Projekt architektoniczny nawiązuje do tradycji warszawskiego Kamionka, wykorzystując materiały takie jak szara cegła, której układ przypomina historyczne zdobienia gmachu głównego zakładu Wedla przy ul. Zamoyskiego, zbudowanego w latach 1927–1930. Dodatkowo, okna w budynku są umieszczone w kratownicy elewacji, skierowane na Jeziorko Kamionowskie, co dodatkowo integruje obiekt z lokalnym krajobrazem. Charakterystyczne jest także wpisanie nieistniejących już silosów w nową bryłę i część muzealną Fabryki. Projekt budynku Muzeum Fabryki Czekolady E.Wedel uwzględnia również rozwiązania związane z ochroną środowiska. Materiały użyte w budowie oraz technologie zastosowane w części produkcyjnej pozwalają na redukcję emisji gazów cieplarnianych oraz zmniejszenie zużycia energii. Współcześnie wykorzystane fragmenty konstrukcji dawnych silosów, są nie tylko świadectwem historii firmy, ale również wkładem w ograniczenie śladu węglowego całej inwestycji.
Wystawa stała Ekspozycja muzealna rozmieszczona jest na czterech poziomach. Na każdym z nich znajduje się ekspozycja obrazująca inny etap procesu produkcji czekolady – od ziarna kakaowca uprawianego w Ghanie po projektowanie opakowań. Wyróżnikiem placówki jest to, że odwiedzający mogą dotykać, smakować i wąchać eksponaty.