мини|Структура на населението на африканските популации во широк контекст. Анализата на ADMIXTURE на 2.194 индивидуи од 81 популации за 16.420 SNP открива и добро воспоставени и нови компоненти на потекло кај африканските популации. Генетската историја на Африка е составена од целокупната генетска историја на африканските популации во Африка, вклучувајќи ги регионалните генетски истории на Северна Африка, Западна Африка, Источна Африка, Средна Африка и Јужна Африка, како и неодамнешното потекло на современите луѓе во Африка. Сахара служела како транс-регионален премин и место на живеење за луѓето во Африка за време на различни фази и периоди низ историјата на Африка.
Преглед мини|(А) потеклото на 46-те африкански етнички групи користени во анализата; етничките групи од слични региони добиваат иста боја, но различни форми. (Б) PCA (Анализа на главна компонента) покажува дека првата голема оска на варијација во Африка (PC1, y-оска) ги дели јужните групи од остатокот од Африка, секој симбол претставува поединец; PC2 (оската x) ги одразува етно-јазичните разлики, при што говорителите на Нигер-Конго и Нило-Сахара се поделени од афроазиските говорители. (В) Третата главна компонента (PC3, x-оска) го претставува географското одвојување на говорителите на Нигер-Конго, формирајќи клин од западна кон источна Африка. Народите во Африка се карактеризираат со регионална генетска потструктура и хетерогеност, во зависност од соодветниот етно-јазичен идентитет, и, делумно, објаснета со „мултирегионалната еволуција“ на современите човечки лози во различни повеќе региони на африканскиот континент, како и подоцнежни примеси на настани, вклучително и миграции од Евроазија, од двете високодиференцирани западно и источно-евроазиски компоненти.
Генетското потекло на Африканците е главно поделено според географијата и јазичното семејство, при што популациите кои припаѓаат на истите етно-лингвистички групи покажуваат висока генетска хомогеност и кохерентност. Протокот на гените, во согласност со настаните на миграција со краток и долг дострел, проследени со екстензивни примеси и настани со тесно грло, влијаела на регионалната генетска структура и демографската структура на Африканците. Историската експанзија на народот Банту имало трајни влијанија врз современиот демографски состав на Африка, што резултирало со поголема генетска и јазична хомогенизација. Генетските, археолошките и лингвистичките студии додале дополнителен увид во ова движење: „Нашите резултати откриваат генетски континуитет на популации кои зборуваат Нигер-Конго низ целиот континент и го прошируваат нашето сегашно разбирање за правците, времето и степенот на миграцијата на Банту“.
Севкупно, различните африкански популации покажуваат генетска разновидност и подструктура, но можат да бидат групирани во различни, но делумно преклопувачки групи:
Којсанските лози на ловци-собирачи од Јужна Африка ги претставуваат најдлабоките лози, формирајќи различен и посебен кластер, оддалечен од современите „потсахарски Африканци“ и се повеќе оддалечени од нив отколку различните евроазиски лоза. Различниот датум на овие „јужни ловци-собирачи“ од сите други човечки популации се проценува на повеќе од 100.000 години, соодветно, при што Којсанците подоцна се разделиле во две подгрупи, северни и јужни Којсанци, пред ~ 30.000 години. Ловците-собирачи од дождовните шуми, како што се Бака и Мбути, се оддалечиле од другите потсахарски африкански групи пред повеќе од 60.000 години. Источните групи како Мбути се одвоиле од западните групи како Бака пред ~ 20.000 години. Се претпоставува дека различните афроазиски говорници се разликувале од другите африкански групи пред околу 50.000 години. Зборувачите на нигер-конгоанските и нилосахарските се поделиле пред околу 28.000 години. Малгашите кои зборуваат австронезиски во Мадагаскар добиле значителна мешавина од Источна/Југоисточна Азија, помалку кај некои групи на крајбрежни јужни, источни и рог на Африка. Проценетата дата на генефлосот е пред 2.200 години.
мини|Географска местоположба на примероците анализирани во оваа студија (А). PCA на поединците Кое-Сан, Евроазијците, западните и источните Африканци пред (немаскирани, B) и по (маскирани, C) примена на цевководот за локално потекло (146.696 независни SNPs).
Домородни Африканци Домородните народи на Африка се состојат од говорители на Нигер-конгоански јазици, говорители на Нило-сахарски, којсански, како и од неколку некласифицирани или изолирани етнолингвистички групи. Потеклото на афроазиските јазици останува спорно, при што некои предлагаат потекло од Блискиот Исток, додека други поддржуваат африканско потекло со различен степен на евроазиски и африкански компоненти. Австронезиските јазици потекнуваат од југоисточна Азија, а подоцна се прошириле од Филипините. мини|PCA заплет на генетска варијација на светските популации. (А) Географски координати на 53 популации. (Б) Заплетот на генетска варијација на PCA трансформиран во Прокрстес. Нигерско-конгонските јазици веројатно потекнуваат од или во близина на областа каде што овие јазици се зборувале пред ширењето на Банту народите (т.е. Западна Африка или Средна Африка). Нејзиното проширување можеби е поврзано со проширувањето на земјоделството, во африканскиот неолит, по исушувањето на Сахара во в. 3500 п.н.е. Прото-Нигер-Конго можеби потекнувал околу 10.000 години пред да биде присутен во „Зелена Сахара“ на Африка (приближно Сахел и јужна Сахара), и дека неговото распрснување може да биде поврзано со ширењето на лакот и стрелата од миграциските ловци-собирачи., која подоцна го развила земјоделството.
