Następnie, w okresie prywatyzacji w latach 90., ulokowano w nim nowe maszyny i kontynuowano jego użytkowanie do 2008 roku.
Obecnie Muzeum Fabryka Czekolady E.Wedel składa się z dwóch głównych części architektonicznych, które łączą funkcjonalność muzealną z przestrzenią produkcyjną. Budynek, o elewacji przypominającej kostki czekolady, zajmuje powierzchnię ponad 8 tysięcy m². Składa się z 6 kondygnacji nadziemnych oraz jednej podziemnej, z których każda pełni określoną rolę w funkcjonowaniu fabryki. Główne wejście znajduje się przy alei Emila Wedla 5, natomiast z tarasu na 6. piętrze rozciąga się widok na panoramę Warszawy, Park Skaryszewski i Stadion Narodowy.
Budynek pełni funkcje wystawiennicze oraz produkcyjne – przeniesiono do niego linie produkcyjne niektórych produktów firmy Wedel, a także laboratorium.