мини|десно|250px|Манастир Пећка патријаршија мини|десно|250px|Први српски цар Стефан Душан, покровитељ и иницијатор стварања Српске патријаршије (1346) мини|250px|д|Српски патријарх Јефрем (1375—1380) и (1389—1390) мини|250px|д|Српски православни манастир Раваница, задужбина српског кнеза Лазара (1371—1389) мини|250px|д|Српски патријарх Спиридон (1380—1389) мини|250px|д|Српски патријарх Данило III (1390—1396) мини|250px|д|Српски православни манастир Манасија (Ресава), задужбина српског деспота Стефана Лазаревића (1389—1427) мини|250px|д|Српски патријарх Макарије I (1557—1572) мини|250px|д|Српски патријарх Јован I (1592—1614) мини|250px|д|Просторни опсег обновљене Српске патријаршије током 16. и 17. века мини|250px|д|Српски патријарх Арсеније III мини|250px|д|Српски патријарх Арсеније IV
Историја Пећке патријаршије обухвата историју Српске патријаршије, односно Српске православне цркве у периоду од 1346. до 1766. године. Као помесна црква у рангу патријаршије имала је својство аутокефалности, а седиште јој је било у Пећком манастиру. Основни наслов црквеног поглавара је гласио: архиепископ пећки и патријарх српски. Период постојања Пећке патријаршије представља једну од најзначајнијих епоха у историји Српске православне цркве.
Историја Пећке патријаршије дели се на три периода:
Период првобитне Пећке патријаршије, од 1346. до 1463. године Период борбе за опстанак и обнову, од 1463. до 1557. године Период обновљене Пећке патријаршије, од 1557. до 1766. године
Стварање Пећке патријаршије (1346) Радом и утицајем Светог Саве и његових наследника на жичко-пећком престолу Српска православна црква у држави Немањића постала је врло важан чинилац, не само у религиозно-културном, него и у политичком животу српскога народа. Стога је сасвим природно, да је са јачањем политичке и економске моћи српске државе, упоредо растао и углед и снага Српске православне цркве. Када је краљ Душан, у напону своје политичке моћи, одлучио да се прогласи царем Срба и Грка, у исто време је и старешина православне цркве у његовој проширеној држави требало да добије наслов патријарха. Душана су на ту акцију покренули и нарочити политички разлози. Пре свега, по државо-правном схватању на Истоку, цар се није могао замислити без патријарха; осим тога, Душан се могао надати, да ће у освојеним грчким крајевима боље и лакше моћи да уравнотежи односе, ако као цар Срба и Грка буде у својој држави имао и патријарха, који ће, с формалне стране, достојно моћи заменити цариградског Васељенског патријарха у тим подручјима. За такав поступак имао је и канонску подлогу. По утврђеној пракси и канонским прописима, границе црквених подручја имале су се увек доводити у склад са државним границама. Према томе, цариградска патријаршија имала се ipso facto одрећи јурисдикције над епархијама које су отргнуте од Византије а припале су српској држави. Не знамо да ли је Душан освојивши грчке земље покушавао да у споразуму са Цариградском патријаршијом уреди црквене односе у њима, али је несумњиво, да цариградски патријарх, под влашћу Душановог политичког противника, није могао дати свој пристанак а још мање учествовати у подизању српске архиепископије на ниво патријаршије, кад је то ишло на штету државних и црквених интереса Византије. Стога је вероватније да Душан није ни предузимао кораке у томе правцу у Цариграду. За своје венчање на царство и за проглашење српске архиепископије патријаршијом он се обратио патријарху пријатељске бугарске царевине.