Иако валидноста на семејството нилосахарски јазици останува контроверзна, регионот помеѓу Чад, Судан и Централноафриканската Република се смета за веројатен кандидат за својата татковина пред нејзиното растурање околу 10.000-8.000 п.н.е.
Јужноафриканските ловци-собирачи (Којсани) се предлагаат да ја претставуваат автохтоната популација на ловци-собирачи од јужна Африка, пред ширењето на банту-говорителите од Западна/Централна Африка и Источноафриканските сточари. Којсаните покажуваат докази за мешавини поврзани со Банту, кои се движат од речиси ~ 0% до ~ 87,1%.
Настан надвор од Африка мини|Човечки миграциски патишта кои следат надвор од Африка. мини|Повеќето современи Африканци покажуваат високо ниво на генетска хомогеност, но придонесите од евроазиските популации се значителни, главно концентрирани во североисточниот дел на Африка и Мадагаскар. Моделот „неодамнешно африканско потекло на современите луѓе“ предлага „единствено потекло“ на хомо сапиенс во Африка, таксономска смисла. Неодамнешните генетски и археолошки податоци сугерираат дека хомо сапиенс-подгрупите потекнуваат од повеќе региони на Африка, не ограничени на еден регион на потекло. Предците на H. sapiens на вистинските Евроазијци најверојатно ја напуштиле североисточна Африка пред 50.000 и 100.000 години. Моделот за „неодамнешно африканско потекло“ предлага сите современи неафрикански популации да потекнуваат од еден или неколку бранови на H. sapiens кои ја напуштиле Африка пред 70.000-60.000 години. мини|300x300пкс| Според моделот на сериски основач, најраните разгранети неафрикански лози се очекува да се прошириле на Блискиот Исток, по настанот надвор од Африка (а), но нивната најдлабока раздвоеност има во денешна Источна или Југоисточна Азија ( б), што сугерира или брза диверзификација и подструктура во рамките на раните Евроазијци, или замена и губење на длабоките лози во Западна Евроазија. Поедноставеното Y дрво е прикажано како референца за боите. Според Дурвасула и соработниците (2020), постојат индикации дека 2% до 19% (≃6,6 до 7,0%) од ДНК на западноафриканските популации може да потекнуваат од непознат архаичен хоминин кој се разделил од предокот на луѓето и неандерталците помеѓу 360 kya до 1,02 kya. Сепак, Дурвасула и сор. (2020) исто така сугерираат дека барем дел од оваа архаична мешавина е присутна и кај Евроазијците/неафриканците и дека настанот или настаните на примеси се движат од 0 до 124 ка пред сегашноста, што го вклучува периодот пред миграцијата надвор од Африка и пред африканско/евроазиското расцепување (така делумно влијае на заедничките предци и на Африканците и на Евроазијците/неафриканците). "Non-African populations (Han Chinese in Beijing and Utah residents with northern and western European ancestry) also show analogous patterns in the CSFS, suggesting that a component of archaic ancestry was shared before the split of African and non-African populations...One interpretation of the recent time of introgression that we document is that archaic forms persisted in Africa until fairly recently. Alternately, the archaic population could have introgressed earlier into a modern human population, which then subsequently interbred with the ancestors of the populations that we have analyzed here. The models that we have explored here are not mutually exclusive, and it is plausible that the history of African populations includes genetic contributions from multiple divergent populations, as evidenced by the large effective population size associated with the introgressing archaic population...Given the uncertainty in our estimates of the time of introgression, we wondered whether jointly analyzing the CSFS from both the CEU (Utah residents with Northern and Western European ancestry) and YRI genomes could provide additional resolution. Under model C, we simulated introgression before and after the split between African and non-African populations and observed qualitative differences between the two models in the high-frequency–derived allele bins of the CSFS in African and non-African populations (fig. S40). Using ABC to jointly fit the high-frequency–derived allele bins of the CSFS in CEU and YRI (defined as greater than 50% frequency), we find that the lower limit on the 95% credible interval of the introgression time is older than the simulated split between CEU and YRI (2800 versus 2155 generations B.P.), indicating that at least part of the archaic lineages seen in the YRI are also shared with the CEU..." Supplementary Materials for Recovering signals of ghost archaic introgression in African populations", section "S8.2" "We simulated data using the same priors in Section S5.2, but computed the spectrum for both YRI [West African Yoruba] and CEU [a population of European origin] . We found that the best fitting parameters were an archaic split time of 27,000 generations ago (95% HPD: 26,000-28,000), admixture fraction of 0.09 (95% HPD: 0.04-0.17), admixture time of 3,000 generations ago (95% HPD: 2,800-3,400), and an effective population size of 19,700 individuals (95% HPD: 19,300-20,200). We find that the lower bound of the admixture time is further back than the simulated split between CEU and YRI (2155 generations ago), providing some evidence in favor of a pre-Out-of-Africa event. This model suggests that many populations outside of Africa should also contain haplotypes from this introgression event, though detection is difficult because many methods use unadmixed outgroups to detect introgressed haplotypes [Browning et al., 2018, Skov et al., 2018, Durvasula and Sankararaman, 2019] (5, 53, 22). It is also possible that some of these haplotypes were lost during the Out-of-Africa bottleneck." Чен и неговите соработници (2020) откриле дека Африканците имаат повисоко неандерталско потекло отколку што се сметало. 2.504 африкански примероци од цела Африка биле анализирани и тестирани на неандерталското потекло. Сите африкански примероци покажале докази за малолетно потекло на неандерталците, но секогаш на пониски нивоа отколку што е забележано кај Евроазијците.
Текот на родот помеѓу евроазиските и африканските популации мини|Преднеолитски и неолитски миграциски настани во Африка.