Muitos grupos de direitos humanos criticaram as baixas civis resultantes das ações militares das forças da OTAN na Operação Allied Force. Tanto Sérvios como Albaneses foram mortos em 90 incidentes confirmados pela Human Rights Watch nos quais civis morreram como resultado dos bombardeios da OTAN. A organização reportou que entre 489 e 528 civis iugoslavos foram mortos nos ataques aéreos da OTAN. Kenneth Roth, diretor executivo da Human Rights Watch, criticou a decisão da OTAN de bombardear infraestruturas civis na guerra. "Uma vez que tomou a decisão de atacar a Iugoslávia, a OTAN deveria ter feito mais para proteger os civis", observou Roth. "Muitas vezes, a seleção de alvos da OTAN submeteu a população civil a riscos inaceitáveis". O governo iugoslavo estimou que nada menos que 1.200 civis e até 2.500 civis foram mortos e 5.000 feridos como resultado dos ataques aéreos da OTAN.

Desde o início da Operação Allied Force, a OTAN prometeu minimizar as baixas civis. A consideração das baixas civis foi incorporada ao processo de planejamento e seleção de alvos da OTAN. Os alvos eram "examinados em termos de seu significado militar em relação aos danos colaterais ou à que poderia haver", de acordo com o general Henry Shelton, presidente da Junta de Chefes de Estado-Maior. Críticos da campanha sugeriram que os incidentes foram o resultado inevitável da política da OTAN de restringir seus pilotos a bombardear a partir de 15.000 pés ou mais, para evitar mortes na OTAN.

Incidentes

30 de março de 1999: Bombardeio de Čačak Em 30 de março de 1999, durante um ataque aéreo de dois dias à fábrica de munições em Čačak, Mileva Kuveljić foi morta em sua casa, fora da fábrica, por ataques aéreos. De acordo com um historiador local, Goran Davidović, outra pessoa ferida pelos ataques aéreos daquele dia morreu um mês depois.

1–2 de abril de 1999: Novi Sad e Orahovac Em 1º de abril de 1999, às 5h05, horário local, a em Novi Sad foi destruída por projéteis da OTAN, matando Oleg Nasov, um trabalhador de 29 anos da refinaria da . No dia seguinte, 11 civis foram mortos depois que a vila de Nogovac, em Orahovac, foi atingida por três mísseis.

4–6 de abril de 1999: Belgrado, Pančevo, Aleksinac e Vranje Em 4 de abril de 1999, três trabalhadores foram mortos quando a refinaria de petróleo em Pančevo foi atingida por ataques aéreos da OTAN. Subsequentemente, 80.000 toneladas de petróleo inflamaram e a concentração de carcinógenos sobre Pančevo subiu 10.500 vezes acima do permitido pelas leis locais na época. No mesmo dia, um civil foi morto após ataques aéreos atingirem centrais de aquecimento elétrico em Belgrado.

Em 5 de abril de 1999, um bairro em Vranje foi bombardeado, matando dois civis e ferindo 15. Na noite de 5 para 6 de abril de 1999, 12 civis foram mortos na cidade mineira do sul, Aleksinac, depois de ser atingida por forças da OTAN. Um total de 35 casas e 125 apartamentos foram destruídos, sem alvo militar óbvio nas proximidades, de acordo com o jornal sérvio Politika.

12 de abril de 1999: Merdare e o bombardeio do trem em Grdelica

Em 12 de abril de 1999, ataques aéreos da OTAN atingiram uma ponte ferroviária em Grdelica, atingindo um trem de passageiros na linha Niš - Preševo. De acordo com o , 15 dos civis mortos foram identificados, um grande número de passageiros foi classificado como "desaparecido". O conselho municipal de Leskovac proibiu trabalhadores e médicos de dar informações a jornalistas sobre os restos mortais recolhidos dos civis mortos, impedindo que um registro mais completo das baixas civis ocorresse. A Human Rights Watch listou os nomes de 12 passageiros mortos em Grdelica, embora tenha relatado que 20 civis foram mortos no total. A agência iugoslava Tanjug noticiou cerca de 50 passageiros mortos, enquanto o governo de Belgrado registrou 55. Em uma reunião comemorativa realizada em 12 de abril de 2017, Miodrag Poledica, Ministro da Construção, Transportes e Infraestrutura da Sérvia, afirmou que "o número exato de mortos nunca foi determinado, mas supõe-se que havia mais de cinquenta."

