W sezonie 1994/1995 indywidualnie dwukrotnie stawał na trzecim stopniu zawodów Pucharu Świata. Te wyniki przełożyły się na odbywające się w marcu 1995 mistrzostwa świata w Thunder Bay, gdzie był dwunasty na normalnej skoczni, a na dużym obiekcie zajął 33. miejsce. Mimo to w konkursie drużynowym razem z Weißflogiem, Jäklem i Gerdem Siegmundem wywalczył srebrny medal. Złoty medal zdobyli Finowie, do których Niemcy stracili zaledwie 6,5 punktu.
Kolejne sukcesy przyszły w sezonie 1996/1997. Thoma wygrał pierwsze zawody tego sezonu – 30 listopada 1996 w Lillehammer. Wygrał także w Oberstdorfie i Bischofshofen, zaś w Ga-Pa był ósmy, a w Innsbrucku dziewiąty, co wystarczyło do zajęcia trzeciego miejsca w klasyfikacji końcowej 45. Turnieju Czterech Skoczni za Primožem Peterką i Andreasem Goldbergerem. Podczas mistrzostw świata w Trondheim w 1997 zdobył srebrny medal w konkursie indywidualnym na dużej skoczni – wyprzedził go tylko Masahiko Harada, natomiast trzecie miejsce z wyraźną stratą zajął Sylvain Freiholz. Na normalnej skoczni zajął 22. miejsce, jednak w konkursie drużynowym wraz z Jäklem, Duffnerem i Martinem Schmittem zdobył kolejny medal, tym razem brązowy.