miniaturadaimagem|Mapa mostrando a área abrangida pela bacia do São Francisco Esta lista reúne as espécies de peixes encontrados na bacia do rio São Francisco. Tendo por curso d'água principal o rio São Francisco, chamado "Rio da Integração Nacional", que atravessa os estados de Minas Gerais, Bahia, Pernambuco, Alagoas e Sergipe, no Brasil. Segundo estudo publicado em 2022, a bacia do São Francisco tinha 304 espécies de peixes descritas, e que se encontram ameaçadas por ações humanas como a pesca predatória, desrespeito ao chamado período de defeso, poluição, barragens e outras causas.
Os especialistas Alexandre Lima Godinho e Hugo Pereira Godinho informam que "historicamente, o rio São Francisco foi uma das principais fontes brasileiras de pescado. Ele fornecia peixes suficientes para alimentar sua população ribeirinha e para atender ao mercado de outras regiões do Nordeste e do Sudeste do Brasil. A pesca era também uma das importantes fontes geradoras de recursos para sua população ribeirinha". Os autores acrescentam que "pescadores desportivos, provavelmente aos milhares, dirigiam-se anualmente às margens do rio. Centenas de estabelecimentos comerciais, como hotéis, restaurantes, clubes de pesca, peixarias e lojas, obtinham na pesca sua fonte principal ou secundária de recursos" As espécies com maior interesse pesqueiro são apaiari, piau-verdadeiro, pescada-cascuda, tucunaré, tilápia-do-congo e tilápia-do-nilo.
Com a transposição do rio, os organismos federais realizam o monitoramento da migração das espécies de suas águas para as localidades nordestinas atendidas, a fim de minorar o impacto; as barreiras colocadas, bem como as bombas usadas, são barreiras contra a passagem de peixes grandes, mas as espécies pequenas, bem como larvas e ovos, conseguiram passar com possíveis impactos sobre as espécies nativas da zona de caatinga servida pelas águas.
Conservação e registro miniaturadaimagem|esquerda|Vista do interior do aquário, em Belo Horizonte Muitas das espécies nativas do rio desapareceram antes mesmo de serem catalogadas, ou se tornaram muito difíceis de serem encontradas. Entre os anos de 1985 e 2020 o rio perdeu metade de seu volume de água, o que causou grande impacto sobre os peixes do bioma, aliado à introdução de espécies invasoras. O estudo da ictiofauna e sua preservação são ações que visam mitigar o impacto antrópico, não apenas para proveito econômico como a piscicultura e a pesca artesanal (que gera renda aos ribeirinhos), como preservar o equilíbrio dos ecossistemas são-franciscanos.
A cidade de Belo Horizonte possui o Aquário da Bacia do Rio São Francisco, inaugurado em 5 de março de 2010 pela Fundação Zoo-Botânica. Ocupando uma área de aproximadamente m², em dois pavimentos, abriga 22 recintos (tanques) que, em seus variados tamanhos e formatos, contam com um total de mais de 1 milhão de litros de água e era, quando de sua inauguração, o maior aquário público temático de água doce do país, destinado a abrigar cerca de peixes de cinquenta espécies endêmicas da bacia.
Com um acervo que teve início em 2002, na cidade baiana de Paulo Afonso existe um museu que reúne a biota do rio. A iniciativa é capitaneada pela Universidade do Estado da Bahia e em 2022 havia reunido 433 exemplares de 93 espécies distintas de peixes da bacia, cujo acervo começou a ser constituído em 2006 como "Coleção de Referência do Rio São Francisco".
O Instituto Federal do Sertão Pernambucano realizou um banco de dados com espécies do rio, que resultou numa coleção que era utilizada em mostras educativas e em 2019 passou a ser exibida de modo permanente na sede da instituição, na cidade de Petrolina.
