Змагання в парному розряді серед жінок проходили в рамках тенісного турніру WTA 3-ї категорії Відкритий чемпіонат Японії з тенісу 1999, який відбувся у двадцять п'яте в Токіо (Японія). Наоко Кадзімута і Міягі Нана були чинними чемпіонками, але того року не брали участі.
Коріна Мораріу і Кімберлі По виграли титул, перемігши у фіналі пару Кетрін Берклей і Керрі-Енн Г'юз з рахунком 6–3, 6–2.
Сіяні пари
Сітка
Фінальна частина
Посилання