Podróż do Hiszpanii i powstanie Historii Na prośbę cenionego prawnik Juana de Ovando, Mendieta sporządził w drugiej połowie lat 60. XVI w. memoriał odpowiadający na pytania, jakie przygotował Ovando. Mendieta w tym memoriale raz jeszcze wyraził swój sprzeciw dla wyzysku Indian przez nadmierne daniny. Proponował rozdzielenie Indian od białych osadników, gdyż pragnął uchronić autochtonów od wyzysku i złego zachowania Hiszpanów wobec nich. Wyruszył do Hiszpanii w 1570 r. i przekazał zapisany memoriał dla Ovando, wręczył mu także listy do Filipa II, informujące o nadużyciach osadników wobec Indian. Chwilowo Mendieta zapragnął zostać w rodzinnej Vitorii, lecz uświadomił sobie, że pozostawieni w Meksyku mnisi mogą stracić zapał bez jego osoby. Zakonnik postanowił wrócić do Ameryki, a jeszcze w Hiszpanii zaczął pracować nad dziełem, którego powstanie zlecił mu nowy generał zakonu franciszkanów, Cristobal de Cheffontaines. Historia eclesiástica indiana ("Kościelna historia indiańska") powstać miała jako kronika czynów franciszkanów, wzorowana na dziele brata Marcosa de Lisboa, Chrónicas de la orden de los frailes menoresL. González 1996, Jerónimo de Mendieta: Vida, pasión y mensaje de un indigenista apocalíptico, Zamora, s. 31-35..