Peixes nativos e endêmicos Mais de 150 espécies nativas foram registrados na bacia, e novas ainda são identificadas, além das espécies ali introduzidas. Dentre os principais peixes são-franciscanos tem-se:
<font color=green></font>Nome científico Autoridade(s) <small> Sinônimo(s) ImagemNome(s) popular(es), observações e ref. Conorhynchos conirostris (Valenciennes, 1840) Conorhynchus glaber (Steindachner, 1877) Pimelodus conirostris (Valenciennes, 1840)centro|semmoldura|120x120px pirá-tamanduá; pirá Peixe-símbolo do rio São Francisco e sua bacia.Acestrorhynchus lacustris (Lütken, 1875) <small>Xiphorhamphus lacustris (Lütken, 1875)centro|semmoldura|120x120px peixe-cachorro; cachorrinho; dourado-cachorro; peixe-cadela; bicudo; ueua Nativo da bacia e do alto Paraná, tamanho máximo de 40 cm.Anchoviella vaillanti (Steindachner, 1908) —centro|semmoldura|120x120px manjuba Espécie de interesse pesqueiro, é a única das anchovas totalmente de água-doce da bacia.Apareiodon ibitiensis (Amaral Campos, 1944) Apareiodon mogiguacuensis (Travassos, 1952)centro|semmoldura|120x120px — Endêmico, chega a medir até 11,3 cm de comprimento.FishBase Oyakawa, O.T., 1998. Catalogo dos tipos de peixes recentes do Museu de Zoologia da USP. I. Characiformes (Teleostei: Ostariophysi). Pap. Avuls. Zool. 39(23): 443-507.Apareiodon hasemani (Eigenmann, 1916)centro|semmoldura|120x120px— Atingem 6,8 cm de comprimento, sendo nativos da bacia.FishBase Pavanelli, C.S., 2003. Parodontidae (Parodontids). p. 46-50. A: R.E. Reis, S.O. Kullander y C.J. Ferraris, Jr. (eds.) Checklist of the Freshwater Fishes of South and Central America. Porto Alegre: EDIPUCRS, Brasil.Apareiodon piracicabae (Eigenmann, 1907) Apareiodon piracicaba (Eigenmann, 1907) Parodon piracicabae (Eigenmann, 1907)centro|semmoldura|120x120px— Presente também na bacia do Paraná, atinge 12 cm de comprimento.FishBase (en inglés)Andrade, P.M. y F.M.S. Braga, 2005. Diet and feeding of fish from Grande River, located below the Volta Grande reservoir, MG-SP Braz. J. Biol. 65(3): 377-385. Astyanax bimaculatus (Lineu, 1758) —centro|semmoldura|120x120pxpiaba-do-rabo-amareloAstyanax fasciatus (Cuvier, 1819) Psalidodon fasciatus (Cuvier, 1819) vide artigocentro|semmoldura|120x120pxpiaba-do-rabo-vermelhoBryconops affinis (Günther, 1864) —centro|semmoldura|119x119px piaba-verdeBrycon hilarii (Valenciennes, 1850) Brycon melanoxanthus (Kner, 1860) Brycon microlepis (Perugia, 1897) Brycon siebenthalae iquitensis (Nakashima, 1941) Chalceus hilarii (Valenciennes, 1850) Salmo paraputanga (Kner, 1860)centro|semmoldura|120x120pxpiraputanga; piracanjuba; matrinxã; mamuri Endêmico da bacia. Machos atingem 56 cm de comprimento e 3.360 g de peso.FishBase Brycon nattereri (Günther, 1864) Brycon reinhardti (Lütken, 1875)centro|semmoldura|120x120px piracanjuba; piracanjuva; piracanjuva-arrepiada; piracanjuvira <small>Endêmico também na bacia do Paraná, machos atingem até 29cm.Brycon orthotaenia (Günther, 1864) Brycon lundii (Lütken, 1875)centro|semmoldura|120x120pxmatrinxã-do-são-francisco Endêmico do Alto São Francisco (Minas Gerais), é onívoro.Characidium fasciatum (Reinhardt, 1866) —centro|semmoldura|120x120pxcanivete; peixe-charuto; torpedo; mocinha; mazurco(es) Endêmica da bacia. Os machos podem atingir 6,7 cm de comprimento.FishBase Cichlasoma bimaculatum (Lineu, 1758) <small>Acara gronovii (Heckel, 1840); Acara minuta (non Hensel, 1870); Acara portalegrensis (non Hensel, 1870); Aequidens portalegrensis (non Hensel, 1870); Cichlasoma facetum (Lineu, 1758); Labrus bimaculatus (Linnaeus, 1758); Sparus filamentosus (Gronow, 1854)</small> |centro|semmoldura|120x120px | Acará-cascudo <small>Nativa do Brasil, é invasora na América do Norte. Lineu erroneamente deu sua origem como no Mediterrâneo.Kullander, S.O. (2003) Cichlidae (Cichlids)., p. 605-654. In R.E. Reis, S.O. Kullander and C.J. Ferraris, Jr. (eds.) Checklist of the Freshwater Fishes of South and Central America. Porto Alegre: EDIPUCRS, Brasil.
|Compsura heterura (Eigenmann, 1915) |centro|semmoldura|120x120px | piabinha Tamanho até 3,8 cm, endêmico de rios do Nordeste.
|Corydoras aeneus (Gill, 1858) Hoplosoma aeneum (Gill, 1858); Corydoras microps (Eigenmann & C. H. Kennedy, 1903); Corydoras venezuelanus (Ihering, 1911); Corydoras macrosteus (Regan, 1912); Corydoras schultzei (Holly, 1940) |centro|semmoldura|120x120px | coridora bronze Distribuído nas principais bacias da América do Sul, endêmica no S. Francisco. Apreciada no aquarismo.
