Историја Боливије укључује хиљаде година људског постојања. Језеро Титикака је дуго било важан центар културе и развоја. Народ Тиванаку је достигао напредни ниво цивилизације пре него што их је покорило Царство Инка које се брзо ширило у 15. и 16. веку. Саме Инке су убрзо потом покорили Шпанци предвођени Франциском Пизаром почетком 16. века. Регион који сада чини Боливију потпао је под вицекраљевство Перуа. Био је посебно познат као Горњи Перу, а 1776. је пребачен у новоосновано вицекраљевство Рио де ла Плата са главним градом у Буенос Ајресу.
Значајна, али несрећна побуна аутохтоних народа против шпанских власти догодила се крајем 18. века коју је предводио Тупак Амару II. Горњи Перу се придружио шпанско-америчким ратовима за независност почетком 19. века, а Боливијска република је основана 1825. године, која је добила име по Симону Боливару. Током 19. века, Боливија је више пута улазила у ратове против својих суседа, што је кулминирало разорним губитком у рату за Пацифик, што је довело до тога да је Боливија изгубила приступ мору, заједно са богатим пољима нитрата.
Боливија се суочила са даљим губицима у Чако рату против Парагваја 1930-их. Боливијска национална револуција је избила 1950-их и покушала је програм национализације ресурса и проширења права гласа. Земља је пала под војну власт и доживела низ државних удара све до транзиције на демократску владу 1980-их, која се још увек борила са економијом која се погоршавала. Боливијском политиком 21. века доминирао је Ево Моралес све док није поднео оставку после боливијске политичке кризе 2019.
Претколумбовски период Културе домородачких народа у Боливији развијале су се у алтиплану на високим надморским висинама са ниским нивоом кисеоника, лошим земљиштима и екстремним временским условима. Боље погодне низине биле су ретко насељене од стране ловачко-сакупљачких друштава, док је већи део претколумбијског становништва концентрисан у алтипланским долинама Кочабамба и Чукисака.
Кромпир је почео да се узгаја у близини језера Титикака између 8000. и 5000. године пре нове ере, киноа пре неких 3000–4000 година, а производња бакра почела је 2000. године пре нове ере. Ламе, алпаке и викуње биле су припитомљене и коришћене за превоз, храну и одећу.
Ајмара народ је стигао у овај регион пре отприлике 2000 година, да би се населио у подручју западне Боливије, јужног Перуа и северног Чилеа. Данашње Ајмаре себе сматрају за потомке припадника напредне цивилизације Тијаванако, која је после 600. године постала важна регионална сила. Према раним проценама, град се у свом максималном обиму простирао око 6,5 квадратних километара и имао је између 15.000 – 30.000 становника. На основу сателитских снимака, начињених 1996, три најважније долине Тијаванакоа процењено је да је тамо у једном тренутку живело између 285.000 и 1.482.000 људи.Kolata, Alan L. Valley of the Spirits: A Journey into the Lost Realm of the Aymara. John Willy and Sons, Hoboken, 1996.
Око 400. године нове ере, Тијаванако се од локалне силе преобразио у пљачкашку државу. Проширио је територију у Јунге и донео је своју културу и начин живота многобројним народима у Перуу, Боливији, и Чилеу. Ова цивилизација није имала искључиво насилан карактер. Приликом ширења своје територије коришћена је политичка мудрост, стваране су колоније, склапани су трговински споразуми (који су друге цивилизације учинили зависним).
Царство је настављало да се непрекидно шири. Вилијам Х. Исбел наглашава да је „Тијаванако извршио велике промене између 600. и 700. године којима је успостављен нови монументални стандард у градској архитектури и значајно повећан број становника“. Тијаванако је уместо уништавања наставио да интегрише припаднике других култура. Археолози су запазили да је грнчарија Тијаванака била присутна и код цивилизација које су биле део овог царства. Тијаванако је наставио да трговином између градова унутар царства још више учвршћује своју моћ.