Em um bombardeio separado no mesmo dia, seis civis foram mortos em Merdare por ataques aéreos da OTAN na fronteira de Kuršumlija e Podujevo.

21 de abril de 1999: Segundo bombardeio de campo de refugiados Em 21 de abril de 1999, um campo de refugiados sérvios em Majino Naselje, em Gjakova, foi atingido por fortes ataques aéreos. O Los Angeles Times noticiou que quatro civis foram mortos, no entanto, um boletim sediado em Belgrado listou os nomes de cinco indivíduos que foram mortos no ataque. O porta-voz da OTAN, Mike Phillips, negou que a OTAN fosse responsável pelo bombardeio de Majino Naselje.

23 de abril de 1999: Bombardeio da sede da Rádio Televisão da Sérvia (RTS)

Em 23 de abril de 1999, a sede da Rádio Televisão da Sérvia (RTS) foi atingida pela OTAN. Como consequência, 16 técnicos e trabalhadores civis da RTS foram mortos e dezesseis ficaram feridos.

27 de abril de 1999: Primeiro bombardeio de Surdulica Em 27 de abril de 1999, mísseis da OTAN atingiram várias casas na cidade meridional de Surdulica. Um jornalista da CNN chamado Alessio Vinci visitou subsequentemente o necrotério local, onde noticiou 16 civis mortos como resultado do ataque. Um dos radiodifusores públicos da Sérvia, a RTS, noticiou que 20 civis foram mortos em Surdulica em 27 de abril de 1999. Muitas das vítimas foram mortas em uma única casa na rua Zmaj Jova, pertencente a Vojislav Milić. A família de Milić e vários vizinhos se refugiaram no porão de Milić quando sua casa foi atingida por duas bombas, após o que nove pessoas foram mortas apenas em sua casa.

29 de abril–1º de maio de 1999: Montenegro e Kosovo

Em 29 de abril de 1999, uma mulher foi morta e mais três pessoas ficaram feridas por estilhaços durante o bombardeio de Tuzi. Em 30 de abril de 1999, bombas da OTAN atingiram Murino, uma vila localizada perto de Plav, matando seis civis, dos quais três eram crianças com menos de 16 anos.

Em 1º de maio de 1999, um ônibus da que levava passageiros para o Kosovo foi atingido por mísseis da OTAN ao cruzar uma ponte na vila de Lužane, perto de Podujevo. O número de vítimas relatadas no bombardeio do ônibus Niš-Ekspres varia, com a Human Rights Watch registrando 39 civis mortos enquanto a Ministra da Saúde, Leposava Milićević, noticiou que 47 civis mortos no bombardeio do ônibus haviam sido identificados.

Em um ataque separado, também em 1º de maio de 1999, pelo menos 12 civis foram mortos quando um bairro cigano em Prizren foi atingido por bombas da OTAN.

4 de maio de 1999: Bombardeio de ônibus em Savine Vode Em 4 de maio de 1999, um ônibus foi destruído na vila de Savine Vode, perto de Peć, resultando na morte de 17 civis. A OTAN negou responsabilidade, no entanto, um fragmento de bomba encontrado em Savine Vode após o ataque tinha as marcas da Magnavox, uma fabricante americana de eletrônicos. O governo iugoslavo submeteu mais evidências à Human Rights Watch, após o que a Human Rights Watch contabilizou as vítimas como infligidas pela OTAN.

7 de maio de 1999 Bombardeio de fragmentação de Niš

Em 7 de maio de 1999, munições de fragmentação foram lançadas sobre Niš. A Human Rights Watch registrou 14 civis mortos enquanto fontes sérvias relataram 16 civis mortos.

Bombardeio da embaixada chinesa

Uma salva de bombas americanas guiadas por GPS JDAM atingiu a embaixada da República Popular da China em Belgrado, matando três diplomatas chineses e ferindo outros 20. O governo americano disse que o bombardeio foi acidental, enquanto o governo chinês disse que foi deliberado. Em agosto, os EUA pagaram 4,5 milhões de dólares às famílias dos três diplomatas.

