоГад  и неговите соработници, 2021Аментотеп IIIЕгипетЕгипетска3,370R1bНепознатоГад  и неговите соработници, 2021АкенатепЕгипетЕгипетска3,350R1bНепознатоГад  и неговите соработници, 2021KV62ЕгипетЕгипетска3,340R1bНепознатоГад  и неговите соработници, 2021Рамзес IIIЕгипетЕгипетска3,200E-V38НепознатоГад  и неговите соработници, 2021ПентаверЕгипетЕгипетска3,200E-V38НепознатоГад  и неговите соработници, 2021JK2134ЕгипетЕгипетска2,798-2,591J1ЛевантискаШуенман и неговите соработници, 2017JK2911ЕгипетЕгипетска2,791-2,582J2ЛевантискаШуенман и неговите соработници, 2017R11793ТунисФеникиска2,711-2,355J2ЕвропскаМутс и неговите соработници, 2023R11746ТунисФеникиска2,683-2,361R1bЕвропскаМутс и неговите соработници, 2023R11751ТунисФеникиска2,678-2,359J2ЕвропскаМутс и неговите соработници, 2023R11753ТунисФеникиска2,606-2,355J2ЕвропскаМутс и неговите соработници, 2023JK2888ЕгипетЕгипетска2,119-2,024E-V22ЛевантискаШуенман и неговите соработници, 2017R10766АлжирБерберска1,887-1,746G2БерберскаАнтонио и неговите сработници, 2022

Y-хромозом Претходните работи со маркери на Y-хромозомот покажале дека Северна Африка е многу хетерогена, лозите Y кои се наоѓаат во регионот се: A, B, E-V38, E-M78, E-M81, E-M123, G, F, H, I1, I2, J1, J2 и R1b. E-M81 и достигнуваат просечна фреквенција од 40% низ целиот регион. J-M267 е втората најчеста хаплогрупа, која опфаќа околу 30% од северноафриканците и се претпоставува дека се проширила од Кавказ, Турција и Иран во Северна Африка.

Се смета дека хаплогрупата Е се појавила во палеолитскиот Левант и подоцна би се распрснала во Северна Африка. Вообичаените потклади вклучуваат E1b1b1a, E1b1b1b и E1b1b1*. E1b1b1b е распространета по должината од запад кон исток со фреквенции кои можат да достигнат дури 80% меѓу Арапите Хасани и 1% меѓу Берберите Сива. E1b1b1a е забележан на ниски до умерени фреквенции кај берберските популации со значително повисоки фреквенции забележани во североисточна Африка во однос на северозападна Африка. Лосдрехт и неговите соработници во 2018 година покажале дека E1b1b најверојатно е домородна во Левант и мигрирал од Левант во Северна Африка за време на палеолитот.

Хаплогрупата J-M267 е уште една многу честа хаплогрупа во Магреб, која е втората најчеста хаплогрупа по хаплогрупата Е. Хаплогрупата R1 е исто така забележана на умерени фреквенции. Темелнот проучување од Ареди и неговите соработници од 2004 година, која ги анализирала популациите од Алжир, заклучува дека северноафриканскиот модел на Y-хромозомска варијација (вклучувајќи ги и главните хаплогрупи J1 и E1b1b) е главно од блискоисточно потекло, што сугерира дека нивното воведување во овој дел од светот е резултат на миграцијата на неодамнешните семитски сточари од Блискиот Исток, иако подоцнежните трудови сугерираат дека овој датум би можел да биде долг пред десет илјади години, со преминот од оранската во капсијанската култура во Северна Африка. Друга студија заклучила дека базенот на хромозомот J-M267 во Магреб е изведен не само од раните неолитски дисперзии, туку во многу поголема мера од неодамнешните експанзии на арапските племиња од Арапскиот Полуостров за време на арапските миграции во Магреб.

Кејта и соработниците (2008) испитале објавена база на податоци за Y-хромозомот на афро-азиските популации и откриле дека клучната лоза E-M35 / E-M78, потклад на хаплогрупата Е, била споделена помеѓу популациите во местото на оригиналниот египетски и либиски говорници и современите кушитски говорници од Африканскиот Рог. Овие лози се присутни кај Египќаните, Берберите, кушитски говорители од Африканскиот Рог и семитските говорители на Блискиот Исток. Тој истакнал дека варијантите се наоѓаат и на Егејското Море и на Балканот, но потеклото на мутацијата на поткладот М35 е во Египет или Либија, а нејзините клади биле доминантни во основниот дел од популациите што зборуваат афро-азиски, кои вклучуваат кушитски, египетски и берберски групи. Спротивно на тоа, семитските говорници покажале пад на фреквенцијата од запад кон исток во регионот Левант-Сирија. Кејта идентификувал високи фреквенции на М35 (>50%) кај популациите Омоти, но изјавил дека тоа произлегува од мал, објавен примерок од 12. Кејта, исто така, напишал дека мутацијата PN2 ја споделуваат лозата M35 и M2 и овој татковски клад потекнува од Источна Африка. Тој заклучил дека „генетските податоци даваат профили на популација кои јасно укажуваат на мажјаци со африканско потекло, за разлика од тоа што имаат азиско или европско потекло“, но признал дека биолошката разновидност не укажува на некој специфичен сет на бои на кожата или црти на лицето бидејќи популациите биле предмет на микроеволутивни притисоци.

E1b1b1b (хаплогрупа E-M81); порано E3b1b, E3b2 E1b1b1b (E-M81) е најчестата хромозомска храхлогрупа Y во Северна Африка, доминирана од нејзиниот потклад E-M183. Можеби потекнува од Левант пред околу 5.600 години. Матичниот клад, E1b1b, бил пронајден меѓу праисториските Левантијци и Северноафриканците. Оваа хаплогрупа била пронајдена на високо ниво кај средновековните Арапи од ел-Андалус и меѓу Канарските Острови, со помали, но значителни количини, исто така, во Португалија, Јужна Шпанија, Јужна Италија и регионот на Прованса во Франција. Како резултат на европската колонизација, E-M81 се наоѓа во делови од Латинска Америка, помеѓу Хиспанците во САД. Овој потклад на E1b1b1, исто така, бил забележан со 40% во комарка Пасиегос од Кантабрија.

Во помал број, мажите кои ја поседуваат Е-М81 може да се најдат во Малта, Северен Судан, Кипар и меѓу сефардските Евреи.

Постојат две признати под-клади, иако едната е многу почеста од другата.

Под-клади на E1b1b1b (E-M81): E1b1b1b1 (E-M107). Андерхил и соработниците (2000) пронашле еден пример кај Малиските Арапи. E1b1b1b2 (E-M165). Андерхил и соработниците (2000) пронашле еден пример кај израелските Арапи. E1b1b1b2b (E-M183). Повеќето поединци припаѓаат на овој потклад.Y-DNA Haplogroup E and its Subclades - 2008