Конфлікт між Філаретом та Епіфанієм — конфлікт, який виник через модель управління, діаспору, назву та статут в Православній церкві України під час Надання автокефалії Православній церкві України та продовжився після Об'єднавчого собору й отримання Томосу про автокефалію поміж почесним патріархом Філаретом, який втрачає у процесі особисту головну владу та митрополитом Епіфанієм та більшістю архієреїв з Вселенським патріархатом, які обстоюють іншу модель управління церквою.
Історія Перші розбіжності між Почесним Патріархом Філаретом і Митрополитом Епіфанієм почались одразу після Об'єднавчого собору а пізніше розвинулись і після отримання томосу про автокефалію. Філарет вважав, що не можна поминати предстоятеля РПЦ Кирила у диптиху помісних церков. Натомість Епіфаній відповідно до настанов Вселенського патріарха під час першої служби поминав Кирила разом з предстоятелями інших помісних церков. «Після Об'єднавчого собору і після отримання Томосу у нас відбулися певні розбіжності у майбутньому баченні розбудови єдиної помісної Православної церкви, щодо моделі керування церквою, яка об'єдналася», — повідомив митрополит Епіфаній.
У першій половині травня 2019 року Філарет розіслав архієреям колишньої УПЦ КП запрошення на 13-14 травня до Києва на «урочисте молитовне спілкування» в пам'ять про священномученика Макарія на бланках УПЦ КП. А вже 9 травня сам Почесний Патріарх заявив, що Українська православна церква Київського патріархату досі існує. Незважаючи на те, що він сам поставив відповідний підпис на Об'єднавчому соборі 15 грудня 2018 року. Натомість, Міністерство культури України ввечері 10 травня 2019 року, спростувало заяву про нібито відновлення діяльності в Україні такого релігійного об'єднання, як Українська православна церква Київського патріархату. Зазначається, що релігійне об'єднання УПЦ КП і релігійна організація «Київська патріархія УПЦ» після створення і реєстрації статуту релігійної організації «Київська митрополія ПЦУ» фактично та юридично припинили свою діяльність.
12 травня Філарет в інтерв'ю DW заявив, що митрополит Київський Епіфаній рідко з ним спілкується. За словами Філарета, у ПЦУ може статися розкол. Натомість Івано-Франківсько-Галицька, Чернівецька, Одеська, Херсонська, Тернопільська, Тернопільсько-Бучацька, Харківсько-Полтавська, Черкаська та Хмельницька єпархії ПЦУ виступили з відозвами на підтримку Митрополита Епіфанія (Думенка).
Голова департаменту у справах національностей і релігій Міністерства культури Андрій Юраш розказав, що патріарх Варфоломій у бесіді з ним 6 травня прямо сказав, що «до тих, хто буде чинити розкол, будуть застосовані засоби церковного покарання».
14 травня на запрошення почесного Патріарха Філарета вшанування священномученика Макарія та «дружньої бесіди» приїхали тільки чотири єпископи. З понад 40 єрархів колишньої УПЦ КП на Богослужінні журналісти помітили архиєпископа Сімферопольського і Кримського Климента, а також групу єрархів Київського Патріархату з Росії: митрополит Білгородський і Обоянський Іоасаф (Шибаєв), його вікарій Петро (Москальов) та єпископ Адріан (Старина). Архиєпископ Климент (Кущ) приїхав на святкування із поваги до Філарета. Під час літургії Філарет помянув у диптиху предстоятелів помісних православних церков митрополита Київського і Всієї України Епіфанія. Це означає, що Філарет визнає предстоятельство Епіфанія. Але офіційний сайт УПЦ КП опублікував звернення Філарета, в якому він закликає предстоятеля ПЦУ митрополита Епіфанія «нічого не робити всередині церкви» без його згоди.
На прес-конференції 15 травня Філарет звинуватив президента Порошенка та митрополита Епіфанія у невиконанні своїх обіцянок, які вони за його словами дали йому напередодні проведення Об'єднавчого Собору 15 грудня в Києві. Деякі ЗМІ вважають що до підбурення такої активності Філарета причетний Ігор Коломойський.
