W kwietniu 1998 roku dostarczono belgijskiej Sabenie ostatni zamówiony samolot pasażerski, a 3 czerwca tego samego roku Boeing podjął decyzję o zaprzestaniu dalszej produkcji MD-11. We wrześniu 2000 roku ukończono ostatni egzemplarz MD-11F, który zakupiła Lufthansa Cargo. Linie lotnicze odebrały samolot 22 lutego 2001 roku. Największymi użytkownikami pasażerskich wariantów oprócz KLM były: American Airlines, United Airlines, Delta Airlines, Finnair, Garuda Indosnesia, Japan Airlines, Swissair i Varig. Obecnie w służbie pozostaje ponad 100 towarowych MD-11F, MD-11CF i MD-11BCF eksploatowanych przez przewoźników frachtowych: FedEx Express, Lufthansa Cargo, Martinair, Sky Lease Cargo i United Parcel Services. Natomiast eksploatację samolotów pasażerskich zakończono w 2014 roku. Samolot dysponuje krańcowo dużym jak na maszyny komunikacyjne obciążeniem powierzchni. Powoduje to wysoką prędkość lądowania i startu - potrzebne są długie pasy startowe. Zmniejszona powierzchnia statecznika poziomego, przy wzroście rozmiarów i masy samolotu stawia duże wymagania załodze w razie uskoków wiatru i lotu w turbulentnej atmosferze.