În urma cuceririi islamice din 639, Egiptul de Jos a fost condus la început de guvernatori care acționau în numele califilor Rashidun și apoi al califilor Omeiazi din Damasc, dar în 747, aceștia au fost înlăturați. Pe toată durata dominației islamice, Askar a fost numită capitală și a găzduit administrația conducătoare. Cucerirea a dus la crearea a două provincii separate, toate sub un singur conducător: Egiptul de Sus și Egiptul de Jos. Aceste două regiuni foarte distincte au fost guvernate de militari și au urmat cerințele transmise de guvernatorul Egiptului și impuse de șefii comunităților lor.

Egiptul a fost condus de mai multe dinastii de la începutul controlului islamic, în 639, până la începutul secolului al XVI-lea. Perioada omeiadă a durat din 658 până în 750. Perioada abbasidă, care a urmat, a fost mult mai concentrată pe taxe și pe centralizarea puterii. În 868, tulunizii, conduși de Ahmad ibn Tulun, au extins teritoriul Egiptului până în Levant. Acesta va domni până la moartea sa, în 884. După ani de tulburări sub succesorul lui Ahmad ibn Tulun, mulți cetățeni au fugit înapoi la abbasizi, iar în 904 aceștia aveau să recupereze puterea de la tulunizi. În 969, Egiptul a intrat sub controlul fatimizilor. Această dinastie va începe să se stingă după moartea ultimului lor conducător în 1171.

În 1174, Egiptul a intrat sub stăpânirea ayyubizilor, care au condus Egiptul de la Damasc, nu de la Cairo. Această dinastie a luptat împotriva statelor cruciate în timpul celei de-a cincea cruciade. Sultanul ayyubid Najm al-Din a recucerit Ierusalimul în 1244. El a introdus forțe mameluce în armata sa pentru a-i ține la distanță pe cruciați. Această decizie avea să fie una pe care a regretat-o. Ayyubizii au fost răsturnați de gărzile lor de corp, cunoscuți sub numele de mameluci, în 1252 și au domnit până în 1517, când Egiptul a devenit parte a Imperiului Otoman, în cadrul provinciei Egiptului.

Perioada islamică timpurie Cucerirea musulmană a Egiptului

În 639, o armată de aproximativ 4.000 de oameni a fost trimisă împotriva Egiptului de către cel de-al doilea calif, Umar, sub comanda lui Amr ibn al-As. Acestei armate i s-au alăturat alți 5.000 de oameni în 640 și au învins o armată bizantină în bătălia de la Heliopolis. Amr a pornit apoi în direcția Alexandriei, care i-a fost cedată printr-un tratat semnat la 8 noiembrie 641. Alexandria a fost recucerită pentru Imperiul Bizantin în 645, dar a fost recucerită de Amr în 646. În 654, o flotă de invazie trimisă de Constans al II-lea a fost respinsă. Din acel moment, bizantinii nu au mai depus niciun efort serios pentru a reintra în posesia țării.

Administrația Egiptului islamic timpuriu În urma primei capitulări din Alexandria, Amr a ales un nou loc pentru a-și stabili oamenii, în apropierea locației fortăreței bizantine Babilon. Noua așezare a primit numele de Fustat, după cortul lui Amr, care fusese amplasat acolo atunci când arabii au asediat fortăreața. Fustat a devenit rapid punctul central al Egiptului islamic și, cu excepția scurtei relocări la Helwan în timpul unei epidemii de ciumă din 689 și a perioadei 750-763, când sediul guvernatorului s-a mutat la Askar, a devenit capitala și reședința administrației. După cucerire, țara a fost inițial împărțită în două provincii, Egiptul de Sus (al-sa'id) și Egiptul de Jos cu Delta Nilului (asfal al-ard). Cu toate acestea, în 643/4, califul Usman a numit un singur guvernator (valiu) cu jurisdicție asupra întregului Egipt, cu reședința la Fustat. La rândul său, guvernatorul urma să numească adjuncți pentru Egiptul de Sus și Egiptul de Jos. Alexandria a rămas un district distinct, reflectând atât rolul său de scut al țării împotriva atacurilor bizantine, cât și rolul de bază navală majoră. Era considerată o fortăreață de frontieră (ribat) aflată sub conducerea unui guvernator militar având și o garnizoană puternică, un sfert din garnizoana provinciei servind acolo prin rotație semestrială. Alături de valiu, exista și comandantul poliției (ṣāḥib al-shurṭa), responsabil de securitatea internă și de comanda jundului (armatei).