Релігієзнавець Юрій Чорноморець вважає, що лише через постать Патріарха Філарета, який розпочав новий виток конфлікту за владу з новообраним митрополитом Епіфінієм в травні 2019, у Об'єднавчому Соборі 15 грудня 2018 року взяло участь всього два єрархи Московського Патріархату. Зокрема, зазначається що подібна поведінка й пов'язані з цим проблеми тривають від початку перемовин про об'єднання з 1999 року.
16 травня Православна церква України офіційно підтвердила ліквідацію УПЦ КП на Об'єднавчому соборі 15 грудня 2018 року, опублікувавши відповідну постанову за підписом патріарха Філарета.
Доктор філософських наук, релігієзнавець Олександр Саган, аналізуючи конфлікт Філарета та Епіфанія, висловив думку, що стратегія подальшого розвитку ПЦУ уже визначена. Йдеться фактично про конфлікт двох моделей розвитку православ'я в Україні: авторитарна та соборноправна.
23 травня почесний патріарх Православної церкви України, колишній предстоятель УПЦ КП Філарет заявив, що не виконуватиме умов положень томосу щодо переходу закордонних парафій колишньої УПЦ Київського патріархату до складу Вселенського патріархату, відмовляється від заборони варити миро і відмовляється вирішувати конфліктні ситуації внутрішнього характеру виключно за погодженням із Фанаром.
Протягом перших п'яти місяців митрополит Епіфаній проводив достатньо самостійну політику. Про певні непорозуміння між Філаретом та Епіфанієм деякі ЗМІ почали писати майже відразу після надання Томосу про автокефалію. Вже у травні 2019 року, після президентських виборів конфлікт між Почесним Патріархом Філаретом та Митрополитом Епіфанієм виплеснувся у публічну площину. 9 травня Філарет заявив, що УПЦ Київського Патріархату досі існує, хоча у Міністерстві культурі 10 травня підтвердили, що Українська Православна Церква Київського Патріархату припинила своє існування, коли увійшла до Православної церкви України. Також Філарет продовжував називати себе патріархом Київським і всієї Руси й навіть роздавав нагороди та розсилав документи на бланках УПЦ КП. 14 травня Почесний Патріарх Філарет запросив у Володимирський собор архієреїв на традиційне для УПЦ КП молитовне святкування на часть священномученика Макарія. Однак, до нього приїхали лише 4 єпископи з понад 60-ти. У той же час, на літургії Філарет пам'янув в диптиху предстоятелів помісних православних церков митрополита Київського і всієї України Епіфанія.
Філарет стверджує, що при переговорах про створення Єдиної помісної православної церкви президент Петро Порошенко вмовив його зняти свою кандидатуру, але пообіцяв негласне керівництво. За його словами, на архієрейському соборі було вирішено, що він буде керувати ПЦУ виключно всередині, а Епіфаній представлятиме її на міжнародній арені. Філарет розповів, що при підготовці та підписанні Томосу було укладено усну угоду, яку не можна порушувати, однак Епіфаній керує сам і нібито вирішив відправити його у відставку.
«Ми шануємо Святійшого Патріарха Філарета, але не підтримуємо думок, які він висловив останніми днями… Всі повинні чітко зрозуміти, що до початку Об'єднавчого Собору такі структури як Українська Православна Церква Київського Патріархату та Українська Автокефальна Православна Церква були розпущені», — сказав митрополит Епіфаній 14 травня 2019 р. в Маріуполі.
24 травня Філарет заявив, що не підтримує частину положень Томосу, зокрема про те, що українська церква має керувати тільки православними українцями, які знаходяться на території України. Він також не погоджується з іншим пунктом Томосу — щодо мира. На його думку, «якщо ми миро повинні отримувати з Константинополя, зі Стамбула, то значить, ми залежні». Третім суперечливим пунктом Томосу, за його словами, є те, що якщо виникають конфліктні ситуації в ПЦУ, то їх вирішує Константинопольський патріархат. Водночас Філарет заперечував виникнення нового розколу у церкві. «Розколу немає, тільки різний підхід. Одні хочуть зберегти Київський патріархат, а інші хочуть знищити його. У нас не розкол. Є розбіжності у питаннях будівництва Української православної церкви», — підсумував Почесний Патріарх.