Владајућа класа Тијаванака стекла је моћ захваљујући вишковима хране, прикупљенима из рубних области царства, које су контролисали и расподељивали целокупном становништву. Такође, ова класа људи је располагала стадима лама, која су представљала моћан вид контроле, јер су ламе биле веома важне за пренос робâ између градова и провинције. Ова крда су такође представљала класне разлике између обичних људи и елите. Контролом и манипулацијом вишкова хране, моћ владајуће класе расла је све до 950. године. У то доба долази до великих климатских промена, које су довеле до знатног смањења количине падавина у басену Титикаке, што је према процени археолога изазвало велику сушу.
Како су се количине падавина смањивале, велики број градова удаљених од језера Титикака давао је све мање хране владајућој класи. Са смањењем вишкова хране, и самим тим извором њихове моћи, власт елите почела је да опада. Главни град је постао једино место погодно за производњу хране захваљујући напредним пољопривредним техникама. Тијаванако је нестао око 1000. године зато што је пресушио његов главни извор моћи – производња хране. Вековима након тога област је била ненастањена. Између 1438. и 1527, Царство Инка, током свог последњег великог ширења, овладало је највећим делом данашње западне Боливије. Инке нису дуго задржале власт над овом облашћу, јер је нагло ширење слабило царство.
Шпански колонијални период
Шпанско освајање thumb|right|Ширење царства Инка (1438–1533.) Франсиско Пизаро, Дијего де Алмагро и Ернандо де Луке предводили су шпанска открића и освајање царства Инка. Они су први пут отпловили на југ 1524. године дуж обале Тихог океана од Панаме како би потврдили постојање легендарне земље злата под називом "Биру" (касније измењене у Перу). Због брзог ширења царство Инка је било унутрашње слабо, што је омогућило Шпанцима да га изузетно лако освоје. Након што је цар Инка Вајна Капак умро 1527. године, његови синови Уаскар и Атавалпа борили су се за престо. Иако је Атавалпа победио брата, он још није учврстио своју моћ кад су стигли конкистадори. Атавалпа није покушао да порази Пизара кад се искрцао на обалу 1532. године, јер је владар Инка био уверен да они који управљају планинама такође управљају обалом. Одбијање Атавалпе да прихвати трајно шпанско присуство и прелазак на хришћанство довело је до крваве битке код Кахамарке 16. новембра 1532. године. Пизаро је убио 12 Атавалпиних гардиста и заробио цара Инка у такозваној соби за откуп. Годину дана касније, престоница Куско је освојена и претворена је у ново шпанско насеље.
thumb|left|150px|Франсиско Пизаро. Упркос Пизаровој брзој победи, побуне Инка убрзо су почеле и периодично се настављале током читавог колонијалног периода. Године 1537. Манко Инка, кога су Шпанци поставили као марионетског цара, побунио се против нових владара и успоставио државу „нео-инка“. Ова држава наставила је да изазива шпанску власт чак и након што су Шпанци 1572. године угушили побуну и погубили Тупака Амаруа на јавном тргу у Куску 1572. године. Касније су побуне у боливијском планинском подручју обично организовали старешине заједнице а биле су локалних размера, осим велике побуне Тупака Амаруа II.
Током прве две деценије шпанске владавине, насељивање боливијске висоравни - данас познато као Горњи Перу (шпа. Alto Peru) или Краљевска аудијенција у Чаркасу — било је успорено грађанским ратом између снага Пизара и Дијега де Алмагра. Двојица конкистадора поделили су територију Инка, север је био под контролом Пизара, а југ под контролом Алмагра. Борбе су избиле 1537. године када је Алмагро заузео Куско након што је сузбио побуну Манко Инка. Пизаро је 1538. године поразио и погубио Алмагра, али је три године касније убијен у атентату од стране бивших присталица Алмагра. Пизаров брат Гонзало преузео је контролу над Горњим Перуом, али је убрзо ушао у побуну против шпанске круне. Тек погубљењем Гонзала Пизара 1548. године, шпанска круна је успела да врати свој ауторитет, а касније те године колонијалне власти основале су град Ла Паз, који је убрзо постао важан трговачки центар.
