Gdy generał Żukow poinformował Stalina o zeznaniach Liskowa, dyktator kazał go rozstrzelać za sianie dezinformacji; do wykonania wyroku nie doszło, gdyż w momencie rozpoczęcia niemieckiej inwazji przesłuchanie Liskowa jeszcze trwało.
Po wybuchu wielkiej wojny ojczyźnianej Liskow brał udział w sowieckiej kampanii propagandowej, jego historia była publikowana w gazetach i ulotkach. Uczestniczył w podróżach propagandowych po ZSRR. Został członkiem Kominternu, ale popadł w konflikt z jego przywódcami (Dimitrowem, Manuilskim, Togliattim), oskarżając ich o zdradę. Znana jest krytyczna notatka Liskowa zatytułowana „Co robi Komintern?”, w której potępił radziecko-niemieckie porozumienia z 1939 roku. We wrześniu 1941 roku Dimitrow powołał komisję pod przewodnictwem Ulbrichta w celu zbadania działalności Liskowa. Wyniki prac komisji zostały przesłane do NKWD 26 września. W październiku Liskow wraz z innymi członkami Kominternu został ewakuowany do Ufy. 23 grudnia Dimitrow ponownie zwrócił się do kierownictwa NKWD, oskarżając Liskowa o faszyzm i antysemityzm.