Генетската историја на Египет ја рефлектира неговата географска местоположба на раскрсницата на неколку главни биокултурни области: Северна Африка, Сахара, Среден Исток, Средоземно Море и Потсахарска Африка.
Стар Египет Египтологот Бери Кемп забележал дека ДНК проучувањата можат да дадат цврсти заклучоци за населението на Стар Египет само доколку резултатите од примерокот се на значителен број поединци и претставуваат широк географски и хронолошки опсег. Според историчарот Вилијам Стиблинг и археологот Сузан Н. Хелфт, спротивставената ДНК анализа на неодамнешните генетски примероци, како што се кралските мумии во Амарна, довело до недостаток на консензус за генетскиот состав на древните Египќани и нивното географско потекло.
Проучување на Рамзес III (2012) Во 2012 година, две мумии на две лица од 20-тата династија, Рамзес III и „Непознатиот човек Е“ за кои се верува дека се синот на Рамзес III, Пентавер, биле анализирани од Алберт Зинк, Јехија Гад и тим истражувачи под Захи Хавас. Анализите на генетското сродство откриле идентични хаплотипови во двете мумии; користејќи го предикторот на хаплогрупата на Whit Athey, била предвидена Y хромозомската хаплогрупа E1b1a.
Проучување на мумиите во Абусир ел-Мелек Проучувањето објавено во 2017 година од Шунеман и неговите соработници извлекла ДНК од 151 египетски мумии, чии останки биле пронајдени од Абусир ел-Мелек во Среден Египет. Примероците се од временските периоди: Доцно Ново Кралство, Птоломејско и Римско Царство. Целосните секвенци на мкДНК од 90 примероци, како и податоците за геномот од три древни египетски поединци биле успешно добиени и биле споредени со други антички и современи збирки на податоци. Проучувањето користело 135 современи египетски примероци. Древните египетски поединци во нивната сопствена база на податоци поседувале многу слични профили на мкДНК хаплогрупи и се групирале заедно, поддржувајќи го генетскиот континуитет низ 1.300-годишниот трансект. Современите Египќани го споделиле овој профил на хаплогрупа мкДНК, но исто така носеле 8% повеќе африканска компонента. Пронајден е широк опсег на мкДНК хаплогрупи вклучувајќи ги кладите на J, U, H, HV, M, R0, R2, K, T, L, I, N, X и W. Покрај тоа, три древни египетски индивидуи биле анализирани за Y- ДНК, две биле доделени на блискоисточната хаплогрупа Ј и еден на хаплогрупата E1b1b1a1b2. И двете од овие хаплогрупи ги носат современите Египќани, а исто така се вообичаени меѓу афроазиските говорители во Северна Африка, Источна Африка и Блискиот Исток. Истражувачите предупредиле дека испитуваните древни египетски примероци можеби не се репрезентативни за оние на сите древни Египќани бидејќи тие се од еден единствен археолошки локалитет од северниот дел на Египет. Анализите откриле дека старите Египќани имале повисоки афинитети со популациите од Блискиот Исток и Европа отколку современите Египќани, веројатно поради зголемувањето на африканската компонента за 8% кај современите Египќани. Меѓутоа, споредбените податоци од современото население под римско владеење во Анадолија, не откриваат поблиска врска со старите Египќани од римскиот период. „Генетскиот континуитет меѓу античките и современите Египќани не може да се исклучи и покрај овој неодамнешен прилив на потсахарска Африка, додека континуитетот со современите Етиопјани не е поддржан“.
Апсолутните проценки на потсахарско африканско потекло кај овие три древни египетски индивидуи се движеле од 6 до 15%, а апсолутните проценки за потсахарско африканско потекло во 135 современи египетски примероци се движеле од 14 до 21%, што покажува 8% зголемување на африканската компонента. Староста на древните египетски примероци сугерира дека ова зголемување од 8% во африканската компонента се случило претежно во последните 2000 години. 135-те современи египетски примероци биле: 100 од современи Египќани земени од проучувањето на Пагани и неговите соработници., и 35 од западната пустинска оаза ел-Хајез земени од проучувањето на Кујанова и нејзините соработници, 35-те примероци од западната пустинска оаза ел-Хајез, чија популација е опишана од Кујанова и нејзините соработници како мешана, релативно изолирана, демографски мала, но автохтона популација, веќе било познато од таа студија дека има релативно висока потсахарска африканска компонента, што е повеќе од 11% повисока од африканската компонента во 100-те современи примероци.
