W kolejnych sezonach Thoma prezentował słabszą formę. Trzecie miejsce w Murau, wywalczone 9 stycznia 1994, było jego pierwszym podium od zakończenia sezonu 1990/1991. W międzyczasie wziął udział w igrzyskach olimpijskich w Albertville w 1992 i mistrzostwach świata w Falun w 1993, jednak na obu tych imprezach zajmował odległe miejsca. Miesiąc po zajęciu trzeciego miejsca w Murau Thoma wystartował na igrzyskach olimpijskich w Lillehammer. Po pierwszej serii olimpijskiego konkursu na normalnej skoczni zajmował siódme miejsce dzięki skokowi na 98,5 m i tracił 13 punktów do lidera – Espena Bredesena – oraz 7 punktów do zajmującego trzecie miejsce Noriakiego Kasai. Odległość 102,5 m uzyskana przez Niemca w drugiej kolejce pozwoliła mu awansować na trzecie miejsce, za Bredesenem i Lassem Ottesenem. W walce o brązowy medal Thoma pokonał swego rodaka, Jensa Weißfloga, o zaledwie pół punktu. W konkursie na dużej skoczni zajął piętnaste miejsce. W rywalizacji drużynowej wraz z Hansjörgiem Jäkle, Christofem Duffnerem i Weißflogiem zdobył złoty medal. W klasyfikacji generalnej sezonu 1993/1994 zajął 11. miejsce.