На државном сабору у Скопљу, на Цвијети 9/4. 1346, свечано је проглашен српским патријархом дотадашњи Пећки архиепископ, ранији логотет Душанов, Јоаникије II. На том сабору, осим цара и властеле из целе државе, присутни су били не само сви архиепископи, митрополити, епископи, игумани и други представници цркве из Пећке и Охридске архиепископије, него и из освојених подручја Цариградске патријаршије и Свете горе. Као гост присуствовао је сабору и бугарски трновски патријарх Симеон са својим епископима и другим вишим свештенством. Том приликом је решено, да неки угледни епископи у старим српским земљама, као скопски, призренски, зетски и рашки, добију наслов митрополита; скопски митрополит да се сматра првопрестолним, пошто је био у царевој престолници. Охридска архиепископија, која је сва ушла у састав српске царевине, остала је и даље аутокефална. Само је њен архиепископ морао признавати првенство части Пећком патријарху. Грчке епархије у новоосвојеним крајевима, које су раније потпадале под Цариградску патријаршију, подвргнуте су јурисдикцији Пећког патријарха, као и Св. Гора са својим привилегијама и имунитетима. Седам дана после проглашења патријаршије, на сам Васкрс 16. априла 1346, Бугарски патријарх Симеон, с новим Пећким патријархом Јанићијем II и Охридским архиепископом Николом, у присуству целога сабора, крунисао је Душана за цара Срба и Грка.
Реорганизација Ускоро се приступило реорганизовању цијеле српске цркве као патријаршије. Основане су нове епископије и потчињене новим митрополитима; тако је на пример основана нова епископија у манастиру Леснову и подвргнута је скопском митрополиту. Постављени су нови епископи на новоосноване или упражњене катедре по српским и грчким крајевима; обнављани су стари и подизани нови манастири.
Сам цар Душан провео је цијелу зиму 1347/48. на Св. Гори обдаривши манастире обилно, не само новцем и драгоцјеним предметима, него и земљама и селима по разним крајевима своје државе. Затим је и Душанов Законик, који је донесен и допуњен на саборима у Скопљу 1349. и у Серу 1354, донио врло важна наређења и за устројство Пећке патријаршије. Према Законику и другим изворима, Пећког патријарха бирали су државни сабори, састављени од црквене и свјетовне властеле, у споразуму с владаоцем, а епископе је постављао Архијерејски сабор или Синод. Изабрани патријарх, као и ранији архиепископи, постављан је на пријестол Св. Саве и клицало му се: Многаја љета. Ословљаван је са Твоја Светост, а називан је и преосвећеним. Титула му је била: по милости Божјој архиепископ и патријарх свих српских и поморских земаља (неко вријеме, до смрти патријарха Саве IV, 1375. и патријарх Срба и Грка). Патријарх је имао свога логотета, канцелара, који је писао патријаршијске акте, потписивао их и печатио. Сами патријарси, као и охридски архиепископи, потписивали су се зеленим мастилом. Патријархов двор, као и царски, имао је нарочито азилно право. Патријархов углед био је врло велик. Владалац је свагда у његовом присуству полагао заклетву и звао га да лично учествује у свим важнијим државним пословима. Византски цар Јован Кантакузин забиљежио је, да је Душан гологлав излазио пред врховног старјешину своје цркве, прихватао коња под њим и помагао му да сјаше.
Пећка Патријаршија називана је још и великом црквом, а имала је, као и све њене митрополије и епископије, своја нарочита властелинства, села, људе и земље. Српска црква имала је тада, као и на Западу, потпуно феудалан карактер. Многи патријарси, архиепископи, епископи и игумани угледних манастира били су чланови владалачке куће или из реда властеле. Црквена имања била су заштићена нарочитим имунитетом и привилегијама. Тек од времена турских провала почели су владаоци да оптерећују црквена имања извјесним даћама.
По документацији Глас.срп.уч. др.т. 8 и 9 беогр. 1866 и 1867 год. у то време постојале су епископије:
Дупничка са столицом епископа у Дупници Ихтиманска Самоковска у Самокову у Скопљу у Врању у Кривој Паланци у Тетову у Нишу у Хисару или Крушевцу у Радомиру у Ћустендилу или Костендилу у Штипу у Радовићу у Новом Пазару у Босни Сарајеву у Мостару – Ерцеговини у Травнику у Хисарџику у Плијевљу – Таслиџа у Приједору у Крајини у Зворнику у Ужицу у Дебарци у Мецову у дан. Костурској нахији у Клисури у Авлонској нахији у Локвену прилепске нахије у Бељови међу Воденом и Јениџе у Македонији у Еласони у Тесалији у Мајдану у босанској краини у Смедереву у Чинару у елбасанској нахији у Лешу у Ладеднику, у топличком манастиру битољске нахије у Призрену у Пироту у Кратову у Дубровнику у Белградчику (Белоградчик) у Враци у Берковцу у Србици или Чибри дан. видинске нахије у Патију у Македонији у Лариси у Тесалији у Разлогу и још 8 епископија, за које се не знају тачно седиште и границе.