Principalul pilon al dominației și controlului musulman timpuriu în țară a fost forța militară, sau jund, alcătuită din coloniști arabi. Aceștia au fost inițial bărbații care l-au urmat pe Amr și au participat la cucerire. Urmașii lui Amr proveneau în principal din triburile yamani (sudul Arabiei), mai degrabă decât din triburile arabe din nord (Qays), care erau foarte puțin reprezentate în provincie; aceștia au fost cei care au dominat conducerea țării în primele două secole de dominație musulmană. Inițial, aceștia erau în număr de 15.500, dar numărul lor a crescut prin emigrarea din deceniile următoare. Până în timpul califului Muawiya (r. 661-680), numărul bărbaților înregistrați pe registrele armatei și care aveau dreptul la o solda anuală a ajuns la 40.000. Invidioși pe privilegiile și statutul lor, care le dădeau dreptul la o parte din veniturile locale, membrii jundului au închis apoi practic registrul pentru noi înscrieri. Abia după pierderile din cea de-a doua Fitna registrele au fost actualizate și, ocazional, guvernatorii adăugau soldați în masă pe liste ca mijloc de a obține sprijin politic.

În schimbul unui tribut foarte mic de bani (0,5% din taxa Jizia pentru unii oameni liberi) și a hranei pentru trupe, locuitorii creștini ai Egiptului erau scutiți de serviciul militar și lăsați liberi în ceea ce privește practicarea religiei și administrarea afacerilor lor.

Convertirile copților la islam au fost inițial rare, iar vechiul sistem de impozitare a fost menținut pentru cea mai mare parte a primului secol islamic. Vechea împărțire a țării în districte (nome) a fost menținută, iar locuitorilor acestor districte li se adresau cererile direct de către guvernatorul Egiptului, în timp ce șeful comunității - în mod obișnuit un copt, dar în unele cazuri un egiptean musulman - era responsabil de respectarea cererii.

Perioada omeiadă În timpul marii schisme a islamului, califul Ali (r. 656-661) l-a numit pe Muhammad ibn Abi Bakr guvernator al Egiptului, dar Amr a condus o invazie în vara anului 658 care l-a învins pe Ibn Abi Bakr și a asigurat țara pentru omeiazi. Amr a ocupat apoi funcția de guvernator până la moartea sa în 664. Din 667-668 până în 682, provincia a fost guvernată de un alt partizan fervent pro-omeiad, Maslama ibn Mukhallad al-Ansari. În timpul celei de-a doua Fitna, Ibn al-Zubayr a obținut sprijinul kharijilor din Egipt și a trimis în provincie un guvernator al său, Abd al-Rahman ibn Utba al-Fihri. Regimul lui Zubayrid, susținut de kharijiți, a fost foarte nepopular în rândul arabilor locali, care au apelat la ajutorul califului omeiad Marwan I (r. 684-685). În decembrie 684, Marwan a invadat Egiptul și l-a recucerit cu o relativă ușurință. Acesta l-a instalat pe fiul său Abd al-Aziz ca guvernator. Bazându-se pe legăturile sale strânse cu jundul, Abd al-Aziz a condus țara timp de 20 de ani, bucurându-se de o largă autonomie și guvernând ca un vicerege de facto. Abd al-Aziz a supervizat, de asemenea, finalizarea cuceririi musulmane a Africii de Nord; el a fost cel care l-a numit pe Musa ibn Nusayr în funcția de guvernator al Ifriqiya. Abd al-Aziz a sperat să fie succedat de fiul său, dar când a murit, califul Abd al-Malik (685-695) și-a trimis propriul fiu, Abdallah, în funcția de guvernator, într-o mișcare de reafirmare a controlului și pentru a împiedica devenirea țării ca un domeniu ereditar.

