W 1882 roku został mianowany sekretarzem (tr. kâtip) w sekretariacie języka francuskiego osmańskiego imperialnego muzeum (tr. Müze-i Hümayun) i zaprzyjaźnił się z wicedyrektorem muzeum Halilem Edhemem Eldemem (1861–1938). Nominacja ta nastąpiła najprawdopodobniej za sprawą znajomości ojca Theodore’a, m.in. z artystą i archeologiem Osmanem Hamdim Beyem (1842–1910). Ojciec Theodore’a był zapalonym kolekcjonerem monet i przewodniczył muzealnemu komitetowi ds. numizmatyki.
Pracując dla muzeum Theodore Makridi zainteresował się archeologią i zaczął praktykować u jednego z muzealnych archeologów Baltazziego, pomagając mu przy katalogowaniu zbiorów. Wkrótce zaczął pełnić funkcję przedstawiciela muzeum podczas bardziej znaczących zagranicznych wypraw archeologicznych na terenie imperium. Jako przedstawiciel muzeum opiekował się wyprawami pod względem logistycznym i pilnował, by zgodnie z prawem, część odnajdywanych artefaktów była przesyłana do muzeum. Towarzyszył m.in. austriackiemu archeologowi Otto Benndorfowi (1838–1907) podczas prac w Efezie (1897–1898, 1902–1903, 1905–1906), niemieckim ekspedycjom w Priene i Milecie, wyprawie niemieckiego archeologa Otto Puchsteina (1856–1911) do Baalbeku i Palmyry (1900–1902) oraz do Sydonu (1902). W 1902 roku Osman Hamdi Bey powierzył mu kierownictwo prac wykopaliskowych w Sydonie.