|Curculionichthys sagarana (Roxo, Silva, Ochoa & Oliveira, 2015) — |centro|semmoldura|120x120px | cascudo Pequeno bagre (2,4 cm) nativo do rio das Velhas e do S. Francisco.
|Cyphocharax corumbae (Pavanelli & Britski, 1999) Steindachnerina corumbae (Pavanelli & Britski, 1999) |centro|semmoldura|120x120px | saguiru Atinge até 14.5 cm de comprimento. É endêmico da bacia do rio São Francisco.
|Cyphocharax gilbert (Quoy & Joseph Paul Gaimard, 1824) (Veja artigo) |centro|semmoldura|120x120px | — Tem coloração prateada, boca terminal e sem dentes, alimentando-se da microflora e pequenos detritos. Também ocorre nos rios Doce e Jequitinhonha.
|Duopalatinus emarginatus (Valenciennes, 1840) — |centro|semmoldura|120x120px | mandi; mandiaçu; mandi-amarelo Espécie pouco preocupante. Apesar de muito apreciado, é ainda pouco estudada. Machos atingem 14 cm.Lundberg, J.G. i M.W. Littmann, 2003. Pimelodidae (Long-whiskered catfishes). p. 432-446. A: R.E. Reis, S.O. Kullander y C.J. Ferraris, Jr. (eds.) Checklist of the Freshwater Fishes of South and Central America. Porto Alegre: EDIPUCRS, Brasil.
|Eigenmannia microstoma (Reinhardt, 1852) Eigenmannia microstomus (Reinhardt, 1852) |centro|semmoldura|120x120px | sarapó; tuvira; peixe-espada; pestana É um pequeno peixe-elétrico, endêmico da bacia.
|Franciscodoras marmoratus (Reinhardt, 1874) Doras marmoratus (Lütken, 1874) |centro|semmoldura|120x120px | cumbaca; serrudo; gongó Única espécie do gênero. Endêmico da bacia.
|Galeocharax gulo (Cope, 1870) Charax goeldii (Fowler, 1913) Cynopotamus goeldii (Fowler, 1913) Cynopotamus gulo (Cope, 1870) Anacyrtus (Cynopotamus) knerii (Steindachner, 1879) |centro|semmoldura|120x120px | cacunda, peixe-cigarra, saicanga <small>Espécie bentopelágica e carnívora, comprimento máximo registrado de 18,8 cm.
|Geophagus brasiliensis (Quoy & Gaimard, 1824) Geophagus olfersi (Gosse, 1976); Geophagus tuberosus (Gosse, 1976); Acara gymnopoma (Günther, 1862); Acara minuta (Hensel, 1870); Chromys unimaculata (Castelnau, 1855) |centro|semmoldura|120x120px | cará (acará); acará-topete (-diadema); beré Bem difundido na América do Sul, do Brasil até o Paraguai, Uruguai e norte da Argentina, bastante popular no aquarismo.Mattos, J.L.O., Costa, W.J.E.M. & Santos, A.C.A. (2015): Geophagus diamantinensis, a new species of the G. brasiliensis species group from Chapada Diamantina, north-eastern Brazil (Cichlidae: Geophagini). Ichthyological Explorations of Freshwaters, 26 (3): 209-220.
|Gymnotus carapo (Lineu, 1758) — |centro|semmoldura|120x120px | carapó (sarapó, sarapó-tuvira); tira-faca; ituí-terçado (ituipinima); peixe-espada Possui sete subespécies, com ampla distribuição nas Américas, é um pequeno peixe elétrico. Craig, J.M., Crampton, W.G.R. & Albert, J.S. (2017): Revision of the polytypic electric fish Gymnotus carapo (Gymnotiformes, Teleostei), with descriptions of seven subspecies. Zootaxa, 4312 (3), S. 401–438
|Hasemania nana (Lütken, 1875) — |centro|semmoldura|120x120px | tetra Nome vulgar comum a várias espécies. Possui dimorfismo sexual: os machos possuem uma cor de cobre, enquanto as fêmeas são mais pálidas
|Hemigrammus brevis (Ellis, 1911) — |centro|semmoldura|120x120px | piaba Nome vulgar comum a várias espécies.Tem comprimento máximo de 3,6 centímetros.
|Hemigrammus gracilis (Lütken, 1875) Hyphessobrycon gracilis (Lütken, 1875); Tetragonopterus gracilis (Lütken, 1875) |centro|semmoldura|120x120px | piabinha De pequeno porte, os machos alcançam um máximo de 4,4 cm de comprimento.
|Hemigrammus marginatus (Ellis, 1911) — |centro|semmoldura|120x120px | piabinha
|Hemiodus gracilis (Günther, 1864) Hemiodopsis gracilis (Günther, 1864) |centro|semmoldura|120x120px | cruzeiro-do-sul