Abd al-Malik ibn Rifa'a al-Fahmi, în 715, și succesorul său Ayyub ibn Sharhabil, în 717, au fost primii guvernatori aleși din cadrul jund, și nu din rândul membrilor familiei sau curții omeiade. Se pare că ambii au sporit presiunea asupra copților și au inițiat măsuri de islamizare. Resentimentele copților față de impozitare au dus la o revoltă în 725. În 727, pentru a întări reprezentarea arabă, a fost înființată o colonie de 3.000 de arabi lângă Bilbeis. Între timp, folosirea limbii arabe a câștigat constant teren, iar în 706 a fost transformată în limba oficială a guvernului. Araba egipteană, accentul arab modern al Egiptului, a început să se formeze. Alte revolte ale copților sunt consemnate pentru anii 739 și 750, ultimul an al dominației omeiade. În toate cazurile, revoltele sunt atribuite creșterii fiscalității.

Perioada abbasidă Perioada abbasidă a fost marcată de noi impozite, iar copții s-au revoltat din nou în al patrulea an de dominație abbasidă. La începutul secolului al IX-lea, practica de a conduce Egiptul prin intermediul unui guvernator a fost reluată sub conducerea lui Abdallah ibn Tahir, care a decis să locuiască la Bagdad, trimițând un adjunct în Egipt pentru a guverna în locul său. În 828 a izbucnit o altă revoltă egipteană, iar în 831 copții s-au alăturat musulmanilor autohtoni împotriva guvernului.

O schimbare majoră a avut loc în 834, când califul al-Mu'tasim a întrerupt practica plății jundului din veniturile locale, deoarece, în mod nominal, aceștia încă formau garnizoana provinciei. Al-Mu'tasim a întrerupt această practică, eliminând familiile arabe din registrele armatei și ordonând ca veniturile Egiptului să fie trimise guvernului central, care urma să plătească doar trupelor turcești staționate în provincie. Aceasta a fost o mișcare în direcția centralizării puterii în mâinile administrației centrale califale, dar a semnalat și declinul vechilor elite și trecerea puterii în mâinile oficialilor trimiși în provincie de curtea abbasidă, mai ales a soldaților turci favorizați de al-Mu'tasim. Cam în același timp, pentru prima dată, populația musulmană a început să-i depășească numeric pe creștinii copți, iar de-a lungul secolului al IX-lea districtele rurale au fost din ce în ce mai mult supuse atât arabizării, cât și islamizării. Rapiditatea acestui proces și afluxul de coloniști după descoperirea minelor de aur și smarald de la Assuan au făcut ca Egiptul de Sus, în special, să fie controlat doar superficial de către guvernatorul local. Mai mult, persistența luptelor interne și a tulburărilor din inima statului abbasid - așa-numita „Anarhie de la Samarra” - a dus la apariția unor mișcări revoluționare milenariste în provincie sub o serie de pretendenți alizi în anii 870. În parte, aceste mișcări au fost o expresie a nemulțumirii și a înstrăinării față de dominația imperială a Bagdadului; aceste sentimente se vor manifesta în sprijinul pe care mai mulți egipteni îl vor acorda pentru fatimizi în secolul al X-lea.

Perioada tulunidă

În 868, califul al-Mu'tazz (a domnit între 866-869) i-a încredințat conducerea Egiptului generalului turc Bakbak. La rândul său, Bakbak l-a trimis pe fiul său vitreg, Ahmad ibn Tulun, ca locotenent și guvernator rezident. Această numire a deschis o nouă eră în istoria Egiptului: până atunci o provincie pasivă a unui imperiu, sub conducerea lui Ibn Tulun va reapărea ca un centru politic independent. Ibn Tulun avea să folosească bogăția țării pentru a-și extinde dominația în Levant, după un model urmat de regimurile egiptene ulterioare, de la Ikhșidizi la sultanatul mameluc.