Освајање и колонијална владавина била су веома трауматична за староседилачке народе у Боливији. Домаће становништво је било лако подложно европским болестима и нагло се смањивало. Међутим, отпор домородачких народа боливијске низине успео је да одложи освајање и насељавање њихових земаља. Шпанци су основали Са Сијеру 1561. године, али Гран Се (колонијални назив за Чако регион) остао је дивља граница током читаве колонијалне владавине. У Чаку, индијанци, већином Источноболивијски Гварани, извршили неумољиве нападе на колонијална насеља и остали су независни од директне шпанске контроле.
Шпанска управа thumb|left|280px| Серо Рико, из ког су Шпанци ископавали већину свог сребра Током већег дела шпанског колонијалног периода, ова територија је била под контролом Вицекраљевства Перу. Локалну управу спроводила је Краљевска аудијенција у Чаркасу, смештена у Ла Плата де лос Чаркас (данашњи Сукре). Рудници сребра у Боливији били су највећи извор богатства Шпанске империје, а Потоси, место чувеног Серо Рикоа ("Богата планина") је вековима био највећи град западне хемисфере.
Богатство Горњег Перуа и његова удаљеност од Лиме убедили су власти да створе нову аудијенцију у граду Чаркасу (данашњи Сукре) 1558. године. Чаркас је постао посебно важан као административни и пољопривредни центар Потосија. Надлежност аудијенције, познате као Чаркас, у почетку је покривала радијус од 1,796 km² око Чаркаса, али је убрзо обухватила Санта Круз и територију која припада данашњем Парагвају, а до 1568. такође и цео округ Куско. Председник аудијенције вршио је судск, као и административну и извршну власт у региону, али само у рутинским стварима, а о важнијим одлукама одлучивано је у Лими. Оваква ситуација довела је до такмичарског става и угледа Горњег Перуа услед ојачаног економског значаја региона.
Дуговечност Шпанске империје у Јужној Америци може се делимично објаснити успешном администрацијом колонија. Шпанија је у почетку била превасходно заинтересована за контролу освојених независних мисли, али њен главни циљ убрзо је постао одржавање прилива прихода и прикупљање данака робе и радне снаге од индијанског становништва. У том циљу, Шпанија је убрзо створила разрађену бирократију у Новом свету, у којој су разне институције служиле као подршка једни другима, а локални званичници имали су велику аутономију. Шпанија је контролисала мање административне јединице у колонијама преко краљевских званичника, попут коректора, који је представљао краља у општинским властима које су бирали њихови грађани. Почетком 17. века у Горњем Перуу постојале су четири корегидоре.
Крајем 18. века Шпанија је предузела административну реформу да би повећала приход круне и елиминисала бројне злоупотребе. Створен је систем сталне дужности, дајући опсежна овлашћења високо квалификованим званичницима који су били директно одговорни краљу. Године 1784. Шпанија је основала четири намесничка округа у Горњем Перуу, која су покривала данашње департмане Ла Паз, Кочабамба, Потоси и Чаркас. Горњи Перу придружен је новом Вицекраљевству Рио де ла Плати са престоницом у Буенос Ајресу након његовог стварања 1776. године. Вицекраљу је у вршењу власти помагала аудијенција (веће), која је приликом одсутности вицекраља вршила и административну и извршну власт.
Хришћанизација Упоредо са конкистадорима дошло је и католичко свештенство које је започело преображавање домородачких народа у хришћанство. У Ла Плати је 1552. године основана прва бискупија у Горњем Перуу, а 1605. године основане су и у Ла Пазу и Санта Крузу. Језуити су 1623. године основали Краљевски и папски високи универзитет Сан Франциско Ксавијер Чаркаски, први универзитет у Горњем Перуу.