15 stycznia 1942 roku Liskow został aresztowany „za rozpowszechnianie oszczerczych fałszerstw przeciwko przywódcom Kominternu”. Podczas śledztwa „wykazywał oznaki zaburzeń psychicznych” i został następnie wysłany do Centralnego Instytutu Psychiatrii Sądowej. 15 lipca śledztwo przeciwko Liskowowi zostało umorzone; 29 lipca 1942 roku został zwolniony i wysłany do Nowosybirska. Według informacji z archiwów baszkirskiej UFSB, Liskow „zniknął bez śladu” z Nowosybirska pod koniec 1943 lub na początku 1944 roku. Jego dalszy los jest nieznany.
Rodzina Ojciec Alfreda Liskowa zginął na froncie na początku I wojny światowej. Jego matka i siostry oraz była żona i 11-letni syn Lothar pozostali w Niemczech.
W Niemczech początkowo przypuszczano, że Liskow zginął podczas przeprawy przez Bug. Jednak w lipcu 1941 roku w pobliżu zestrzelonego samolotu radzieckiego znaleziono ulotki ze zdjęciem Liskowa i apelem w jego imieniu o poddawanie się Armii Czerwonej przez niemieckich żołnierzy. Przeciwko dezerterowi wszczęto postępowanie karne, a jego krewni i znajomi zostali przesłuchani.