Верена Шунеман и авторите на оваа студија сугерираат високо ниво на генетска интеракција со Средниот Исток уште од античко време, веројатно да се врати во праисториски Египет иако најстарите мумии на местото биле од Новото Кралство: „Нашите податоци се смета дека укажуваат на блиска мешавина и афинитет на многу постар датум, што не е изненадувачки со оглед на долгите и сложени врски помеѓу Египет и Средниот Исток.Овие врски датираат од праисторијата и се случиле во различни размери, вклучувајќи копнена и поморска трговија, дипломатија, имиграција, инвазија и депортација“
Одговори на студијата за ДНК од 2017 година Проучувањето од 2017 година генерира академски одговори од научници од други сродни дисциплини, забележувајќи ги заклучоците од проучувањето од мултидисциплинарен пристап.
Во 2021 година, Гордин и неговите соработници го оспориле тврдењето на Шунеман и неговите соработници, во нивната необјавена статија, дека зголемувањето на потсахарската компонента во современите египетски примероци е резултат на задссахарската трговија со робови. Наместо тоа, тие сметале дека потсахарските „генетски афинитети“ може да се припишат на „раните доселеници“ и „релевантните потсахарски генетски маркери“ не соодветствуваат со географијата на познатите трговски патишта“.
Во 2022 година, биолошкиот антрополог СОЈ Кејта тврдел дека има проблеми со пристапите и заклучоците на проучувањето, како што се прекумерните генерализации и неуспехот да се разгледаат алтернативни објаснувања. Особено, тој покренал проблеми со компаративните примероци од Западна Африка како прокси група и генерализации за географскиот Египет и потеклото на населението од резултатите од примерокот. Тој, исто така, го привлекол вниманието на фактот дека авторите извлекуваат заклучоци за миграциите во согласност со нивниот бајесов статистички пристап, наместо да интегрираат други податоци во нивните објаснувања за историјата на населението.
Во 2022 година, археологот Даниеле Канделора изјавил дека има неколку ограничувања со Шунеман и неговите соработници од 2017 година. студија како „нови (непроверени) методи на земање примероци, мала големина на примерокот и проблематични компаративни податоци“.
Во 2023 година, Стиблинг и Хелфт признале дека проучувањето од 2017 година ја извршила најголемата студија за древните Египќани, но истакнале дека наодите сè уште произлегуваат од мал примерок на мумии од една местоположба во Среден Египет кои датираат од Новото Кралство и подоцнежните периоди. Тие исто така изјавиле дека оваа студија не може да претставува поранешни популации или Египќани од Горен Египет кои географски биле поблиску допотсахарските популации.
Во 2023 година, Кристофер Ехрет тврдел дека заклучоците од проучувањето од 2017 година се засноваат на недоволно мали големини на примероци и дека авторите имале пристрасно толкување на генетските податоци. Ехрет, исто така, го критикувал проучувањето на Шунеман за тврдењето дека „нема субсахарска генетска компонента“ во египетската популација и навел претходна генетска анализа која веќе го идентификувала Африканскиот Рог како извор на значајна популациона компонента што се прошири во Египет.
Подоцнежни наоди Необјавена, последователна студија од Шунеман, Урбан и нивните соработници (2021) била извршена преку собирање примероци од шест места на ископување по целата должина на долината на Нил што опфаќа 4000 години од египетската историја. Биле собрани примероци од 17 мумии и 14 скелетни остатоци, а од 10 индивидуи биле реконструирани висококвалитетни митохондриски геноми. Според авторите, анализираните митохондриски геноми се совпаѓаат со резултатите од студијата во 2017 година во Абусир ел-Мелек.