Того ж дня Православна церква України на засіданні Синоду висловила «повну підтримку Предстоятелю, Блаженнішому Епіфаную, Митрополиту Київському та всієї України». «Синодом було засвідчено, що у своїй житті та діяльності Помісна Українаська Православна Церква (Православна Церква України) керується Священним Писанням та Переданням, канонами Православної Церкви, власним Статутом, ухваленим Обєднавчим Собором 15 грудня 2018 року та відповідно зареєстрованим державою, Патріаршим та Синодальним Томосом про автокефалію від 6 січня 2019 року, рішеннями власних статутних органів», — йдеться у тексті.
Після засідання Синоду Філарет продовжував критикувати Епіфанія та запідозрив його у тому, що той піддався впливу «антиукраїнських, московських сил». Представник Константинополя Еммануїл відповів, що «всі звинувачення про те, що предстоятеля Епіфанія оточують якісь проросійські сили — це міф». Але вже зранку, 25 травня Філарет відвідав Михайлівський монастир, де відбулась літургія на честь святителя Епіфанія. На цю подію він не одягнув патріарший куколь. У присутності ієрархів церкви, а також представника Константинополя Філарет привітав Епіфанія і побажав йому Божої допомоги. Філарет також відзначив важливість збереження єдності та подякував Вселенському патріарху Варфоломію за допомогу у створенні помісної церкви.
Патріарх Філарет розкритикував предстоятеля Православної церкви України Епіфанія у порушенні православної традиції і канонів через те, що митрополит прийняв під свою опіку ректора КПБА — священника ПЦУ, проти якого раніше ввів санкції Філарет. На думку Філарета, це демонструє те, що Епіфаній починає своє служіння з порушення архиєрейської присяги і церковної православної традиції — цим він «дає поганий приклад для архиєреїв церкви». Також Філарет каже що, рішення Епіфанія може посилити розкол церкви: «Такі дії не тільки не приведуть до єдності нашої Церкви і всього українського православ'я, а до руйнації того, що привело до отримання Томосу про автокефалію і Вашого обрання на посаду Предстоятеля»
29 травня Епіфаній підписав указ, у якому документи УПЦ КП після 30 січня 2019 р. визнаються недійсними і не підлягають виконанню в ПЦУ. Цим же указом Епіфаній прийняв у своє особисте підпорядкування парафію Покрова Пресвятої Богородиці в Солом'янському районі Києва, настоятелем якого є протоієрей О. Трофимлюк. Днем раніше Філарет видав указ від імені патріарха Київського і всієї Руси-України про заборону служити в храмі протоієрею Трофимлюку, який є ректором Київської православної богословської академії та соратником Епіфанія.
Наприкінці травня 2019 Константинопольський Патріарх Варфоломій заявив, що ніякого Київського Патріархату не існує і ніколи не існувало: «Що стосується Філарета, то його відновили до єпископської гідності як колишнього Митрополита Київського. Так званий „Патріархат Київський“ не існує і ніколи не існував». При цьому Патріарх наголосив на своїй підтримці України та Православної Церкви України (ПЦУ).
Спроба зібрати помісний собор 1 червня 2019 року єпископ ПЦУ Адріан (Кулик) повідомив, що на 3 червня почесний патріарх Філарет скликає всіх київських священників до себе. Як розповідають йому священники, начебто Філарет буде вимагати від них присягнути на вірність Київському патріархату. При цьому він зазначає, що храми в столиці тільки формально знаходяться під керівництвом Філарета.
3 червня почесний патріарх Філарет на зустрічі із київськими священками озвучив намір зібрати Помісний Собор та просив їх не поспішати з перереєстрацією Статутів у ПЦУ. Також він просив священників не коментувати ЗМІ цю зустріч. За даними BBC, на зустріч до владики Філарета прийшли майже всі настоятелі, за винятком двох чи трьох.
4 червня 2019 Православна церква України опублікувала фрагмент відеозапису собору від 15 грудня 2018 року, на якому зафіксована ліквідація Української православної церкви Київського патріархату.