Као један од најјачих власника земље, црква је много допринијела рационалној обради земље и економском прогресу. Она је крчила шуме, подизала путеве и грађевине, црквене и профане и насељавала пусте крајеве колонистима. Али то велико богатство рђаво је утицало на живот црквених представника, а нарочито на виши клер који је почео да живи као и свјетовна властела. Стога се догађало да су неки заузимали висока црквена звања не само подмићивањем него и насиљем. Епископи су, осим прихода од свог пријестоног манастира и властеоских добара, имали нарочити духовни доходак од народа и свештенства у својој епархији. Тај се данак звао димница и врховина. Приходе су купили нарочити епископски изасланици звани егзарси. Они су уједно били и надзорници цркава, парохијског свештенства и религиозно-моралног народног живота. Епископије су испрва дијељене само на инорије или парохије, касније и на протопопијате. Парохијски свештеници називани су поповима. Њих су постављали обласни епископи, у споразуму с властелином мјеста. Сваки поп је добивао по три законите њиве за своје издржавање, али се многи имали и своје баштине. Осим богослужења бавили су се највише обрађивањем земље. За обављање црквених функција добивали су од народа — бир, принос у природним плодовима. Угледна и богата српска и грчка властела, нарочито у јужним крајевима имали су у својим дворовима и домаће цркве, при којима је обично постављан нарочити калуђер за обављање богослужења.
Црквени суд Црквени суд је био од великог угледа. Он је судио у грађанским и кривичним пословима свим људима, који су припадали црквеним властелинствима, а тих је било онда много. Духовни суд с исповиједањем вршили су нарочити исповједници, звани духовници, по одређеним окрузима. Они су испрва били из реда најугледнијих парохијских свештеника и протопопа, а касније и калуђери. Да би се затрле многе празновјерице из многобожачких времена у широким народним масама, осим црквеног законодавства и Душанов Законик је устао свом строгошћу средњовековног законодавства против празновјерица и враџбина, ископавања и спаљивања мртваца, вукодлака итд.
Проглашење Пећке архиепископије за патријаршију није у први мах изазвало протест Цариградске патријаршије, иако су тиме њени интереси били знатно окрњени. Тек послије неколико година (1350—1353), несумњиво под утицајем политичких интрига византског цара узурпатора Ивана Кантакузена, послије нових Душанових освајања на штету Византије и неуспјелих Кантакузенових покушаја да поврати изгубљене крајеве, цариградски патријарх Калист I је одлучио да изопшти цара Душана, патријарха Јанићија II и остале српске архијереје, правдајући одлуку тиме, што је тобоже скопски сабор ненадлежно установио српско царство и патријаршију. Иако је очигледно, да је одлука о изопштењу имала политички циљ, она је начинила несумњиву штету, а ни сам Душан није могао остати потпуно равнодушан према њој. Стога је он покушао да рашчисти тај спор и да измири Пећку патријаршију с Цариградском патријаршијом. Али други крупнији и важнији државни послови омели су га да своју намјеру изведе до краја.
У међувремену је 3/9. 1354. године умро први српски патријарх Јанићије II на путу за Пећ из логора Душанова код Жиче. На пријестолу га је замијенио патријарх Сава IV, који је изабран на сабору у Серу, дакле у бившој грчкој области, крајем 1354. године. Сава је надживио цареве Душана (— 20/12. 1355) и Уроша (— 2/12. 1371).
Патријарх Сава