Проучувањето од 2020 година било спроведена на антички примероци од Либан. Двајца поединци кои живееле во Либан околу 500 п.н.е. не се здружиле со нивното современо либанско население. Проучувањето ги користело истите египетски примероци од 2017 Шунеман, Урбан и нивните соработници во студија за дополнително тестирање на овие две лица. Една од овие две лица била женка која се облекувала со трите древни египетски единки од Шунеман и сор., што имплицира дека го делела целото нејзино потекло со нив или со генетски еквивалентно население. Другиот бил маж кој потекнувал околу 70% од своето потекло од популација поврзана со женката и ~30% од популација поврзана со античките Левантијци. Понатамошно тестирање сугерира дека жената била Египќанка, а мажот е нејзиниот син од маж кој и самиот имал египетско и либанско потекло.
Проучувања на гробницата на двајцата браќа од 2018 година Гробницата на двајца Египќани со висок статус, Нахт-Анх и Кнум-Нахт, била откриена од египетски работници на чело со Сер Вилијам Флиндерс Петри и Ернест Мекеј во 1907 година. Нахт-Анк и Кнум-Нахт живееле за време на 12-тата династија (1985–1773 п.н.е.) во Среден Египет и биле на возраст од 20 години. Нивната гробница била наречена Гробница на двајца браќа бидејќи мумиите биле закопани една до друга, а натписите на ковчезите го спомнуваат женското име Кхнум-Аа, која е опишана како „дама на куќата“ и се нарекува мајка на двајцата Нахт-Анх и Кнум-Нахт. Секвенците на Y-хромозомот не биле целосни, но Y-хромозомите SNP покажале дека тие имаат различни татковци, што сугерира дека тие се полубраќа. Идентитетите на SNP биле конзистентни со мтДНК хаплогрупата M1a1 со 88,05-91,27% степен на доверба, со што се „потврдуваше африканското потекло на двете индивидуи“ според авторите на проучувањето, врз основа на нивната мајчина лоза. Според резултатите од анализата објавени од FTDNA во 2023 година, најверојатната Y-ДНК хаплогрупа на Нахт-Анх била H-Z19008, потклад на H2.
Проучување на Џехутинахт од 2018 година Во 2018 година, мумифицираната глава на Џехутинахт била анализирана за митохондриска ДНК. Џехутинахт бил номарх (управник) на ном во Горен Египет за време на 11-тата или 12-тата династија во раниот период на Средното Кралство, в. 2000 п.н.е. Две лаборатории независно ја анализирале ДНК на Џехутинахт и откриле дека таа припаѓа на мтДНК хаплогрупата U5b2b5. Поврзани секвенци биле забележани во античка ДНК од Европа и Феникија, без директни совпаѓања со секвенцата на Џехутинахт. Меѓу древните египетски примероци, секвенцата Дјехутинахт наликува на лозата U5a од примерокот JK2903, многу понов скелет стар 2000 години од местото Абусир ел-Мелек во Египет. Хаплогрупата U5 се наоѓа кај современите Египќани, и се среќава кај современите египетски Бербери од оазата Сива во Египет. Во студија од 2009 година на Кудреи и неговите соработници, била забележана хаплогрупата U5 со 16,7% во оазата Сива во Египет, додека хаплогрупата U6 е почеста кај другите берберски популации на запад од Египет.
Проучување на две египетски детски мумии од 2020 година Проучувањето на мумии од машки деца од грчко-римскиот период кои потекнуваат од областа Мемфити или Луксор, открило дека мтДНК за едната била T2c1a, а другата HV. Идентични или филогенетски блиски деривати на овие лоза се присутни и кај старите и кај современите Египќани, како и кај неколку денешни популации на Блискиот Исток и Северна Африка. Истражувачите забележале дека мтДНК сама по себе не е доволна за да се дојде до прецизен заклучок за потеклото на поединецот, но резултатите се во согласност со египетското потекло. Возраста на двата мумифицирани трупови се движела од 11-15 години и 2-4 години.
Проучување на Тутанкамон и други мумии од 2020 година