14 de maio de 1999: Bombardeio de Koriša

Começando pouco antes da meia-noite e durando até as primeiras horas da manhã de 14 de maio de 1999, aviões da OTAN bombardearam a vila de Koriša no Kosovo, onde camponeses albaneses buscavam refúgio em um comboio. As fontes variam entre 77 e 87 mortos. Sobreviventes do ataque alegaram que foram enganados pela polícia iugoslava, que os levou ao depósito de suprimentos que foi bombardeado naquela noite. A polícia iugoslava havia levado os refugiados ao depósito prometendo-lhes refúgio e passagem para a Albânia, embora os sobreviventes alegassem que a polícia pediu dinheiro e fez ameaças antes de escoltá-los. Após o bombardeio de Koriša, tropas iugoslavas levaram equipes de TV ao local pouco tempo depois do bombardeio. O governo iugoslavo insistiu que a OTAN tinha como alvo civis.

19–21 de maio de 1999: Dedinje, Gnjilane e o massacre da prisão de Dubrava Gnjilane Por volta das 10h20, horário local, em 19 de maio de 1999, uma pequena área industrial em Gnjilane foi atingida por ataques aéreos da OTAN, matando instantaneamente três mulheres que trabalhavam na empresa agrícola "Mladost". Um homem que trabalhava para a "Binačka Morava" inicialmente sobreviveu aos ataques aéreos, mas morreu devido aos ferimentos no mesmo dia. O publicou os nomes de todos os quatro trabalhadores mortos em Gnjilane naquele dia.

Bombardeio do hospital Dragiša Mišović Por volta da 00h50, horário local, em 19 de maio de 1999, o Centro Hospitalar Universitário Dr. Dragiša Mišović em Belgrado foi destruído por bombas guiadas a laser da OTAN. A RTS listou os nomes de três pacientes mortos. Sete soldados do Exército Iugoslavo também foram mortos no hospital, embora seus nomes tenham sido listados separadamente dos três pacientes. A OTAN admitiu que um míssil visando um quartel no distrito de Dedinje, que fica perto do hospital, saiu da trajetória.

Massacre da prisão de Dubrava

Começando em 19 de maio de 1999, forças da OTAN bombardearam a cidade de , matando três prisioneiros e um guarda prisional naquele dia. Dois dias depois, forças da OTAN atingiram o complexo prisional novamente, com pelo menos 19 prisioneiros sendo mortos pelos ataques aéreos, de acordo com a Human Rights Watch. Na sequência dos ataques aéreos letais, unidades especiais do Ministério de Assuntos Internos da Iugoslávia, juntamente com vários criminosos selecionados pelas forças especiais, realizaram uma operação de bandeira falsa, durante a qual os prisioneiros foram massacrados por armas de fogo, após o que a agência estatal Tanjug alegou que todas as vítimas da prisão foram mortas pelos ataques aéreos.

26–31 de maio de 1999: Belgrado e sul da Sérvia

Em 26 de maio, três civis foram mortos em um ataque aéreo em Ralja, na Sérvia.

Dois civis foram mortos em 27 de maio de 1999, quando uma ponte sobre o rio em Lebane foi atingida. As notícias sobre este incidente eram inicialmente incertas sobre qual ponte exata havia sido atingida.

Em 29 de maio de 1999, a estrada Prizren-Brezovica foi alvo de ataques aéreos da OTAN. Um motorista foi morto enquanto dirigia em um comboio de jornalistas, e mais três ficaram feridos. Às 13h05, horário local, no dia seguinte, 10 civis foram mortos quando bombardeiros da OTAN realizaram um ataque diurno a uma ponte sobre o rio em Varvarin. As ruas e a ponte tinham mais gente do que o habitual, pois o Domingo da Trindade era celebrado naquele dia. O porta-voz da OTAN, Jamie Shea, disse que a aliança bombardeou um "alvo militar legítimo designado".

Surdulica foi bombardeada pela segunda vez na noite de 30 para 31 de maio de 1999, quando ataques aéreos da OTAN destruíram um sanatório e um asilo. A Human Rights Watch publicou os nomes dos 23 civis mortos no sanatório.

Em 31 de maio de 1999, um edifício residencial foi atingido por uma bomba da OTAN em Novi Pazar, matando 11 civis. No mesmo dia, a Human Rights Watch registrou que ataques aéreos mataram três civis em três incidentes separados no centro e sul da Sérvia; em Vranje, na "ponte Raška", e em Draževac.

7-8 de junho de 1999: Podgorac e Novi Sad Três civis foram mortos na fazenda Ekohrana em Podgorac em 7 de junho de 1999.