Mendieta służył również w Dolinie Toluki, gdzie zetknął się z ludnością Matlatzinca. Jego mistrzem był Toribio de Benavente zwany Motolinia, zakonnik obeznany w kulturze i języku ludności Nahua. W obydwu tych miejscach Mendieta nie tylko nauczał wiary katolickiej, ale pisał listy do m.in. papieża i cesarza, gdzie mnich zwracał uwagę na np. wykorzystywanie Indian przez hiszpańskich posiadaczy ziemskich. Od 1562 r. pełnił rolę franciszkańskiego kustosza klasztoru w Toluce, gdzie nawracał na podstawie kodeksów (rdzennych dokumentów zapisywanych za pomocą logogramów) i przy pomocy tłumaczy w języku matlatzinca. W listach do Filipa II oskarżał Real Audiencia (królewski sąd pełniący też rolę rządu w Nowej Hiszpanii) o złe rządzenie, bronił zaś swych współbraci i wicekróla. W 1564 był asystentem głównego prowincjała Puebla de Los Angeles. Mendieta objeżdżał różne regiony Nowej Hiszpanii i poznał na własnej skórze sytuację ludności autochtonicznej w różnych miejscach. Równocześnie kontynuował pisanie listów, w tym do króla, gdzie proponował rozwiązanie różnych bolączek dotykających wicekrólestwo. Od 1569 r. był zaś sekretarzem prowincjała Miguela de NavarroA. Larios, dz. cyt., s. 207-210..